Ομοζυγώτης είναι ένας οργανισμός που έχει κληρονομήσει το ίδιο αλληλόμορφο δύο φορές, μία φορά από κάθε γονέα. Αυτός ο όρος χρησιμοποιείται σε σχέση με διπλοειδείς οργανισμούς, οργανισμούς που έχουν δύο πλήρεις ομάδες χρωμοσωμάτων. Το αντίθετο της ομοζυγωτίας είναι η ετεροζυγωτία, στην οποία ο οργανισμός έχει κληρονομήσει διαφορετικό αλληλόμορφο από κάθε γονέα.
Τεχνικά, ο όρος «γονίδιο» αναφέρεται σε ένα τμήμα του γενετικού κώδικα που υπαγορεύει την έκφραση ενός συγκεκριμένου χαρακτηριστικού, ενώ ο όρος «αλληλόμορφο» χρησιμοποιείται για να συζητήσει διάφορες μορφές ενός γονιδίου. Ένας τόπος είναι μια περιοχή στο χρωμόσωμα όπου εμφανίζεται ένα γονίδιο και κάποιος που είναι ομοζυγώτης έχει το ίδιο αλληλόμορφο στους ίδιους τόπους και στα δύο σύνολα χρωμοσωμάτων. Θα μπορούσε κανείς να μιλήσει, για παράδειγμα, για ένα γονίδιο που κωδικοποιεί το χρώμα των ματιών και στη συνέχεια να συζητήσει διάφορα αλληλόμορφα όπως το μπλε, το καφέ και το φουντουκιές. Είναι σημαντικό να θυμόμαστε ότι τα γενετικά γνωρίσματα μπορούν να επηρεαστούν από περισσότερα από ένα γονίδια και μερικές φορές εμπλέκονται αλληλεπιδράσεις μεταξύ πολλαπλών γονιδίων, γεγονός που μπορεί να κάνει τη διαδικασία κληρονομικότητας μάλλον περίπλοκη.
Τα αλληλόμορφα συχνά περιγράφονται ως κυρίαρχα ή υπολειπόμενα. Στην περίπτωση ενός κυρίαρχου αλληλόμορφου, μόνο ένα αντίγραφο του αλληλόμορφου πρέπει να κληρονομηθεί για να εκδηλωθεί το χαρακτηριστικό. Με υπολειπόμενα αλληλόμορφα, από την άλλη πλευρά, δύο αντίγραφα του αλληλόμορφου πρέπει να υπάρχουν για να εκφραστεί το χαρακτηριστικό στους οργανισμούς. Όταν κάποιος είναι ομόζυγος για ένα κυρίαρχο χαρακτηριστικό, σημαίνει ότι κληρονόμησε δύο αντίγραφα ενός κυρίαρχου αλληλόμορφου και ο ομοζυγώτης, ως αποτέλεσμα, θα μεταβιβάσει το κυρίαρχο χαρακτηριστικό σε οποιουσδήποτε απογόνους, πράγμα που σημαίνει ότι το χαρακτηριστικό πρέπει να εκφράζεται σε αυτούς απόγονοι επίσης.
Ένας ομοζυγώτης που έχει δύο αντίγραφα ενός υπολειπόμενου χαρακτηριστικού θα εκφράσει το χαρακτηριστικό και θα περάσει ένα αντίγραφο του υπολειπόμενου γονιδίου στους απογόνους. Εάν ο άλλος γονέας είναι ομόζυγος για το ίδιο χαρακτηριστικό, το παιδί θα εκφράσει το χαρακτηριστικό, αλλά εάν ο άλλος γονέας είναι ετερόζυγος, με ένα αντίγραφο του υπολειπόμενου χαρακτηριστικού και ένα αντίγραφο ενός κυρίαρχου χαρακτηριστικού που ουσιαστικά υπερισχύει του υπολειπόμενου, μόνο το παιδί έχει 50% πιθανότητα να εκφράσει το υπολειπόμενο χαρακτηριστικό.
Πολλές γενετικές παθήσεις είναι υπολειπόμενες και τα άτομα που έχουν αυτές τις παθήσεις πρέπει να είναι ομόζυγα στον τόπο που καθορίζει εάν η πάθηση θα εκφραστεί ή όχι. Μερικές φορές, εμπλέκονται πολλαπλοί τόποι, γεγονός που εξηγεί γιατί πολλά γενετικά χαρακτηριστικά έρχονται σε διάφορους βαθμούς έντασης, επειδή οι άνθρωποι μπορεί να έχουν μερικά από τα αλληλόμορφα που εμπλέκονται, αλλά όχι άλλα. Κάποιος που είναι ομοζυγώτης για υπολειπόμενη γενετική πάθηση θα περάσει το γονίδιο του προβλήματος σε ένα παιδί, κάτι που μπορεί να είναι ανησυχητικό για άτομα που δεν θέλουν τα παιδιά τους να αναπτύξουν γενετικές παθήσεις ή να γίνουν φορείς τέτοιων καταστάσεων.