Un scor LOD este o reprezentare a probabilității unei legături între două trăsături genetice. Dacă scorul este mare, înseamnă că trăsăturile sunt strâns legate și, prin urmare, sunt de obicei moștenite împreună. Scorurile scăzute, pe de altă parte, indică o legătură scăzută. Înțelegerea acestor numere este importantă pentru geneticieni din mai multe motive, de la dorința de a înțelege anumite condiții genetice până la dorința de a afla unde se află o genă, folosind informații despre genele cunoscute.
Pentru a înțelege importanța scorului LOD, este util să știm că, cu cât doi loci genici sunt mai apropiați unul de celălalt, cu atât este mai probabil ca aceștia să fie moșteniți împreună. Dacă genele se află pe cromozomi diferiți, de exemplu, ele sunt de obicei moștenite separat, deoarece în timpul meiozei pot apărea o mulțime de încrucișări. Genele care se află pe același cromozom, dar sunt departe unul de celălalt, sunt, de obicei, moștenite independent. Cu toate acestea, atunci când locii sunt în imediata apropiere pe același cromozom, ei tind să fie moșteniți împreună. Aceste informații sunt la baza sistemului de notare.
LOD înseamnă „logaritmul cotelor”, reflectând faptul că numărul este exprimat logaritmic. Ca regulă generală, dacă scorul este 3 sau mai mare, înseamnă că există o probabilitate mare de legare genetică. Cifrele mai mici indică o probabilitate mai mică de legare genetică, deși pot fi totuși utile în procesul de eliminare.
Pentru a determina un scor LOD, este nevoie de un eșantion de date, iar în acest tip de analiză statistică, cu cât eșantionul este mai mare, cu atât mai bine. Cercetătorii care lucrează cu organisme precum muștele de fructe pot reproduce în mod activ o populație pentru a scoate sau suprima trăsăturile dorite în scopul studierii legăturii dintre trăsături specifice, în timp ce cu populații precum oamenii, cercetătorii trebuie să se limiteze la datele colectate prin observație. Eșantioanele mari tind să furnizeze informații mai semnificative din punct de vedere statistic, deoarece reduc riscul de apariție a treptelor și a grupurilor care deformează datele.
Folosind date dintr-o populație de interes, cercetătorii analizează cât de des apar anumite trăsături împreună și cât de des apar separat. Aceste informații sunt folosite pentru a ajunge la frecvența de recombinare, uitându-se la cât de des se recombină trăsăturile genetice. Pentru a fi pe același cromozom, frecvența de recombinare trebuie să fie mai mică de 50% și trebuie să scadă și mai mult pentru a indica faptul că locii sunt aproape unul de celălalt. Cercetătorii analizează aceste informații pentru a determina cât de probabil este să existe sau nu o legătură genetică. Scorul LOD este determinat prin împărțirea probabilității de legare la probabilitatea de lipsă de legătură. De obicei, scorurile sunt calculate pentru mai multe loci.