Η εκπαίδευση σε ηλεκτρονικό ιατρικό αρχείο (EMR) πραγματοποιείται συνήθως για αρκετές εβδομάδες και αποτελείται από μια σειρά ενοτήτων που διδάσκουν το ιατρικό προσωπικό σχετικά με τον τρόπο δημιουργίας ηλεκτρονικών διαγραμμάτων ασθενών, πώς να συνταγογραφούν φάρμακα χρησιμοποιώντας ψηφιακό λογισμικό και πώς να σαρώνουν έντυπα ιατρικά αρχεία σε έναν ασθενή ψηφιακό αρχείο. Η εκπαίδευση περιλαμβάνει επίσης οδηγίες για τη χρήση της τεχνολογίας για τη διαχείριση των εργαστηριακών αποτελεσμάτων και μεταγραφών. Ενώ ορισμένες σχολές εμπορίου προσφέρουν γενικευμένα μαθήματα κατάρτισης EMR, οι εταιρείες λογισμικού υπολογιστών που ειδικεύονται στην παροχή προϊόντων EMR συνήθως αναθέτουν τους δικούς τους εκπαιδευτές να καθοδηγούν προσωπικά νοσηλευτές, γιατρούς και βοηθητικό προσωπικό στη χρήση ενός ψηφιακού συστήματος αρχείων υγείας σχεδιασμένο ειδικά για τον εργοδότη τους. Γενικά, δεν αφιερώνεται χρόνος κατάρτισης στα βασικά της χρήσης του υπολογιστή, επομένως οι εργαζόμενοι που δεν είναι έμπειροι στη χρήση υπολογιστών μπορεί να χρειαστούν μαθήματα προεκπαίδευσης.
Η αρχική εκπαίδευση EMR μπορεί να δαπανηθεί δίνοντας μια επισκόπηση ολόκληρου του συστήματος εγγραφών, έτσι ώστε οι χρήστες να εξοικειωθούν με την είσοδο στο λογισμικό και την πρόσβαση στα διαφορετικά συστατικά του. Δεδομένου ότι το γράφημα ασθενών είναι η πρωταρχική άγκυρα οποιωνδήποτε συστημάτων ψηφιακών εγγραφών, η πλειοψηφία των εκπαιδευτικών συνεδριών αφιερώνεται στον τρόπο δημιουργίας και ενημέρωσης του χάρτη ασθενούς, εκτός από τον τρόπο ανάγνωσής του, εύρεσης προηγούμενων ιστορικών και ψηφιακής κοινής χρήσης των δεδομένων. Η κοινή χρήση δεδομένων μεταξύ ιατρικών επαγγελματιών σημαίνει ότι οι χρήστες πρέπει να μάθουν πώς να χρησιμοποιούν αυτές τις δυνατότητες επικοινωνίας EMR, όπως ενσωματωμένα μηνύματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου και καταστάσεις πραγματικού χρόνου.
Κατά τη διάρκεια των μαθημάτων για τη δημιουργία γραφήματος, η εκπαίδευση EMR περιλαμβάνει την εμφάνιση σε ιατρικούς εργαζόμενους ποικίλων μεθόδων εισαγωγής δεδομένων. Πέρα από την τυπική εισαγωγή πληκτρολογίου, οι εργαζόμενοι διδάσκονται πώς να εισάγουν δεδομένα χρησιμοποιώντας συστήματα αναγνώρισης χειρογράφου, υπαγόρευση μέσω μικροφώνων ή ηχογραφήσεων και εισαγωγή αρχείων εικόνων, γραφικών και στατιστικών υπολογιστικών φύλλων. Άλλες συνεδρίες κατά τη διάρκεια της εκπαίδευσης EMR περιλαμβάνουν τη διδασκαλία των χρηστών πώς να αναζητούν ψηφιακά αρχεία και να δίνουν προτεραιότητα ή σύνθεση ευρημάτων. Οι εργαζόμενοι μαθαίνουν επίσης πώς να εναλλάσσονται μεταξύ πολλών ανοιχτών αρχείων χωρίς να κλείνουν προγράμματα ή να μπερδεύουν πληροφορίες. Η εκμάθηση όλων αυτών των διαδικασιών χαρτογράφησης, ωστόσο, μπορεί να είναι απογοητευτική για ορισμένους, προκαλώντας πολλούς εκπαιδευτές να αναβάλουν αυτήν την εκπαίδευση έως ότου οι χρήστες μάθουν απλούστερες διαδικασίες, όπως η σάρωση σε αρχεία χαρτιού ενός ασθενούς.
Η χρήση λογισμικού ψηφιακής συνταγής είναι ένα άλλο σημαντικό μέρος της εκπαίδευσης. Ένα τέτοιο λογισμικό μπορεί να μειώσει τα σφάλματα που προκύπτουν από την κακή γραφή ενός γιατρού. Στην εκπαίδευση, οι εργαζόμενοι διδάσκονται όχι μόνο πώς να επιλέγουν ορισμένα φάρμακα που θα συνταγογραφούν ψηφιακά, αλλά και πώς να μεταδίδουν αμέσως τη συνταγή στο ηλεκτρονικό σύστημα ενός φαρμακείου. Μπορούν επίσης να μάθουν πώς να εκτυπώνουν μια έντυπη συνταγή για να πάει ο ασθενής στο σπίτι. Οι περισσότερες ενότητες κατάρτισης συνταγών περιλαμβάνουν οδηγίες για το πώς να χρησιμοποιήσετε το λογισμικό για να προτείνετε υποκατάστατο φαρμάκων, να εκτυπώσετε οδηγίες καθημερινής χρήσης και να εντοπίσετε αντενδείξεις φαρμάκων.
Οι ενότητες εκπαίδευσης EMR αφιερωμένες στα αποτελέσματα εργαστηριακών δοκιμών είναι από τις πιο ουσιαστικές και πολύπλοκες. Οι τεχνικοί μαθαίνουν πώς να προγραμματίζουν εργαστηριακό λογισμικό για να παρέχουν αποτελέσματα απευθείας στο λογισμικό EMR και να τα συνδέουν με συγκεκριμένους ασθενείς. Οι εργαζόμενοι διδάσκονται επίσης πώς να επιλέγουν την πιο επιθυμητή μορφή για εργαστηριακά αποτελέσματα. Αφού ολοκληρωθεί η εκπαίδευση EMR, οι διαχειριστές συνήθως προγραμματίζουν μελλοντικές συνεδρίες παρακολούθησης για να ανανεώσουν τις δεξιότητες των εργαζομένων και να διδάξουν πτυχές οποιουδήποτε νέου ή αναβαθμισμένου λογισμικού.