Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί ορισμοί για τον όρο διαχείριση οικοσυστημάτων, αλλά υπάρχουν δύο κοινά θέματα. Πρώτον, η διαχείριση του οικοσυστήματος θα πρέπει είτε να διατηρήσει είτε να βελτιώσει το οικοσύστημα. Δεύτερον, η διοίκηση πρέπει να παρέχει προϊόντα ή υπηρεσίες για τρέχοντες και μελλοντικούς χρήστες του οικοσυστήματος.
Ένα οικοσύστημα αποτελείται από όλα τα είδη, συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπων, που ζουν σε ένα συγκεκριμένο φυσικό περιβάλλον. Αποτελείται από ζωντανά και μη ζωντανά συστατικά που αλληλεπιδρούν για να σχηματίσουν ένα σταθερό και αυτο-διαιωνιζόμενο σύστημα. Ένα οικοσύστημα είναι σταθερό στο ότι μπορεί να προσαρμοστεί στις αλλαγές από μέσα και να διαιωνίζεται καθώς συνεχίζεται χωρίς παρεμβολές από ανθρώπους ή άλλα είδη. Παραδείγματα οικοσυστημάτων περιλαμβάνουν τα κωνοφόρα δάση στη Βόρεια Αμερική, τα δάση φύτρων στον ωκεανό και τα τροπικά τροπικά δάση.
Εάν ένα συγκεκριμένο μέρος ενός οικοσυστήματος αφαιρεθεί πιο γρήγορα από ό, τι μπορεί να αναπληρωθεί, τότε ολόκληρο το σύστημα μπορεί να είναι σε πρόβλημα. Αυτό θα μπορούσε να οφείλεται στην εισβολή νέου είδους ή στη χρήση και εκμετάλλευση μέρους του οικοσυστήματος από ανθρώπους. Δεν έχει σημασία ποιο μέρος του οικοσυστήματος αφαιρείται, τα αποτελέσματα είναι τα ίδια.
Υπάρχουν πολλά παραδείγματα υπερβολικής εκμετάλλευσης ενός είδους από ανθρώπους, συμπεριλαμβανομένων των γιγάντιων κοκκινόξυλων στην Καλιφόρνια, πολλά διαφορετικά είδη μεγάλων θηραμάτων στην Αφρική και φάλαινες σε όλο τον κόσμο. Ο αποδεκατισμός του πληθυσμού των φαλαινών μέσω του κυνηγιού δημοσιεύτηκε πολύ. Η διατήρηση δεν σημαίνει ότι κανένα φυτό ή ζώο δεν μπορεί να καταστραφεί. Αντ ‘αυτού, η απομάκρυνση πραγματοποιείται με ελεγχόμενο τρόπο, οπότε τίποτα δεν απομακρύνεται από ένα οικοσύστημα πιο γρήγορα από όσο μπορεί να αντικατασταθεί. Η διατήρηση μέσω της διαχείρισης του οικοσυστήματος σημαίνει ότι ολόκληρο το οικοσύστημα μπορεί να διατηρηθεί ενώ παράλληλα παρέχει στους τρέχοντες και μελλοντικούς χρήστες.
Ένα από τα βασικά σημεία αντίθεσης στη διαχείριση των οικοσυστημάτων προέρχεται από εκείνους που χρησιμοποιούν επί του παρόντος το οικοσύστημα για τα προς το ζην. Ένα παράδειγμα είναι η παραγωγή ξυλείας έναντι της διατήρησης εντός των κωνοφόρων δασών του Βορειοδυτικού Ειρηνικού των Ηνωμένων Πολιτειών. Όσοι ήταν στη βιομηχανία ξυλείας ανησυχούσαν για απώλεια θέσεων εργασίας, ενώ οι συντηρητές επισήμαναν την απώλεια βασικών ειδών, όπως οι κουκουβάγιες, λόγω της έλλειψης δέντρων. Το πρόγραμμα διαχείρισης του οικοσυστήματος που εκπονήθηκε παρείχε έναν τρόπο συγκομιδής ξυλείας αφήνοντας παράλληλα αρκετά δέντρα σε ορισμένες περιοχές για να διατηρηθεί το επίπεδο των ειδών.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η διαχείριση του οικοσυστήματος περιλαμβάνει τη διατήρηση ενός ολόκληρου οικοσυστήματος, όχι μόνο την εργασία σε ένα συγκεκριμένο είδος ή μέρος του οικοσυστήματος. Συχνά εστιάζοντας σε μία μόνο περιοχή, άλλες περιοχές μέσα στο οικοσύστημα θα υποφέρουν καθώς η ίδια ευημερεί. Η διαχείριση του οικοσυστήματος προσφέρει μια πιο ολιστική άποψη για τη δημιουργία ενός επιτυχημένου οικοσυστήματος για το παρόν και το μέλλον.