Όταν τα τρόφιμα αφομοιώνονται, περνούν από το στομάχι στο λεπτό έντερο και μετά στο παχύ έντερο. Στην πορεία, διάφορα οξέα και άλλες ουσίες αλληλεπιδρούν με το φαγητό για να το διασπάσουν και να επιτρέψουν στο σώμα να απορροφήσει τα θρεπτικά συστατικά που παρέχει. Τόσο το πάγκρεας όσο και το ήπαρ συνδέονται με το λεπτό έντερο στο δωδεκαδάκτυλο, προσθέτοντας σημαντικές ουσίες όπως η χολή, η ινσουλίνη και η γλυκαγόνη στο έντερο. Το σημείο στο οποίο συνδέονται με το έντερο, που βρίσκεται στη μείζονα δωδεκαδακτυλική θηλή κατά το ήμισυ του δεύτερου μισού του δωδεκαδακτύλου, ονομάζεται αμπούλα του βατερ.
Γνωστή και ως ηπατοπαγκρεατική αμπούλα, η αμπούλα του vater μεταφέρει χολή από τον κοινό χοληδόχο πόρο, καθώς και εκκρίσεις από το πάγκρεας μέσω του παγκρεατικού πόρου, στο λεπτό έντερο. Αρκετοί σφιγκτήρες διασφαλίζουν ότι οι εκκρίσεις κατευθύνονται στη σωστή θέση και εμποδίζουν το περιεχόμενο του λεπτού εντέρου να ρέει πίσω προς τα έξω μέσω της αμπούλας. Ο χοληδόχος πόρος και ο παγκρεατικός πόρος έχουν αμφότερα σφιγκτήρες για τον έλεγχο της ροής του υγρού. Ένας άλλος σφιγκτήρας, ο ηπατοπαγκρεατικός σφιγκτήρας, ελέγχει την κίνηση του υγρού μέσω της ηπατοπαγκρεατικής αμπούλας. Αυτός ο σφιγκτήρας είναι επίσης γνωστός ως ο σφιγκτήρας του Oddi.
Ένα αποτέλεσμα των εκκρίσεων που δεν ρέουν ομαλά μέσω του πεπτικού συστήματος μπορεί να είναι η παγκρεατίτιδα. Αυτή η ασθένεια μπορεί να εμφανιστεί όταν η αμπούλα του vater μπλοκάρει, όπως από χολόλιθο. Όταν η αμπούλα του βατέρ είναι μπλοκαρισμένη, οι πεπτικοί χυμοί που παράγονται από το πάγκρεας, οι οποίοι περιλαμβάνουν ινσουλίνη και γλυκαγόνη, ενεργοποιούνται στο πάγκρεας αντί για το δωδεκαδάκτυλο. Τα κύτταρα στο πάγκρεας στη συνέχεια ερεθίζονται, οδηγώντας σε φλεγμονή. Η παγκρεατίτιδα αναφέρεται στη φλεγμονή του παγκρέατος και μπορεί να εντοπιστεί σε μια ποικιλία άλλων αιτιών επίσης. Τα συμπτώματα μπορεί να περιλαμβάνουν κοιλιακό άλγος, ναυτία και πόνο στην κοιλιά που εξαπλώνεται στο κάτω μέρος της πλάτης.
Σπάνια, ο καρκίνος μπορεί να αναπτυχθεί στην ηπατοπαγκρεατική αμπούλα, με συμπτώματα που περιλαμβάνουν ίκτερο και πόνο. Όπως και οι περισσότεροι καρκίνοι, η έγκαιρη διάγνωση οδηγεί σε υψηλότερη πιθανότητα ανάρρωσης. Λιγότερα από 2,000 περιστατικά συνήθως διαγιγνώσκονται σε ένα χρόνο στις Ηνωμένες Πολιτείες και αυτός ο αριθμός αποτελεί μόνο τα δύο δέκατα του ενός τοις εκατό όλων των διαγνωσμένων γαστρεντερικών κακοηθειών. Αυτός ο τύπος καρκίνου εμφανίζεται τόσο σε άνδρες όσο και σε γυναίκες με την ίδια συχνότητα και αντιμετωπίζεται με την αφαίρεση του καρκίνου καθώς και σε τμήμα του προσβεβλημένου δωδεκαδακτύλου. Ο καρκίνος της αμπούλας του vater συχνά κάνει μεταστάσεις στους λεμφαδένες και το ποσοστό πενταετούς επιβίωσης είναι μόνο περίπου 40 τοις εκατό.