Celulele sistemului imunitar, cum ar fi celulele T și celulele B, au proteine pe suprafața lor care le permit să recunoască invadatorii străini și să-i atace. Zonele acestor proteine pot varia de la celulă la celulă, permițându-le să reacționeze la o varietate de amenințări. Ocazional, sunt produse celule T și celule B care reacționează la proteinele care sunt exprimate de celulele proprii ale corpului, numite autoantigene. Deleția clonală este un proces care permite acestor celule să fie neutralizate înainte de a fi eliberate în organism, unde ar putea începe să atace țesutul sănătos.
Celulele T sunt produse în măduva osoasă, dar se maturizează în timus, o glandă din apropierea inimii, iar celulele B sunt produse în măduva osoasă. În ciuda locurilor lor diferite de origine, ambele tipuri de celule folosesc o metodă similară de ștergere clonală pentru a se asigura că celulele imune mature care reacționează la autoantigene nu sunt eliberate în fluxul sanguin. În timpul procesului de maturizare, aceste celule intră în contact cu o gamă limitată de celule, cum ar fi macrofagele și celulele dendritice timice. Aceste celule au o varietate de proteine de suprafață, numite antigeni, pe care le prezintă celulelor imune, astfel încât acele celule care produc o reacție să poată fi eliminate.
Pentru a folosi timusul ca exemplu, celulele dendritice timice folosesc un proces de prezentare, permițând celulelor T să încerce să lege proteinele de suprafață, să le trimită pentru ștergere clonală. Celulele T imature care reacţionează la aceste autoantigene formează un complex proteic cu celula timică. În cazul în care acest complex proteic se formează, declanșează o secvență de autodistrugere, numită apoptoză, în celula T, astfel încât să nu se maturizeze și să intre în organism, unde ar putea lansa un răspuns dăunător dacă ar întâlni o altă celulă cu acea proteină.
Corpul conține multe alte tipuri de celule, altele decât cele observate în timus și măduva osoasă, așa că deleția clonală trebuie să țină cont de autoantigenele care nu se găsesc în mod normal în aceste țesuturi. Timusul face acest lucru având celule dendritice timice care conțin proteine de suprafață găsite de obicei în altă parte, cum ar fi în țesutul pancreatic. Deleția clonală poate apărea apoi cu celulele imune care ar reacționa în mod normal la aceste proteine pancreatice și un proces similar reglează celulele B care se maturizează în măduvă. Unele stări de boală, cum ar fi diabetul, ar putea fi parțial cauzate de o incapacitate a organismului de a prezenta întreaga gamă de antigene ale organismului celulelor imunitare în curs de maturizare, permițând acestor celule să se maturizeze și să atace țesutul sănătos.