Σε μια κλινική υδροθεραπείας παχέος εντέρου, εκπαιδευμένοι επαγγελματίες όπως οι φυσιοπαθείς εκτελούν διαδικασίες κατά τις οποίες το παχύ έντερο γεμίζει με υγρό και αποστραγγίζεται επανειλημμένα προκειμένου να ξεπλυθεί το υλικό που έχει συσσωρευτεί στο παχύ έντερο. Για να γίνει αυτό, ένας σωλήνας εισάγεται στο ορθό. Ο σωλήνας παρέχει υγρό στο κόλον. Όταν το παχύ έντερο γεμίσει ή γεμίσει με το υγρό, ο θεραπευτής που χορηγεί τη θεραπεία μπορεί να κάνει μασάζ στην κοιλιά του πελάτη για να βοηθήσει στη διαδικασία καθαρισμού. Το υγρό που χρησιμοποιείται για τον καθαρισμό του παχέος εντέρου συνήθως ρυθμίζεται σε θερμοκρασία και πίεση από ένα μηχάνημα που επιτρέπει επίσης στον πελάτη να δει το υλικό που περνά έξω από το κόλον του.
Προκειμένου να γίνει η διαδικασία όσο το δυνατόν πιο άνετη, μια κλινική υδροθεραπείας παχέος εντέρου παρέχει συνήθως ένα άνετο τραπέζι με επένδυση για να ξαπλώσει ο πελάτης. Το τραπέζι συνήθως μοιάζει με τραπέζι μασάζ. Επίσης, για να γίνει όσο το δυνατόν πιο άνετη η διαδικασία εισαγωγής του σωλήνα στο ορθό, η κλινική έχει συνήθως διαθέσιμα φυσικά ή συνθετικά λιπαντικά που χρησιμοποιούνται για την επικάλυψη του άκρου του σωλήνα. Τέτοια λιπαντικά μπορεί να περιλαμβάνουν παρθένο λάδι καρύδας ή λιπαντικά που διαφορετικά χρησιμοποιούνται για την ενίσχυση της σεξουαλικής ευχαρίστησης.
Είναι σύνηθες για μια κλινική υδροθεραπείας παχέος εντέρου να προσφέρει μερικά είδη υγρών που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον καθαρισμό του παχέος εντέρου. Το πιο βασικό υγρό που μπορεί να χρησιμοποιηθεί είναι το καθαρό νερό. Μερικοί άνθρωποι επιλέγουν να χρησιμοποιούν νερό που έχει εγχυθεί με βότανα, ενώ άλλοι επιλέγουν να χρησιμοποιούν καφέ για να καθαρίσουν το παχύ έντερο τους. Μια κλινική υδροθεραπείας παχέος εντέρου μπορεί επίσης να προσφέρει ένα παχύ έντερο που περιλαμβάνει τη χρήση νερού που έχει εγχυθεί με σκόρδο. Οι πελάτες μπορούν επίσης να ζητήσουν από τον θεραπευτή να προσαρμόσει τη θερμοκρασία και την πίεση του υγρού κατά τη διάρκεια της συνεδρίας για να κάνει την εμπειρία όσο το δυνατόν πιο άνετη.
Αν και οι πελάτες πρέπει να αφαιρέσουν τα ρούχα στα κάτω μισά του σώματός τους για να υποβληθούν σε συνεδρίες υδροθεραπείας παχέος εντέρου, μια κλινική υδροθεραπείας παχέος εντέρου συνήθως εργάζεται πολύ σκληρά για να κάνει τους ασθενείς να αισθάνονται όσο πιο χαλαροί γίνεται. Πριν από τη συνεδρία υδροθεραπείας, δίνεται στον ασθενή η αίθουσα θεραπείας για να γδυθεί όπως χρειάζεται και να ξαπλώσει κάτω από μια κουβέρτα, σεντόνι ή πετσέτα. Ο θεραπευτής που χορηγεί τη συνεδρία μπορεί συνήθως να ολοκληρώσει το μεγαλύτερο μέρος της συνεδρίας χωρίς ο πελάτης να χρειαστεί να αποκαλύψει τις ιδιωτικές περιοχές του κάτω μισού του σώματός του.