Στα βιβλία του Χάρι Πότερ, το Τμήμα Μυστηρίων είναι ένα τμήμα του Υπουργείου Μαγείας που εστιάζει στη μυστική έρευνα και πιθανώς και στην ανάπτυξη. Λίγα είναι γνωστά για τη λειτουργία του Τμήματος Μυστηρίων στη γενική κοινότητα των μάγων, καθιστώντας το τμήμα ανάλογο με άλλα άκρως απόρρητα κυβερνητικά τμήματα σε όλο τον κόσμο. Οι αναγνώστες εισάγονται στο Τμήμα Μυστηρίων στο Χάρι Πότερ και το Τάγμα του Φοίνικα.
Οι υπάλληλοι του Τμήματος Μυστηρίων ονομάζονται «Αμίλητοι». Όπως και άλλοι υπάλληλοι μυστικών οργανώσεων, φαίνεται να έχουν σε μεγάλο βαθμό κλειστή και ιδιωτική ζωή και δεν είναι φιλικοί ή εξωστρεφείς με άλλους υπαλλήλους του Υπουργείου. Τα προσόντα για να είσαι Unspeakable είναι άγνωστα, αλλά πιθανώς οι Unspeakables είναι πολύ ταλαντούχοι ερευνητές και μάγοι.
Για να αποκτήσουν πρόσβαση στο Τμήμα Μυστηρίων, οι μάγοι κατεβαίνουν με έναν ανελκυστήρα στο Υπουργείο μέχρι το ένατο επίπεδο του τεράστιου υπόγειου συγκροτήματος. Μια ενιαία πόρτα ανοίγει σε ένα μεγάλο κυκλικό δωμάτιο με περισσότερες πόρτες. Όταν μια πόρτα είναι κλειστή, το κυκλικό δωμάτιο περιστρέφεται, καθιστώντας αδύνατο να γνωρίζουμε από πού προέρχεται. Στο Χάρι Πότερ και το Τάγμα του Φοίνικα, η Ερμιόνη Γκρέιντζερ χρησιμοποιεί πολύ έξυπνα ένα ξόρκι για να φτιάξει μεγάλα φλεγόμενα «Χ» στις πόρτες, επιτρέποντας στην ομάδα νεαρών μάγων να παρακολουθεί ποιες πόρτες έχουν ήδη δοκιμάσει.
Στο Τμήμα Μυστηρίων υπάρχουν πολλά διαφορετικά δωμάτια. Φαίνεται να προορίζονται για την έρευνα περίπλοκων έργων και πολύ προηγμένης μαγείας. Είναι επίσης πιθανό το Τμήμα Μυστηρίων να κρύβει δυνητικά επικίνδυνα αντικείμενα. Μέσα σε ένα από τα δωμάτια υπάρχει μια δύναμη «ταυτόχρονα πιο υπέροχη και πιο τρομερή από τον θάνατο», σύμφωνα με τον Άλμπους Ντάμπλντορ, και αυτό το δωμάτιο παραμένει πάντα κλειδωμένο. Μερικά από τα δωμάτια είναι εξερευνημένα στο Χάρι Πότερ και το Τάγμα του Φοίνικα, το πέμπτο βιβλίο της σειράς.
Ένα από τα κεντρικά δωμάτια του Τμήματος Μυστηρίων είναι το Hall of Prophecy, το οποίο περιέχει αρχειοθετημένες προφητείες για τον κόσμο των μάγων, που κρατούνται σε μικρές γυάλινες μπάλες. Οι προφητείες μπορούν να διεκδικηθούν μόνο από τους μάγους που εμπλέκονται σε αυτές. Ένα άλλο δωμάτιο περιέχει μια μεγάλη δεξαμενή εγκεφάλων με συνδεδεμένες σκέψεις, ενώ το ένα περιέχει μια ποικιλία πλανητών που επιπλέουν στο διάστημα. Οι χρονοστροφείς και άλλες συσκευές που σχετίζονται με το χρόνο φυλάσσονται σε μεγάλο δωμάτιο και καταστρέφονται σε μεγάλο βαθμό κατά τη διάρκεια της μάχης στο Υπουργείο. Οι χαρακτήρες επισκέπτονται επίσης ένα δωμάτιο που φαίνεται να επικεντρώνεται στον θάνατο στο πέμπτο βιβλίο, με ένα μυστηριώδες πέπλο να κρέμεται από μια μεγάλη καμάρα.