Η φλεγμονή των αμυγδαλών μπορεί να προκληθεί από διάφορους παράγοντες, πιο συχνά από λοίμωξη. Οι βακτηριακές ή ιογενείς λοιμώξεις συχνά προκαλούν αμυγδαλίτιδα, η οποία μπορεί να απαιτεί αντιβιοτική ή αντιική θεραπεία. Υπάρχουν και άλλοι παράγοντες που μπορεί να προκαλέσουν πρησμένες αμυγδαλές, συμπεριλαμβανομένων των εποχιακών αλλεργιών και της ιγμορίτιδας. Ο ερεθισμός από ορισμένα είδη τροφίμων μπορεί επίσης να προκαλέσει πρησμένες και φλεγμονώδεις αμυγδαλές, καθώς και έκθεση σε ερεθιστικές ουσίες όπως ο καπνός του τσιγάρου. Πιο σοβαρά, οι όγκοι του λαιμού μπορεί να προκαλέσουν φλεγμονή των αμυγδαλών.
Η αμυγδαλίτιδα, η οποία είναι μια κατάσταση που προκαλεί επώδυνο πρήξιμο και φλεγμονή των αμυγδαλών, εμφανίζεται συνήθως σε παιδιά σχολικής ηλικίας, αν και πολλοί ενήλικες υποφέρουν επίσης από φλεγμονή των αμυγδαλών. Μερικά άτομα χρειάζονται χειρουργική αφαίρεση των αμυγδαλών τους για να αποφευχθούν οι επαναλαμβανόμενες κρίσεις αμυγδαλίτιδας. Το κοινό κρυολόγημα και η γρίπη είναι γνωστές αιτίες αμυγδαλίτιδας, οι οποίες μπορεί να υποχωρήσουν χωρίς ιατρική θεραπεία. Ωστόσο, όταν οι αμυγδαλές μολύνονται από βακτήρια, μπορεί να είναι απαραίτητη η αντιβιοτική θεραπεία. Διάφοροι τύποι ιογενών και βακτηριακών λοιμώξεων που προκαλούν φλεγμονή περιλαμβάνουν τη μονοπυρήνωση και τη στρεπτόκοκκο λαιμό.
Οι εποχιακές αλλεργίες μπορούν επίσης να προκαλέσουν φλεγμονή των αμυγδαλών σε ορισμένα άτομα. Οι αλλεργίες στην αμβροσία, τη γύρη ή τη σκόνη συχνά προκαλούν ρινική συμφόρηση και ρινική συμφόρηση και περιστασιακά φαγούρα στο λαιμό και φλεγμονή των αμυγδαλών. Επιπλέον, η ιγμορίτιδα μπορεί να προκαλέσει φλεγμονή των αμυγδαλών. Σε μια τέτοια περίπτωση, ένας γιατρός μπορεί να συνταγογραφήσει αντιισταμινικά για να μειώσει τον ερεθισμό των κόλπων και των αμυγδαλών.
Αν και δεν είναι συνηθισμένο, υπάρχουν ορισμένες τροφές που μπορεί να προκαλέσουν πονόλαιμο και φλεγμονή στις αμυγδαλές. Οι σπόροι και ο πολτός από τα τρόφιμα μπορεί να παγιδευτούν μέσα στις γωνίες του ιστού των αμυγδαλών. Εάν τα σωματίδια τροφής παραμείνουν κολλημένα στον ιστό των αμυγδαλών, μπορεί να εμφανιστεί φλεγμονή. Ο καλύτερος τρόπος για να αποφευχθεί αυτό είναι κάνοντας γαργάρες με ζεστό αλατόνερο, το οποίο μπορεί να βοηθήσει στην απομάκρυνση μικρών σωματιδίων τροφής όπως οι σπόροι. Εναλλακτικά, η χρήση αντισηπτικού στοματικού ξεπλύματος μπορεί να αποτρέψει την προσκόλληση των σωματιδίων τροφής στις αμυγδαλές.
Μια άλλη κοινή αιτία φλεγμονής του λαιμού και των αμυγδαλών είναι η έκθεση σε ρύπανση ή η εισπνοή χημικών ουσιών. Οι εργαζόμενοι στα χημικά εργοστάσια εισπνέουν συχνά παράγοντες που προκαλούν πονόλαιμο και φλεγμονή στις αμυγδαλές, και με την πάροδο του χρόνου αυτό μπορεί να οδηγήσει σε άλλες επιπλοκές στην υγεία. Ομοίως, άτομα που εκτίθενται σε ερεθιστικά όπως ο καπνός του τσιγάρου μπορεί επίσης να υποφέρουν από φλεγμονή των αμυγδαλών.
Μία από τις πιο σοβαρές αιτίες φλεγμονής των αμυγδαλών είναι οι όγκοι του λαιμού. Στα αρχικά στάδια, ο καρκίνος του λαιμού μπορεί να προκαλέσει έντονο πόνο, βήχα, δυσκολία στην κατάποση και φλεγμονή των αμυγδαλών. Αν και ο καρκίνος του λάρυγγα είναι πιο συχνός, ο καρκίνος των αμυγδαλών μπορεί επίσης να προκαλέσει οίδημα, φλεγμονή και έντονο πόνο. Μια βιοψία του ιστού του λαιμού μπορεί να καθορίσει εάν υπάρχει καρκίνος και η θεραπεία μπορεί να περιλαμβάνει ακτινοθεραπεία ή χειρουργική επέμβαση.