Η επιστημονική ταξινόμηση είναι το σύστημα που χρησιμοποιούν οι βιολόγοι για να ταξινομήσουν όλη τη ζωή στη Γη. Είναι επίσης γνωστή ως επιστημονική ταξινόμηση στη βιολογία ή ταξινόμηση Linnean, από τον Carolus Linnaeus (1707-1778), ο οποίος επιχείρησε πρώτος αυτό το τεράστιο έργο. Το πρωτοποριακό έργο ήταν το Systema Naturae, που δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά το 1735, το οποίο διήρκεσε δώδεκα εκδόσεις καθ’ όλη τη διάρκεια της ζωής του Linnaeus. Η πρώτη έκδοση είχε μερικές χιλιάδες καταχωρήσεις, ομαδοποιημένες σε taxa με βάση κοινά φυσικά χαρακτηριστικά. Σήμερα, πάνω από δύο εκατομμύρια είδη αναγνωρίζονται από την επιστήμη, αν και ο συνολικός αριθμός φυτικών, ζωικών και μονοκύτταρων ειδών στη Γη υπολογίζεται μεταξύ 10 και 100 εκατομμυρίων.
Το σύστημα επιστημονικής ταξινόμησης που χρησιμοποιείται στη βιολογία είναι ιεραρχικό, με οκτώ επίπεδα κατηγοριοποίησης. Μετακινούμενοι από το μικρότερο στο μεγαλύτερο, είναι: είδος, γένος, οικογένεια, τάξη, τάξη, φυλή, βασίλειο και τομέας. Ακόμη περισσότερες διαιρέσεις προστίθενται συχνά μεταξύ αυτών των επιπέδων, καθώς η ίδια η ζωή δεν έχει καμία ειδική υποχρέωση να κατηγοριοποιηθεί φυσικά σε οκτώ μόνο ιεραρχικά επίπεδα. Για να δώσετε ένα παράδειγμα για το καθένα, εξετάστε τη θέση των ανθρώπων στην επιστημονική ταξινόμηση. Οι άνθρωποι είναι είδη Homo sapiens, το γένος Homo, η οικογένεια Hominidae (οι μεγάλοι πίθηκοι), τα πρωτεύοντα πρωτεύοντα, η κατηγορία Mammalia (θηλαστικά), το φυλάκιο Chordata (σπονδυλωτά και λίγοι στενοί συγγενείς), το βασίλειο Animalia (ζώα), ο τομέας Eukarya (ευκαρυώτες, οργανισμοί με σύνθετα κύτταρα).
Τα υψηλότερα επίπεδα επιστημονικής ταξινόμησης έχουν αλλάξει αρκετές φορές κατά τη διάρκεια των ετών. Το 1735, ο Linnaeus εισήγαγε δύο βασίλεια: Vegetabilia (φυτά και μύκητες) και Animalia. Το 1866, ο Γερμανός βιολόγος Ernst Haeckel εισήγαγε ένα άλλο βασίλειο, την Protista, για όλους τους μονοκύτταρους οργανισμούς. Το 1937, ο Γάλλος βιολόγος Edouard Chatton χώρισε τη ζωή σε δύο «αυτοκρατορίες» – Prokaryota και Eukaryota, με βάση πιο λεπτομερείς παρατηρήσεις κυττάρων σε φυτά, ζώα και βακτήρια. Αποδείχθηκε ότι τα φυτά και τα ζώα είχαν θεμελιώδεις ομοιότητες στην πολυπλοκότητα των κυττάρων τους και την παρουσία κυτταρικών πυρήνων, ενώ τα βακτήρια στερούνται πυρήνων και οργανιδίων (ενδοκυτταρικές δομές).
Ακολούθησαν αρκετές ακόμη σημαντικές ενημερώσεις στις δεκαετίες του ’50, του ’60 και του ’70, που ήταν μια εποχή γρήγορης προόδου στη βιολογία. Ο Herbert Copeland ενημέρωσε το σύστημα σε τέσσερα βασίλεια το 1956, όταν μετονόμασε το Prokaryota σε Monera και χώρισε την Eukaryota σε τρία βασίλεια: Protista, Plantae και Animalia. Μια άλλη αλλαγή ήρθε το 1969, όταν ο Robert Whittaker χώρισε το Protista σε Fungi και Protista, δίνοντας στους μύκητες τη δική τους υψηλού επιπέδου ταξινόμηση για πρώτη φορά.
Το 1977, ο Carl Woese και οι συνεργάτες του παρουσίασαν το πιο πολυσύχναστο σύστημα ανώτατου επιπέδου μέχρι σήμερα, με έξι βασίλεια: Eubacteria, Archaebacteria, Protista, Fungi, Plantae και Animalia. Στη συνέχεια, το 1990, το σύστημα απλοποιήθηκε ευσπλαχνικά από τον Woese, μειώθηκε σε τρεις τομείς: Βακτήρια, Αρχαία και Ευκαρία. Το τελευταίο είναι το τρέχον σύστημα ταξινόμησης ανώτατου επιπέδου που χρησιμοποιείται.