Η πρωτογενής λοίμωξη έχει δύο έννοιες και μπορεί να σχετίζεται είτε με τα πρώτα σημάδια ότι ένα άτομο/ζωντανό έχει μολυνθεί είτε με μια ιεραρχία λοιμώξεων που ξεκινούν με μία μόνο ασθένεια. Στον δεύτερο ορισμό, ένα άτομο με έναν ιό όπως το κρυολόγημα θα μπορούσε να πάρει μια βακτηριακή λοίμωξη στο στήθος, όπως βρογχίτιδα. Αυτές θα μπορούσαν να χαρακτηριστούν ως πρωτογενείς και δευτερογενείς λοιμώξεις που προέρχονται από το αρχικό κρυολόγημα. Από την άλλη πλευρά, η πρωτογενής μόλυνση που προκύπτει από την πρώτη επαφή με μια ιογενή ή βακτηριακή πηγή μπορεί να σημαίνει τα πρώτα σημειωμένα σημάδια αυτής της μόλυνσης. Αυτά συχνά αναγνωρίζονται ως συγκεκριμένα συμπτώματα.
Τα πρώτα συμπτώματα μιας ασθένειας ή μιας πρωτοπαθούς λοίμωξης εντοπίζονται συχνά σε ασθένειες που συνεχίζουν να ζουν στο σώμα και γίνονται χρόνιες. Ο έρπης των γεννητικών οργάνων είναι μία από αυτές τις ασθένειες. Οι πληγές που αναπτύσσονται στα γεννητικά όργανα ή στις γύρω περιοχές συνήθως σηματοδοτούν την πρώτη μόλυνση μετά την έκθεση και μπορεί να διαρκέσουν αρκετές εβδομάδες. Άλλα συμπτώματα όπως πονοκέφαλος, πόνος, αισθήματα γρίπης, πυρετός ή πρησμένοι αδένες μπορεί επίσης να υπάρχουν και μπορεί να μην εμφανίζονται τόσο συχνά σε επακόλουθες εκφράσεις της νόσου.
Όταν οι άνθρωποι εμφανίζουν ξανά φουσκάλες έρπητα, η πάθηση ονομάζεται υποτροπιάζουσα αντί να ονομάζεται πρωτογενής λοίμωξη. Η πρώτη απάντηση στην ιογενή μετάδοση είναι πρωτογενής και όλες οι άλλες εκφράσεις της νόσου είναι υποτροπιάζουσες, δείχνοντας τη χρόνια φύση της. Άλλες ασθένειες που έχουν μια πρωτογενή λοίμωξη περιλαμβάνουν καταστάσεις όπως το HIV/AIDs, άλλους ιούς έρπητα όπως η ανεμοβλογιά και ορισμένες μορφές ηπατίτιδας. Θα πρέπει να σημειωθεί με όλα αυτά ότι τα συμπτώματα που προκύπτουν από την αρχική έκθεση μπορεί να είναι λίγο διαφορετικά από τον τρόπο που εκφράζεται αργότερα η ασθένεια. είναι η πρώτη ανοσολογική απάντηση στην έκθεση σε μολυσματικό παράγοντα.
Υπάρχουν πολλές περιπτώσεις όπου η πρωτογενής και η δευτεροπαθής χρησιμοποιούνται για να περιγράψουν μια ασθένεια που προκαλεί πολλαπλές λοιμώξεις. Αυτές οι λοιμώξεις είναι συχνά ιογενούς/βακτηριδιακής φύσης. Πολλοί άνθρωποι παθαίνουν ιούς που εξασθενούν το ανοσοποιητικό σύστημα και είναι πιθανό να οδηγήσουν σε δευτερογενείς βακτηριακές λοιμώξεις. Η κύρια λοίμωξη είναι επομένως ο αρχικός ιός, αλλά η ικανότητά του να προδιαθέτει τους ανθρώπους να προσλαμβάνουν βακτηριακές λοιμώξεις μπορεί να σημαίνει ότι οι γιατροί είναι σε εγρήγορση.
Με έναν ιό όπως ο έρπης των γεννητικών οργάνων, η κακή φροντίδα των πληγών μπορεί περιστασιακά να οδηγήσει σε μόλυνση του δέρματος ή κυτταρίτιδα. Ενώ ένας γιατρός δεν θα αντιμετώπιζε μια λοίμωξη από έρπητα με αντιβιοτικά επειδή είναι ιογενούς προέλευσης, μπορεί να χρησιμοποιήσει αντιβιοτικά εάν μολυνθούν οι φουσκάλες του έρπητα, για να σκοτώσει τη δευτερογενή μόλυνση. Τα αντιβιοτικά δεν θα είχαν καμία επίδραση στην πρωτογενή λοίμωξη, αλλά θα μπορούσαν να αντιμετωπίσουν μια δευτερεύουσα.
Πολλοί ιοί γρίπης είναι επιρρεπείς στην πρόκληση δευτερογενών λοιμώξεων όπως βρογχίτιδα, πνευμονία ή λοιμώξεις των κόλπων και των αυτιών. Και πάλι, τα αντιβιοτικά μπορεί να χρησιμοποιηθούν για την αντιμετώπισή τους. Ωστόσο, δεν θα απαλλαγούν από τη γρίπη, η οποία είναι ιογενής. Άτομα πιο επιρρεπή σε δευτερογενείς λοιμώξεις αυτού του τύπου μπορεί να έχουν μειωμένο ανοσοποιητικό σύστημα και στους ιατρικά ευάλωτους, η παρακολούθηση για δευτερογενείς λοιμώξεις είναι πολύ σημαντική με ορισμένες ασθένειες