Software-ul de router CNC este ceea ce distinge routerul din lemn cu control numeric computerizat (CNC) de alte tipuri de routere. Software-ul de proiectare asistată de computer (CAD), software-ul de fabricație asistată de computer (CAM) sau o combinație a celor două este utilizat în software-ul de router CNC. Deși există o serie de programe software care se încadrează în aceste categorii, toate diferă fundamental în funcție de axe. Dacă sunt disponibile doar două axe, se poate lucra doar bidimensional, iar dacă există trei axe, se pot urmări proiecte tridimensionale.
Deși poate dura destul de mult timp pentru a învăța toate instrucțiunile pentru software-ul routerului CNC, modul de bază în care funcționează este destul de simplu. O persoană care lucrează cu routerul CNC va introduce un set de grafice vectoriale și coordonate în programul său software CAD/CAM, care se potrivesc cu designul pe care intenționează să îl producă. Deoarece computerul pe care software-ul routerului CNC lucrează este conectat la routerul însuși, comenzile introduse în programul software vor fi transferate pe lamele de router care efectuează munca fizică în timpul proiectului.
Fiecare dintre aceste lame poate fi considerată ca funcționând pe o axă specifică. Coordonatele care sunt introduse în programul software CNC indică routerului pozițiile de-a lungul axelor în care trebuie să se afle în fiecare moment în timp pe un interval stabilit. Coordonatele axei X și ale axei Y vor comanda tăierea bidimensională a unui obiect, cum ar fi un design pe blatul unei mese. Lucrul tridimensional se realizează de-a lungul axei Z. În programul software CNC, coordonatele axei Z pot transmite comenzi către lamele routerului, rezultând nu numai obiecte tridimensionale precum sferele, ci și tăieturi tridimensionale interioare, așa cum ar fi necesar la scobirea unui cilindru, de exemplu.
Pe piață se găsesc și alte tipuri de routere pentru lemn, precum routerul de tăiere, routerul cu bază fixă și routerul cu plonjare, dar routerul CNC iese în evidență ca singurul care este controlat de software de calculator. Toate celelalte au lame și unelte care trebuie poziționate și deplasate de persoana care lucrează însuși routerul. Poate că nu mișcă lamele în sine, dar mișcă părți ale mașinilor care controlează mișcarea lamelor. Există anumite setări pe alte routere care pot fi folosite pentru a specifica anumite adâncimi și tipuri de tăieturi, dar deoarece mâinile umane sunt implicate în mișcarea lamelor routerului, apare loc de eroare. Mâinile tremurate și estimările incorect ale globului ocular nu prezintă o problemă cu routerul CNC, deoarece software-ul routerului CNC dictează mișcări specifice pe baza graficelor vectoriale și coordonatele introduse; toată munca este realizată de routerul însuși, care primește instrucțiunile sale de la software.