Ένας από τους πιο σημαντικούς μικροσκοπικούς οργανισμούς του εδάφους είναι τα βακτήρια. Αυτοί οι μονοκύτταροι μικροσκοπικοί οργανισμοί είναι άφθονοι στο έδαφος και υπάρχουν σε ένα ευρύ φάσμα ταξινομήσεων. Ωστόσο, υπάρχουν αμέτρητες άλλες ποικιλίες μικροσκοπικών οργανισμών του εδάφους, συμπεριλαμβανομένων των ιών, των φυκιών και των μυκήτων. Τα ποτόζωα και τα νηματώδη είναι επίσης μεταξύ των οργανισμών του εδάφους. Τα πλάσματα που μπορείτε να δείτε με γυμνό μάτι, συμπεριλαμβανομένων των ακάρεων, των μυρμηγκιών, των γαιοσκώληκων και των γυμνοσάλιαγκων είναι επίσης οργανισμοί του εδάφους.
Οι μικροσκοπικοί οργανισμοί του εδάφους μπορεί να περιλαμβάνουν μονοκύτταρα ή πολυκύτταρα μικρόβια. Οι περισσότεροι από αυτούς τους οργανισμούς δεν μπορούν να φανούν χωρίς τη χρήση μικροσκοπίου. Οι ιοί, για παράδειγμα, είναι μερικοί από τους μικρότερους οργανισμούς όλων και μπορούν να προβληθούν μόνο με τη χρήση ηλεκτρονικού μικροσκοπίου. Τα περισσότερα μικροσκόπια που χρησιμοποιούνται στα σχολεία δεν επαρκούν για την προβολή ιών.
Υπάρχουν πολλές ποικιλίες βακτηρίων, ωστόσο, που μπορούν συνήθως να προβληθούν με ένα συνηθισμένο οπτικό μικροσκόπιο υψηλής ισχύος. Για τον περιστασιακό χομπίστα ή μαθητή, πολλές μορφές βακτηρίων μπορούν να προβληθούν σε ισχύ 400x. Σε έδαφος που περιέχει υψηλή περιεκτικότητα σε πλούσια οργανική ύλη που μπορεί να παρέχει θρεπτικά συστατικά, τα βακτήρια θα ευδοκιμήσουν και γενικά θα είναι άφθονα.
Πολλές μορφές βακτηρίων είναι απαραίτητες για το έδαφος του κήπου και, στη συνέχεια, για τη ζωή των φυτών. Μερικά από αυτά τα πλούσια σε βακτήρια προϊόντα εδάφους μπορούν να γίνουν χώμα κομποστοποίησης. Αυτό το θέμα μπορεί να είναι ευεργετικό για την καλλιέργεια φυτών και λαχανικών. Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένες μορφές βακτηρίων του εδάφους που είναι επιζήμιες για τη ζωή των φυτών και των ζώων.
Τα φύκια είναι ένα είδος μικροχλωρίδας του εδάφους. Αποτελούνται από μια ύλη που ονομάζεται χλωροφύλλη, η οποία επιτρέπει στα φύκια να πραγματοποιούν φωτοσύνθεση. Αυτό σημαίνει ότι μπορούν να χρησιμοποιήσουν την ενέργεια από το ηλιακό φως για να απελευθερώσουν οξυγόνο, το οποίο είναι απαραίτητο για όλη τη ζωή. Τα φύκια υπάρχουν σε ποικιλίες πράσινου, κιτρινοπράσινου και διατόμων. Τα διάτομα είναι η ζωή στο έδαφος γνωστή ως ταξινόμηση του φυτοπλαγκτού. Οι επιστήμονες και οι μικροβιολόγοι πιστεύουν ότι υπάρχουν περισσότερα από 100,000 είδη διατόμων.
Αν και πολλοί άνθρωποι αναγνωρίζουν τα μυρμήγκια ως ένα είδος παρασίτου, αυτά τα πλάσματα είναι στην πραγματικότητα ένας τύπος οργανισμού του εδάφους. Αυτοί οι οργανισμοί μπορούν να βοηθήσουν στον εμπλουτισμό του εδάφους μέσω της κρίσιμης ανατομής ορισμένων οργανικών ουσιών. Τεράστιες αποικίες μυρμηγκιών, ωστόσο, μπορεί να γίνουν επιβλαβείς για ορισμένα φυτά και πρέπει να ελέγχονται για να διατηρηθεί η ποιότητα ζωής των φυτών.
Οι οργανισμοί του εδάφους γνωστοί ως νηματώδεις είναι πολυκύτταροι στρογγυλοί σκώληκες που βρίσκονται σε μεγάλη αφθονία στο έδαφος του κήπου. Γενικά τρέφονται με πολλά είδη βακτηρίων. Η παρασιτική ποικιλία αυτών των οργανισμών του εδάφους μπορεί να είναι επικίνδυνη για την υγεία των ανθρώπων και επιζήμια για τη ζωή των φυτών επίσης. Έχει γίνει λόγος για χρήση νηματωδών ως είδος εντομοκτόνου για το οικολογικό μας σύστημα. Προς το παρόν, αυτή η εργασία βρίσκεται ακόμη σε στάδια σχεδιασμού από τους ερευνητές.