Η πυκνή φύτευση είναι πάντα χρήσιμη όταν πρόκειται για τη μείωση της ανάπτυξης ζιζανίων. Ωστόσο, πολλές φορές χρειάζεται μια άλλη προσέγγιση. Τα βιολογικά ζιζανιοκτόνα δεν περιέχουν επιβλαβείς χημικές ουσίες. Θεωρούνται φιλικά προς το περιβάλλον και ασφαλή για χρήση. Χρησιμοποιώντας ένα οργανικό ζιζανιοκτόνο, δεν χρειάζεται να ανησυχείτε για την απειλή ανθρώπων, κατοικίδιων ζώων, φυτών ή της γύρω περιοχής. Αυτό παρέχει μια εναλλακτική λύση στη χρήση χημικών προϊόντων.
Ενώ υπάρχουν διάφοροι τύποι οργανικών ζιζανιοκτόνων, τα περισσότερα είναι όξινα στη φύση. Αυτά τα οξέα λειτουργούν μειώνοντας τα επίπεδα pH των ζιζανίων-στόχων, γεγονός που τελικά τα σκοτώνει. Δεδομένου ότι τα οξέα διαλύονται γρήγορα μετά την επαφή, αυτά τα φυσικά ζιζανιοκτόνα δεν αποτελούν απειλές για τα κοντινά φυτά. Πολλά είναι διαθέσιμα στο εμπόριο, όπως το BurnOut II Weed Killer, το οποίο κατασκευάζεται από την St. Gabriel Laboratories. Αυτό μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να σκοτώσει τα ζιζάνια σε κήπους, μονοπάτια, μονοπάτια, κρεβάτια και γκαζόν.
Άλλες μορφές βιολογικού ζιζανιοκτόνου προέρχονται από σπιτικές λύσεις. Το διάλυμα ξυδιού είναι ίσως το πιο δημοφιλές είδος σπιτικού βιολογικού ζιζανιοκτόνου. Συνήθως, όσο πιο συμπυκνωμένο είναι το ξύδι, τόσο πιο αποτελεσματικό είναι στο να σκοτώνει τα ζιζάνια. Για παράδειγμα, αυτά που έχουν τουλάχιστον έντεκα τοις εκατό ή υψηλότερες συγκεντρώσεις θα παρέχουν καλύτερα αποτελέσματα. Το ξύδι λειτουργεί επίσης καλύτερα σε μικρότερες περιοχές και, όπως το BurnOut, μπορεί να χρησιμοποιηθεί σχεδόν οπουδήποτε.
Ενώ το ξύδι είναι καλό για την γρήγορη εξάλειψη των ανεπιθύμητων φυτών, απαιτούνται σχεδόν πάντα πρόσθετες εφαρμογές. Τα διαλύματα ξυδιού συνήθως σκοτώνουν το φύλλωμα των πλατύφυλλων ζιζανίων όταν έρχονται σε επαφή, αλλά δεν διεισδύουν στις ρίζες των εγκατεστημένων φυτών. Ως εκ τούτου, συνιστάται συνήθως για χρήση σε νεαρά ζιζάνια και σπορόφυτα.
Εκτός από τα οργανικά ζιζανιοκτόνα με βάση το οξύ, υπάρχουν και μερικά που είναι πιο αλκαλικής φύσης. Το Bleach είναι ένα παράδειγμα αυτού του τύπου ζιζανιοκτόνου. Σε αντίθεση με τα διαλύματα ξιδιού, ωστόσο, θα πρέπει να χρησιμοποιείται μόνο μια μικρή ποσότητα λευκαντικού, όχι μεγαλύτερη από πέντε τοις εκατό. Η επεξεργασία των ζιζανίων με χλωρίνη λειτουργεί με τον ίδιο τρόπο όπως το ξύδι, αλλά μετατοπίζει το επίπεδο pH των ζιζανίων-στόχων προς την αντίθετη κατεύθυνση.
Άλλες, πιο παραδοσιακές μορφές βιολογικού ζιζανιοκτόνου περιλαμβάνουν το βοτάνισμα με το χέρι ή την αφαίρεση με κατάλληλο όργανο κήπου. Η χρήση βιολογικού σάπια φύλλα είναι μια άλλη επιλογή που έχει πολλά οφέλη. Αυτός ο τύπος μούλτι αποτελείται από πευκοβελόνες, ροκανίδια, τεμαχισμένο φλοιό ή φύλλα. Το επίστρωμα πνίγει τα ζιζάνια πριν γίνουν πρόβλημα. Διατηρεί επίσης την υγρασία, ρυθμίζει τη θερμοκρασία του εδάφους και διασπάται με την πάροδο του χρόνου, γεγονός που προσθέτει θρεπτικά συστατικά στο έδαφος. Το οργανικό σάπια φύλλα επαναχρησιμοποιείται συχνά ετησίως.