Όταν τα παράσιτα προσαρμόζονται γενετικά στο φυτοφάρμακο και δεν επηρεάζονται πλέον από τη χρήση του, η κατάσταση είναι γνωστή ως αντοχή στα φυτοφάρμακα. Μελέτες δείχνουν ότι περισσότερα από 500 είδη παρασίτων έχουν αναπτύξει αντοχή στα φυτοφάρμακα. Η κατάσταση προκαλείται συχνά από τις ίδιες κατηγορίες φυτοφαρμάκων που χρησιμοποιούνται επανειλημμένα για μεγάλο χρονικό διάστημα. τα παράσιτα σταδιακά αναπτύσσουν μια ανοχή που λειτουργεί στις γενετικές τους δομές.
Η γενετική σύνθεση είναι το κλειδί για την αντοχή στα φυτοφάρμακα. Όταν ένα φυτοφάρμακο διανέμεται σε μια έκταση γης, είναι φυσικό κάποια παράσιτα να σκοτωθούν και μερικά να επιβιώσουν. Στη συνέχεια, οι επιζώντες αναπαράγονται – και τα παράσιτα τείνουν να αναπαράγονται με εξαιρετικά υψηλούς ρυθμούς – με αποτέλεσμα απογόνους που μοιράζονται την ίδια γενετική σύνθεση με τους προγόνους τους. Με κάθε διαδοχική γενιά απογόνων, αυτή η γενετική σύνθεση θα βελτιώνεται μόνο, οδηγώντας τελικά σε ολόκληρα είδη να αναπτύξουν την ικανότητα προσαρμογής των παρασίτων.
Το πρόβλημα της αντοχής στα φυτοφάρμακα είναι εξαιρετικά ανησυχητικό για όσους εργάζονται στον τομέα της διαχείρισης παρασίτων. Μια φυσική απόκριση είναι η χρήση μεγαλύτερων ποσοτήτων φυτοφαρμάκου με την ελπίδα να εξοντωθούν τα παρατεταμένα παράσιτα. Αυτή, ωστόσο, έχει αποδειχθεί ότι είναι μια εξαιρετικά αναποτελεσματική οδός, καθώς πρόσθετα φυτοφάρμακα της ίδιας κατηγορίας απλώς βοηθούν τα παράσιτα να αναπτύξουν ισχυρότερες και ισχυρότερες αντιστάσεις.
Οι κατασκευαστές φυτοφαρμάκων ορίζουν την αντοχή στα φυτοφάρμακα με έναν ελαφρώς διαφορετικό – αλλά σημαντικό – τρόπο. Η βιομηχανία δεν το αποκαλεί αντοχή στα φυτοφάρμακα, για ένα. το έχουν ονομάσει αντίσταση πεδίου. Στην αντοχή στο χωράφι, η ικανότητα των παρασίτων να προσαρμοστούν σε ένα φυτοφάρμακο σχετίζεται μόνο με την αστοχία του φυτοφαρμάκου που χρησιμοποιείται. Αυτό που ουσιαστικά λέει η βιομηχανία είναι ότι αν είχε χρησιμοποιηθεί καλύτερο προϊόν, τα παράσιτα δεν θα είχαν αναπτύξει αντίσταση.
Υπάρχουν αρκετά είδη που έχουν γίνει ανθεκτικά σε διάφορους τύπους φυτοφαρμάκων. Ορισμένες μύγες φρούτων στις Ηνωμένες Πολιτείες έχουν καλλιεργήσει αντίσταση στο φυτοφάρμακο μαλαθείο. Στο Ηνωμένο Βασίλειο, ορισμένα είδη αρουραίων έχουν προσαρμοστεί στο ποντικοφάρμακο και μπορούν να καταπιούν όλο και μεγαλύτερες ποσότητες χωρίς αποτέλεσμα. Ο κάνθαρος της πατάτας του Κολοράντο έχει δημιουργήσει εξαιρετικά υψηλή ανοχή σε ορισμένα φυτοφάρμακα: μελέτες δείχνουν ότι τα ανθεκτικά έντομα είναι ανθεκτικά σε περισσότερους από 50 τύπους.
Για την καταπολέμηση της αντοχής στα φυτοφάρμακα, οι ειδικοί προτείνουν τη χρήση άλλης κατηγορίας φυτοφαρμάκων. Ωστόσο, προέκυψε έρευνα, η οποία δηλώνει ότι αυτό μπορεί να είναι δύσκολο καθώς τα φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται στην εναλλαγή γίνεται όλο και πιο δύσκολο να βρεθούν. Βραχυπρόθεσμα, ωστόσο, μια νέα κατηγορία φυτοφαρμάκων μπορεί πιθανότατα να σημειώσει μικρή πρόοδο στη διαχείριση των παρασίτων.