Η ταυτότητα φύλου είναι ένας περίπλοκος όρος, που αντιστοιχεί περίπου στη βασική πεποίθηση που έχουν οι άνθρωποι για το φύλο τους και για το τι δικαιούνται να κάνουν η κοινωνία με βάση τις κοινωνικές έννοιες σχετικά με το φύλο. Τα εξωτερικά ή γενετικά σημάδια που ταιριάζουν συχνά επιβεβαιώνουν τη βασική πεποίθηση. Μια γυναίκα που πιστεύει ότι είναι γυναίκα έχει αποδείξεις γι’ αυτό από τη χρωμοσωμική της σύνθεση (δύο χρωμοσώματα x) και το γεγονός ότι έχει στήθος και κόλπο. Οι άνδρες έχουν παρόμοια απόδειξη της ταυτότητας φύλου τους. Μερικές φορές το θέμα γίνεται πολύ πιο μπερδεμένο επειδή η βασική ταυτότητα φύλου δεν ταιριάζει με τα χρωμοσώματα ή το εξωτερικό, και αυτό κάνει μερικούς ανθρώπους να αισθάνονται χωρίς φύλο ή σαν να είναι παγιδευμένοι σε λάθος τύπο σώματος.
Υπάρχουν ακόμη πολλά ερωτήματα σχετικά με τον τρόπο που οι άνθρωποι διαμορφώνουν την ταυτότητα φύλου τους. Τα χρωμοσώματα μπορεί να επηρεάσουν μερικά από αυτά και άλλα μέρη του μπορεί να αναπτυχθούν καθώς γεννιούνται και μεγαλώνουν τα παιδιά. Δεν είναι σαφές γιατί η ταυτότητα συνδέεται τόσο συχνά με φυσικά ενήλικα σημάδια συγκεκριμένου φύλου. Ούτε τα νεαρά αγόρια ούτε τα νεαρά κορίτσια έχουν στήθος, ηβική τρίχα ή πιο διευρυμένα γεννητικά όργανα, και παρόλα αυτά μπορεί να θεωρούν αυτά τα πράγματα ως μέρος του φύλου.
Πιο σαφές είναι ότι από τη στιγμή που τα παιδιά αναπτύξουν τη δική τους ταυτότητα φύλου, αυτό που περιλαμβάνει πιθανότατα ενισχύεται από την κοινωνία από τον μακρόκοσμο στον μικρόκοσμο. Ο καθένας σε μια κοινωνία λαμβάνει μηνύματα σχετικά με τους ρόλους των φύλων, και αυτά είναι πιθανό να επηρεάσουν τις αποφάσεις ενός ατόμου για το τι είναι δυνατό με βάση τις παραδοσιακές αξίες για το φύλο του/της. Υπάρχουν πάντα άνθρωποι που ξεπερνούν το καλούπι και κάνουν κάτι που συνήθως δεν αποδίδεται στο φύλο, και αυτοί οι άνθρωποι μπορεί είτε να έχουν κάποιο ρόλο στην αλλαγή των σκέψεων για το φύλο είτε να τους επικρίνουν ότι συμπεριφέρονται αντιγυναικά ή αντρικά.
Με πολλές κοινωνίες να έχουν μια αρκετά φιλελεύθερη στάση σχετικά με τους μεταβαλλόμενους ρόλους των γυναικών και των ανδρών, εξακολουθούν να υπάρχουν προκλήσεις για άτομα με διαφορετικά ζητήματα ταυτότητας. Μία από τις μεγαλύτερες προκλήσεις σε πιο ανεκτικές κοινωνίες αντιμετωπίζουν εκείνοι που έχουν απαράμιλλη ταυτότητα φύλου από μέσα και έξω. Είτε η επιθυμία να ζήσει κανείς χωρίς φύλο είτε η ισχυρή πεποίθηση ότι ένα άτομο είναι πραγματικά διαφορετικό φύλο από το φυσικό του εαυτό μπορεί να αποδειχθεί εξαιρετικά δύσκολο. Στις δυτικές κοινωνίες αυτό το ζήτημα αντιμετωπίζεται με μεγαλύτερη συχνότητα και λαμβάνοντας υπόψη τα μέσα, ένα άτομο που αισθάνεται πραγματικά ότι έχει λάθος φύλο μπορεί να υποβληθεί σε χειρουργική επέμβαση αλλαγής σεξουαλικής επαφής, αφαιρώντας στοιχεία του ενός φύλου και δημιουργώντας στοιχεία για το άλλο.
Η λήψη αυτού του βήματος δεν γίνεται πάντα καλά αποδεκτή από την οικογένεια ενός ατόμου ή την κοινωνία του. Επιπλέον, υπάρχουν ορισμένες εγγενείς σωματικές δυσκολίες που μπορεί να είναι πρόβλημα για μερικούς ανθρώπους, όπως η λήψη ορμονών, οι οποίες γενικά δεν παράγονται από το συγκεκριμένο φύλο, σε μεγάλη ποσότητα. Αυτές οι μεταβάσεις είναι πολύ δύσκολες και οι κλινικές που προσφέρουν χειρουργική επέμβαση απαιτούν συχνά μια ορισμένη παροχή συμβουλών πριν και μετά, επειδή η σεξουαλική αλλαγή είναι αποπροσανατολιστική και μόνιμη. Μερικοί που κάνουν αυτό το βήμα αναφέρουν ικανοποίηση επειδή η εσωτερική αίσθηση του φύλου ταιριάζει τελικά με την εξωτερική εμφάνιση.