Istoricii sunt de acord că povestea Flautarului din Hamelin, înregistrată în secolul al XIX-lea de Jakob și Wilhelm Grimm, se bazează pe o întâmplare reală din 19 în care majoritatea copiilor din Hamelin au dispărut. Cu toate acestea, nimeni nu știe cu siguranță motivul exact al dispariției. Au fost postulate multe scenarii, unele mai probabile decât altele.
Povestea Flautarului a fost descrisă pentru prima dată într-un vitraliu din aproximativ 1300. Cea mai veche relatare scrisă datează de la mijlocul secolului al XV-lea. Versiunea fraților Grimm din anii 15 este cea cu care majoritatea oamenilor sunt familiarizați, iar folcloriştii au apelat la 1800 surse diferite pentru povestea lor.
În versiunea Grimm a poveștii, Pied Piper, cunoscut și sub numele de Rattenfaenger, sau prindetorul de șobolani, apare în orașul Hamelin în mijlocul unei infestări de șobolani și se oferă să scape orașul de paraziți. El folosește o țeavă fermecată pentru a atrage șobolanii într-un râu, unde toți se îneacă, dar orășenii refuză să-i plătească un șiling per șobolan, așa cum a promis. Pleacă din Hamelin, dar se întoarce câteva săptămâni mai târziu pentru a se răzbuna. La a doua vizită la Hamelin, Flautistul își folosește pipa magică asupra copiilor orașului, conducându-i într-o gaură dintr-un munte de la marginea orașului și sigilându-i înăuntru. Doar doi copii au rămas în oraș, unul orb și unul șchiop, pentru că nu au putut să urmeze cârmuitorul.
Unii sugerează că cauza dispariției copiilor a fost un accident al unei epidemii. Aceste teorii au sens pentru unele dintre elementele versiunii fraților Grimm, deoarece a fi sigilat în interiorul unui munte se poate referi la o alunecare majoră de teren sau șobolanii ar putea fi o referire la ciuma. Cu toate acestea, epidemia europeană de Peste Neagră a început abia în secolul al XIV-lea, iar șobolanii nu apar în versiunile poveștii Pied Piper înainte de sfârșitul secolului al XVI-lea, așa că teoria ciumei este puțin probabilă.
O altă ramură a teoriei epidemiei postulează că copiii au căzut pradă unui fel de boală care i-a determinat să danseze, cum ar fi boala Huntington sau o altă formă de coree. Deoarece boala Huntington este o afecțiune genetică, totuși, nu este probabil ca toți copiii din oraș să fi fost afectați. S-a sugerat, de asemenea, că dansul din povestea Pied Piper este un exemplu al temei medievale larg răspândite din Dansul Macabre, sau Dansul Morții, cu flautarul ca Moartea, în frunte. Moartea a fost adesea înfățișată în ținute multicolore sau piese în Evul Mediu.
O altă teorie susține că copiii plecați în cadrul unei campanii militare sau al unei Cruciade a Copiilor, caz în care Pied Piper reprezintă liderul sau recrutorul lor. Aceasta a fost cea mai larg acceptată explicație până în anii 1950. Astăzi, majoritatea istoricilor cred că este cel mai probabil ca copiii lui Hamelin să plece în număr mare pentru a-și fonda propriile colonii în Europa de Est, din nou cu un lider personificat de Flautarul. Cu toate acestea, există încă un dezacord cu privire la locul exact în care s-au stabilit.
Povestea fraților Grimm, precum și poemul lui Robert Browning din 1842 pe această temă, relatează că copiii lui Hamelin au devenit fondatorii Transilvaniei. Istoricii mai recenti au sugerat că copiii au format colonii în Maehren, Oelmutz sau Ueckermark în Europa de Est. Numele de locuri din zonele de la est de Hamelin, precum și documentația multor orașe care au fost fondate în această perioadă, coroborează această teorie.
Exact ceea ce s-a întâmplat în Hamelin în 1284 este probabil pierdut pentru totdeauna în istorie, dar orice ar fi fost, pare să fi fost suficient de traumatizant pentru ca martorii săi să uite de bunăvoie detaliile. Diferitele legende inspirate de eveniment sunt singurul record concret pe care probabil îl vom avea vreodată.