Τα ανδρικά και θηλυκά αναπαραγωγικά συστήματα έχουν εξελιχθεί για διαφορετικές ειδικότητες, αλλά για τον ίδιο στόχο: να γεννήσουν παιδιά. Όλο το αναπαραγωγικό σύστημα μιας γυναίκας βρίσκεται μέσα στο σώμα, ενώ μεγάλο μέρος του άνδρα είναι έξω από το σώμα. Η λειτουργική διαφορά μεταξύ των δύο συστημάτων είναι ότι μια γυναίκα έχει σχεδιαστεί για να θρέφει ένα μωρό ενώ μεγαλώνει αρκετά για να επιβιώσει στον κόσμο και ένα ανδρικό είναι ένα σύστημα παράδοσης σπέρματος. Τα επιμέρους στοιχεία των συστημάτων διαφέρουν επίσης.
Το αναπαραγωγικό σύστημα στις γυναίκες είναι εντελώς εσωτερικό, με σημεία εξόδου και εισόδου στον κόλπο. Μια από τις πιο αισθητές διαφορές μεταξύ ανδρών και γυναικών είναι τα ανδρικά γεννητικά όργανα στο εξωτερικό του σώματος. Οι χαμηλότερες θερμοκρασίες του εξωτερικού περιβάλλοντος βοηθούν στη διατήρηση της υγείας του σπέρματος και στην πρόληψη βλαβών από τα επίπεδα θερμότητας που βρίσκονται στο σώμα.
Μια γυναίκα έχει ξεχωριστά ανοίγματα για ούρα και για έμμηνο ρύση και σεξουαλική επαφή, ενώ ο άντρας έχει μόνο ένα άνοιγμα για να βγάλει ούρα και σπέρμα. Αν και τα εξωτερικά τμήματα του κόλπου τείνουν να γεμίζουν με αίμα κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής επαφής, το πέος ενός άντρα παρουσιάζει πολύ πιο εμφανή μεγέθυνση. Αυτό του επιτρέπει να χρησιμοποιεί το πέος του για λειτουργικούς λόγους και να το εισάγει στον κόλπο.
Τόσο το ανδρικό όσο και το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα παράγουν ορμόνες, αλλά οι ορμόνες διαφέρουν. Οι γυναίκες παράγουν υψηλότερα επίπεδα γυναικείων ορμονών όπως τα οιστρογόνα και οι άνδρες έχουν περισσότερη τεστοστερόνη, για παράδειγμα. Αυτές οι ορμόνες παράγουν ευρείες επιδράσεις στο σώμα, όπως η ανάπτυξη δευτερογενών σεξουαλικών χαρακτηριστικών όπως το στήθος ή οι πλατύς ώμοι. Και τα δύο αναπαραγωγικά συστήματα αρχίζουν να παράγουν έναν αυξανόμενο αριθμό ορμονών στην εφηβεία.
Οι γυναίκες έχουν ήδη αποθηκευμένα ωάρια στις ωοθήκες κατά τη γέννηση και τα αυγά απελευθερώνονται κάθε μήνα. Οι άντρες, από την άλλη πλευρά, κάνουν τακτικά νέα σπέρματα. Το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα απαιτεί μια μηνιαία περίοδο για την ανανέωση του βλεννογόνου της μήτρας, ενώ το αντρικό σύστημα δεν απαιτεί τακτική συντήρηση με τον ίδιο τρόπο.
Δομικά, το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα είναι ένας χώρος για την κράτηση και τη φροντίδα ενός αγέννητου μωρού. Επιπλέον, είναι ένας χώρος όπου τα αυγά της γυναίκας μπορούν να αναμειχθούν με το σπέρμα του άνδρα για να δημιουργήσουν έναν νέο άνθρωπο, κάτι που επιτρέπει στη γυναίκα να μεταφέρει μερικά από τα γονίδιά της στην επόμενη γενιά και στον άντρα να κάνει το ίδιο. Το ανδρικό αναπαραγωγικό σύστημα δεν περιέχει βιολογικό εξοπλισμό που μπορεί να υποστηρίξει ένα νέο μωρό. Αντίθετα, είναι ένα σύστημα παραγωγής και παράδοσης σπέρματος.