Οι κλάδες HIV είναι διακριτές υποομάδες του HIV, χωρισμένες ανά γεωγραφική περιοχή. Μέσα σε κάθε clade, ο ιός έχει μια σειρά από γενετικές ομοιότητες και δείκτες που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να μάθουμε περισσότερα για την εξέλιξη του HIV. Το γεγονός ότι πολλά από τα clade είναι αρκετά διακριτικά και πολύ διαφορετικά μεταξύ τους έχει κάποιες πολύ σοβαρές επιπτώσεις για τους επιστήμονες που εργάζονται για τα εμβόλια HIV/AIDS. Δυστυχώς, μπορεί να μην είναι δυνατό να αναπτυχθεί ένα εμβόλιο για την προστασία των ανθρώπων από όλες τις κλάδες HIV ή μπορεί να μην είναι δυνατός ο εμβολιασμός κατά ορισμένων κλάδων.
Αυτός ο ιός είναι διαβόητος ότι μεταλλάσσεται εξαιρετικά γρήγορα, μια πηγή μεγάλης απογοήτευσης για τους γιατρούς και τους ερευνητές του HIV. Ακόμη και όταν οι ερευνητές άρχισαν για πρώτη φορά να μελετούν την εξέλιξη του HIV, ο ιός μεταλλάσσονταν ήδη, αναπτύσσοντας νέα χαρακτηριστικά και εμφανίζοντας νέες συμπεριφορές στο σώμα. Καθώς οι ερευνητές έμαθαν περισσότερα για τον ιό, ωστόσο, μπόρεσαν να αρχίσουν να αναγνωρίζουν και να ταυτοποιούν διαφορετικούς κλάδους HIV. Το “clade” είναι απλώς μια φανταχτερή λέξη για μια ταξινομική ομαδοποίηση.
Μελετώντας τα κλαδάκια του HIV, οι ερευνητές μπόρεσαν να παρακολουθήσουν την εξέλιξη του ιού, με την ελπίδα να μάθουν περισσότερα για το από πού προήλθε, πώς εξαπλώθηκε και πώς θα μπορούσε ενδεχομένως να αντιμετωπιστεί. Η εκμάθηση για τα κλαδάκια του HIV ήταν ένα σημαντικό βήμα στην έρευνα που απαιτείται για τον εντοπισμό της προέλευσης της επιδημίας του HIV, καθώς επέτρεψε στους ερευνητές να αρχίσουν να εντοπίζουν την περιοχή προέλευσης του ιού, η οποία αποδείχθηκε ότι ήταν η Αφρική.
Υπάρχουν δύο βασικές ομάδες κλάδων HIV: M ή Main και O ή Outgroup. Τα κύρια clades προκαλούν το μεγαλύτερο μέρος των μολύνσεων από τον ιό HIV, ενώ τα clades εκτός ομάδας είναι πιο ασυνήθιστα, υπεύθυνα για λιγότερες μολύνσεις. Επειδή τα O clades είναι σπάνια, μερικές φορές μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό μιας πολύ συγκεκριμένης οδού μόλυνσης, εάν οι ερευνητές μπορούν να εντοπίσουν και να δοκιμάσουν μεγάλο αριθμό ατόμων.
Μεταξύ των κλάδων M, υπάρχουν οκτώ διαφορετικοί υποτύποι, με γράμματα A έως H, και κάθε γεωγραφική περιοχή τείνει να έχει ένα κυρίαρχο clade. Οι κλάδες Α και Δ, για παράδειγμα, είναι κοινές στην Ανατολική Αφρική, καθιστώντας τις μεταξύ των παλαιότερων κλάδων, ενώ η κλάδε Β εμφανίζεται στην Ευρώπη και την Αμερική, με την κλάση Γ να εμφανίζεται στην Ανατολική Ασία. Οι ιοί σε κάθε κατηγορία ανταποκρίνονται διαφορετικά στη θεραπεία και έχουν διαφορετικά επίπεδα λοιμογόνου δράσης, γεγονός που εξηγεί γιατί μερικοί άνθρωποι ανταποκρίνονται πολύ καλά στα φάρμακα για τον HIV/AIDS, ενώ άλλοι αγωνίζονται με μια σειρά από φαρμακευτικά σχήματα.