Un genom microbian este o secvență completă a codului genetic al unui anumit microb. Dimensiunea genomului la microbi poate varia considerabil; dimensiunea finală a unui organism nu are neapărat o influență asupra mărimii codului său genetic. Microbii sunt alături de foarte mult timp și, ca rezultat, mulți au genomi foarte mari și complexi, care poartă o mulțime de informații istorice și genetice interesante.
Microbii, cunoscuți și sub numele de microorganisme, sunt organisme vii care sunt atât de mici încât pot fi observate doar cu ajutorul microscopiei. Câteva exemple de microbi includ algele verzi, bacteriile, protistele, arheile, planctonul și unele ciuperci. Aceste organisme variază mult în complexitate, de la organisme vii extrem de simple la altele mult mai complexe. Microbii pot fi găsiți peste tot și au o serie de funcții biologice importante, de la participarea la descompunerea materialului organic până la agenții purtători ai bolii.
Genomul este ansamblul complet al materialului genetic al oricărui organism. În cazul unui genom microbian, acesta constă dintr-un set complet secvențial de informații genetice de la un microbi. Prin secvențierea completă a genomului microbian, cercetătorii pot afla mult mai multe despre microbi și despre ce face acesta. De exemplu, ei pot fi capabili să urmărească istoria evolutivă a organismului și să vadă unde acesta și alții s-au îndepărtat de un strămoș comun. De asemenea, cercetătorii pot începe să învețe mai multe despre funcțiile specifice ale unor secvențe de ADN, aflând ce părți ale genomului fac ce anume.
Cu bacterii, secvențierea genomului microbian este complicată de faptul că multe bacterii poartă plasmide. O plasmidă este un segment de ADN care nu este transportat pe un cromozom. Acest ADN extracromozomial poate fi schimbat între bacterii și, uneori, poate fi integrat în genomul microbian, în funcție de organismul implicat și de presiunea mediului cu care se confruntă. Analiza genomului bacteriilor poate include analize separate pentru identificarea plasmidelor.
Numeroase laboratoare din întreaga lume efectuează cercetări asupra genomului microbian. Mai multe guverne au înființat proiecte de secvențiere a genelor care sunt concepute pentru a avansa cunoștințele despre genomurile microbiene, în parte cu scopul de a dezvolta utilizări științifice pentru microorganisme. De exemplu, secvențierea unor bacterii a arătat că acestea ar putea fi utile în curățarea mediului, în timp ce înțelegerea modului în care funcționează plasmidele a condus la utilizarea plasmidelor modificate genetic care pot fi folosite pentru a introduce material genetic în alte organisme.