Οι ειδικές επιχειρήσεις της Πολεμικής Αεροπορίας είναι στρατιωτικές αποστολές που εκτελούνται σε περιβάλλοντα που είναι πολιτικά ευαίσθητα, αρνούνται ή εχθρικά. Οι στόχοι των ειδικών επιχειρήσεων της πολεμικής αεροπορίας μπορεί να είναι οικονομικοί, στρατιωτικοί, ενημερωτικοί ή/και διπλωματικοί. Όταν δεν υπάρχει ανάγκη για μεγάλες συμβατικές δυνάμεις ή όταν τέτοιες δυνάμεις μπορεί πράγματι να εμποδίσουν την επίτευξη ενός στόχου, μπορεί να χρησιμοποιηθούν οι μοναδικές στρατιωτικές δυνατότητες ειδικών επιχειρήσεων για τη διεξαγωγή μυστικών, χαμηλής ορατότητας ή κρυφών αποστολών. Οι ειδικές επιχειρήσεις της Πολεμικής Αεροπορίας μπορούν να πραγματοποιηθούν ανεξάρτητα ή από κοινού με άλλες υπηρεσίες ή συμβατικές δυνάμεις. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι ειδικές επιχειρήσεις μπορεί να περιλαμβάνουν επιχειρήσεις μέσω ή με υποκατάστατες ή αυτόχθονες δυνάμεις.
Οι συμβατικές και οι ειδικές λειτουργίες διαφέρουν ως προς το μέγεθος και τις επιχειρησιακές τεχνικές. Οι δυνάμεις ειδικών επιχειρήσεων είναι μικρές σε σχέση με το μέγεθος του εχθρού. Για παράδειγμα, μια μικρή ομάδα προσωπικού ειδικών επιχειρήσεων της πολεμικής αεροπορίας μπορεί να εισαχθεί πίσω από τις γραμμές του εχθρού για τη συλλογή πληροφοριών. Οι συμβατικές δυνάμεις χρησιμοποιούν τα πιο πρόσφατα μαχητικά αεροσκάφη για να επιτεθούν στον εχθρό. Ένα αεροσκάφος ειδικών επιχειρήσεων, ωστόσο, μπορεί να είναι ένα μικρό μονοκινητήριο αεροσκάφος ή ελικόπτερο που μπορεί να πετάξει κάτω από εχθρικό ραντάρ.
Υπάρχουν ορισμένες βασικές δραστηριότητες που καθορίζουν τις ειδικές επιχειρήσεις της Πολεμικής Αεροπορίας. Οι αντιτρομοκρατικές επιχειρήσεις είναι ενέργειες ή αποστολές που στοχεύουν τρομοκρατικά δίκτυα, η καταπολέμηση της εξέγερσης περιλαμβάνει συνδυασμένες στρατιωτικές και πολιτικές προσπάθειες για την αντιμετώπιση παραπόνων και την εξουδετέρωση μιας εξέγερσης και η καταπολέμηση της διάδοσης όπλων μαζικής καταστροφής περιλαμβάνει αποστολές εντοπισμού, ανάκτησης και καταστροφής τέτοιων όπλων. Οι ψυχολογικές επιχειρήσεις για να επηρεάσουν τις στάσεις και τη συμπεριφορά των δυνητικά εχθρικών πληθυσμών εμπίπτουν επίσης στην ευθύνη των ειδικών επιχειρήσεων. Ένα παράδειγμα ψυχολογικής επιχείρησης είναι ένα φυλλάδιο που εξηγεί μια προγραμματισμένη στρατιωτική επίθεση. Οι ρίψεις φυλλαδίων έγιναν ως μέρος μιας εκστρατείας ειδικών επιχειρήσεων πριν από την έναρξη του πολέμου στο Ιράκ το 2003.
Ο μη συμβατικός πόλεμος είναι μια άλλη πτυχή των ειδικών επιχειρήσεων της πολεμικής αεροπορίας. Αυτές αποτελούνται από παραστρατιωτικές και στρατιωτικές επιχειρήσεις, συνήθως μακράς διάρκειας, οι οποίες διεξάγονται κυρίως από υποκατάστατες ή αυτόχθονες δυνάμεις που είναι εξοπλισμένες και υποστηρίζονται σε διαφορετικούς βαθμούς από εξωτερικές οντότητες. Ένα παράδειγμα αντισυμβατικού πολέμου είναι ο εξοπλισμός και η βοήθεια που δόθηκε στη Βόρεια Συμμαχία στο Αφγανιστάν από διάφορες κυβερνήσεις στην προσπάθειά της να νικήσει τους Ταλιμπάν το 2001.
Οι στρατιωτικές ειδικές επιχειρήσεις είναι εξαιρετικά διαβαθμισμένες και συνήθως διεξάγονται λαθραία. Αυτό γίνεται τόσο για να δοθεί στις επιχειρήσεις οι καλύτερες πιθανότητες επιτυχίας όσο και για να παρέχεται προστασία στο στρατιωτικό προσωπικό που εκτελεί την επιχείρηση. Οι ιστορικοί πολέμων και στρατιωτικών εκστρατειών συνήθως δεν έχουν πρόσβαση σε πληροφορίες σχετικά με ειδικές επιχειρήσεις, επομένως παραμένουν σε μεγάλο βαθμό άγνωστοι και μη τεκμηριωμένοι, εκτός από εξαιρετικά διαβαθμισμένες πληροφορίες πληροφοριών.