Βρίσκονται βαθιά μέσα στο κέντρο του εγκεφάλου, τα αριστερά και δεξιά βασικά γάγγλια περικυκλώνουν τον θάλαμο και αποτελούν ένα κρίσιμο μέρος του πρόσθιου εγκεφάλου. Αυτά τα γάγγλια πιστεύεται ότι είναι συμμετρικά σε δομή και λειτουργία. Παρόλο που η γνώση των διαταραχών του εγκεφάλου που επηρεάζουν τα αριστερά βασικά γάγγλια είναι άφθονη, μια οριστική, συνεκτική θεωρία για τη λειτουργία της δεν έχει ακόμη προκύψει. Θεωρείται ότι αυτή η περιοχή του εγκεφάλου εμπλέκεται σε εκτελεστικές λειτουργίες, μάθηση και συναίσθημα. Πειραματικές μελέτες έχουν δείξει ότι αυτά τα γάγγλια εμπλέκονται στην επιλογή δραστηριότητας, τη μεταβολή δραστηριότητας και την κίνηση, αλλά το πώς κάνει χρήση της ανασταλτικής του δραστηριότητας για την ενεργοποίηση των κινητικών νευρώνων παραμένει ασαφές.
Οι πιο συχνές διαταραχές που επηρεάζουν τα αριστερά βασικά γάγγλια είναι η νόσος του Χάντινγκτον και η νόσος του Πάρκινσον. Και οι δύο αυτές καταστάσεις χαρακτηρίζονται από ανωμαλίες στην κίνηση καθώς και πτώση της γνωστικής ευελιξίας και της εκτελεστικής λειτουργίας. Αυτό δίνει την πίστη στη θεωρία ότι αυτή η περιοχή του εγκεφάλου είναι υπεύθυνη για μια ποικίλη και πολύπλοκη σειρά εργασιών στον εγκέφαλο.
Το σύνδρομο Tourette και η ιδεοψυχαναγκαστική διαταραχή έχουν επίσης συσχετιστεί με τη δυσλειτουργία των αριστερών βασικών γαγγλίων. Αυτό δεν προκαλεί έκπληξη, επειδή πολλοί νευροεπιστήμονες υποπτεύονται ότι η αλλαγή και η επιλογή δραστηριότητας μπορεί επίσης να μεσολαβείται από αυτό το τμήμα του εγκεφάλου. Τα ευρήματα ότι ο εθισμός μπορεί να διαμεσολαβείται σε αυτήν την περιοχή προσφέρουν περαιτέρω υποστήριξη στη θεωρία ότι αυτά τα γάγγλια ρυθμίζουν τα κίνητρα και τη συμπεριφορική μάθηση.
Αυτό μπορεί να βοηθήσει στην εξήγηση της σημασίας αυτής της περιοχής στον σπονδυλωτό εγκέφαλο. Κάθε είδος σπονδυλωτού έχει τουλάχιστον τα στοιχειώδη στοιχεία των αριστερών βασικών γαγγλίων. Αυτό δείχνει ότι είναι πιθανό να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην κίνηση, τη συμπεριφορά και τις πρωτόγονες παρορμητικές παρορμήσεις.
Ορισμένοι ειδικοί πιστεύουν ότι η χρήση των ανασταλτικών νευροδιαβιβαστών γάμμα-αμινοβουτυρικού οξέος (GABA) από τα αριστερά βασικά γάγγλια στους περισσότερους νευρώνες του αντί του διεγερτικού νευροδιαβιβαστή γλουταμινικού προσθέτει στη δυσκολία κατανόησης της λειτουργίας του. Αυτοί οι νευρώνες ασκούν τη δραστηριότητά τους αναστέλλοντας τις ενέργειες των στόχων τους, οπότε υπάρχουν αμέτρητες δυνατότητες ανατροπής των σημείων επιρροής τους. Αυτό δημιουργεί τη δυνατότητα για ακόμη περισσότερες θεωρίες σχετικά με το ποιες νευρωνικές ομάδες συνεργάζονται για να επιτύχουν τα αποτελέσματά τους.
Παρά τη σημασία του GABA στα γάγγλια στο σύνολό του, ένα από τα τμήματα του έχει υψηλή συγκέντρωση χολινεργικών νευρώνων. Τα κύτταρα εντός του ραβδωτού σώματος, αν και περιλαμβάνουν μόνο ένα μικρό μέρος αυτών των γαγγλίων στο σύνολό τους, χρησιμοποιούν τον διεγερτικό νευροδιαβιβαστή ακετυλοχολίνη σχεδόν αποκλειστικά. Μια σημαντική ποσότητα νευρώνων στην περιοχή χρησιμοποιεί επίσης ντοπαμίνη. Αυτός είναι ο νευροδιαβιβαστής που πιστεύεται ότι μετριάζει τόσο τα κίνητρα και τον εθισμό όσο και παίζει ρόλο στην εξέλιξη της νόσου του Πάρκινσον, οπότε η σημασία του για τη συνολική λειτουργία των αριστερών βασικών γαγγλίων δεν μπορεί να υπερεκτιμηθεί.