Επεξεργαστής βιοκαυσίμου είναι κάθε τύπος εξοπλισμού — συχνά παρόμοιος με αποστακτήρα — που μετατρέπει τη βιομάζα σε καύσιμο μέσω της ζύμωσης. Οι πηγές βιοκαυσίμων περιλαμβάνουν φυτά και απλούς οργανισμούς όπως τα φύκια. Όλες αυτές οι πιθανές πηγές καυσίμου πρέπει να υποβληθούν σε επεξεργασία από την αρχική τους μορφή, εάν πρόκειται να χρησιμοποιηθούν ως εναλλακτικές στα καύσιμα πετρελαίου.
Τα πλεονεκτήματα των βιοκαυσίμων σταθμίζονται συχνά από τον αντίκτυπο και το κόστος του εξοπλισμού επεξεργασίας. Για παράδειγμα, οι επεξεργαστές βιοκαυσίμων μπορούν να μετατρέψουν το καλαμπόκι σε υγρό καύσιμο γνωστό ως αιθανόλη, αλλά η καλλιέργεια καλαμποκιού μπορεί να απαιτεί σημαντικούς πόρους, συμπεριλαμβανομένης της ενέργειας. Όταν η παραγωγή του βιοκαυσίμου κοστίζει περισσότερη ενέργεια από αυτή που μπορεί να παράσχει μέσω της χρήσης του, συχνά σε κινητήρες εσωτερικής καύσης, ο επεξεργαστής βιοκαυσίμου γενικά θεωρείται ότι έχει αναποτελεσματικό ενεργειακό ισοζύγιο. Όταν ένα βιοκαύσιμο παρέχει περισσότερη ενέργεια από το κόστος παραγωγής, από την άλλη πλευρά, ο επεξεργαστής βιοκαυσίμου που δημιούργησε το βιοκαύσιμο μπορεί να θεωρηθεί αποδοτικός.
Οι επεξεργαστές βιοκαυσίμων διατίθενται σε διάφορα μοντέλα, επειδή η δημιουργία του πιο ευνοϊκού ενεργειακού ισοζυγίου μπορεί να είναι μια πρόκληση. Μικροί, φθηνοί επεξεργαστές βιοκαυσίμων μπορούν να παράγουν φθηνό, καύσιμο καύσιμο, αλλά ενδέχεται να μην παρέχουν την ίδια ποιότητα με τους πιο ακριβούς και συχνά πιο περίπλοκους επεξεργαστές. Οι μεγάλοι επεξεργαστές, όπως αυτοί που χρησιμοποιούνται σε μονάδες βιοκαυσίμων, ενδέχεται να απαιτούν περισσότερη ενέργεια για να λειτουργήσουν και, επομένως, να μειώσουν την απόδοση του παραγόμενου βιοκαυσίμου. Ωστόσο, υπάρχουν πολλά σχέδια επεξεργαστών βιοκαυσίμων που προσφέρουν ευνοϊκή ισορροπία μεταξύ κόστους ενέργειας και παραγωγής βιοκαυσίμων.
Πολλά από τα μειονεκτήματα των βιοκαυσίμων συνδέονται με την ποικιλία των διαθέσιμων επεξεργαστών και πηγών βιοκαυσίμων. Αυτές οι πηγές συχνά αποδίδουν διαφορετικά ενεργειακά ισοζύγια και μπορεί να απαιτούν εντελώς διαφορετικά μηχανήματα. Ένας επεξεργαστής βιοκαυσίμων που έχει κατασκευαστεί για ένα φυτό που αναπτύσσεται μόνο σε τροπικό περιβάλλον, για παράδειγμα, μπορεί να μην επιτύχει ευνοϊκή ενεργειακή ισορροπία κατά την επεξεργασία φυτών από περιβάλλον ερήμου. Υψηλά αποδοτικές πηγές βιοκαυσίμων — υλικά που λειτουργούν καλά με τον σωστό τύπο επεξεργαστή — απαιτούν συχνά μεγάλες ποσότητες γεωργικής γης, γεγονός που μπορεί να μειώσει την ποσότητα της αρόσιμης γης που είναι διαθέσιμη στους καλλιεργητές τροφίμων.
Παρά τις προκλήσεις της δημιουργίας ενός αποτελεσματικού επεξεργαστή βιοκαυσίμων, τα βιοκαύσιμα εξακολουθούν να θεωρούνται αποτελεσματική εναλλακτική πηγή ενέργειας έναντι των καυσίμων με βάση το πετρέλαιο. Ένας από τους παράγοντες που συμβάλλουν σε αυτή την ιδέα είναι το εύρος των πόρων που μπορούν να μετατραπούν σε βιοκαύσιμα. Πιθανές πηγές μπορεί να περιλαμβάνουν χρησιμοποιημένα μαγειρικά έλαια, πράσινα φύκια και φυτικό υλικό όπως το καλαμπόκι. Αυτές οι πηγές βιοκαυσίμων έχουν συχνά έναν αποτελεσματικό επεξεργαστή βιοκαυσίμων.