Στους ανθρώπους, η φυσιολογία του αναπαραγωγικού συστήματος διαφέρει μεταξύ ανδρών και γυναικών. Και στα δύο φύλα, η φυσιολογία του αναπαραγωγικού συστήματος αποτελείται από εξωτερικά και εσωτερικά γεννητικά όργανα και τις γονάδες, αλλά το τι και πού βρίσκονται αυτά τα όργανα διαφέρει σημαντικά. Τα γεννητικά όργανα είναι τα όργανα και τα μέρη του σώματος που απαιτούνται για να μπορέσει να συμβεί η αναπαραγωγή. Οι γονάδες είναι τα όργανα που είναι υπεύθυνα για την παραγωγή των αναπαραγωγικών γεννητικών κυττάρων, ή οι γαμέτες.
Η φυσιολογία του αναπαραγωγικού συστήματος στα αρσενικά περιλαμβάνει πολλά μέρη και όργανα του σώματος. Τα εξωτερικά γεννητικά όργανα αποτελούνται από το πέος και το όσχεο. Τα εσωτερικά γεννητικά όργανα βρίσκονται ως επί το πλείστον σε αυτά τα μέρη του σώματος του αρσενικού και περιλαμβάνουν τους όρχεις, την επιδιδυμίδα, τα αγγεία, τα σπερματικά κυστίδια, την ουρήθρα και τον προστάτη. Οι αρσενικοί γαμέτες ή σπέρμα παράγονται μέσα στους όρχεις, οι οποίοι είναι οι αρσενικοί γονάδες.
Ενώ τα περισσότερα από τα αναπαραγωγικά όργανα των αρσενικών βρίσκονται στα εξωτερικά γεννητικά όργανα, αυτό δεν ισχύει για τις γυναίκες. Η φυσιολογία του αναπαραγωγικού συστήματος για τις γυναίκες βρίσκεται κυρίως στο κάτω μέρος της κοιλιάς. Τα εξωτερικά γεννητικά όργανα αποτελούνται από τα χείλη και την κλειτορίδα, τα οποία είναι πολύ ενεργοποιημένα για σεξουαλική διέγερση. Η πλειοψηφία των οργάνων είναι εσωτερικά και περιλαμβάνουν τον κόλπο, τον τράχηλο, τη μήτρα, τις σάλπιγγες και τις ωοθήκες. Τα ωάρια, ή αυγά, παράγονται μέσα στις ωοθήκες των θηλυκών.
Η φυσιολογία του αναπαραγωγικού συστήματος δεν είναι μόνο διαφορετική μεταξύ αρσενικών και θηλυκών, αλλά και η διαδικασία κατά την οποία οι γαμέτες παράγονται και παραδίδονται κατά την αναπαραγωγή. Η σπερματογένεση είναι η διαδικασία που παράγει σπέρμα εντός των σπερματοσωλήνων των όρχεων, η οποία συνεχίζεται καθ ‘όλη τη διάρκεια ζωής ενός άντρα. Μόλις παράγονται τα σπερματοζωάρια, ωριμάζουν και αποθηκεύονται εντός της επιδιδυμίδας για προετοιμασία για γονιμοποίηση. Πριν από την εκσπερμάτωση, τα σπερματοζωάρια αναμειγνύονται με σπερματικό υγρό από τον αδένα του προστάτη και το σπερματικό κυστίδιο για τη δημιουργία σπέρματος. Κατά τη διάρκεια της εκσπερμάτωσης, το σπέρμα αφήνει το πέος μέσω της ουρήθρας.
Στα θηλυκά, όλα τα κύτταρα ωαρίων υπάρχουν από τη στιγμή της γέννησης και δεν θα παραχθούν άλλα ωάρια καθ ‘όλη τη διάρκεια της ζωής της γυναίκας. Ξεκινώντας κατά την εφηβεία, τα ωάρια αρχίζουν να ωριμάζουν μέσα στις ωοθήκες και κάθε μήνα, ένα ώριμο ωάριο απελευθερώνεται από μία από τις ωοθήκες. Αυτό εναλλάσσεται μεταξύ των δύο τους. Στη συνέχεια κινείται κατά μήκος της σάλπιγγας προς τη μήτρα. Εάν δεν πραγματοποιηθεί γονιμοποίηση από σπερματοζωάριο, το ωάριο και το βλεννογόνο της μήτρας αποβάλλεται μέσω του τραχήλου και του κόλπου κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως.