Για λόγους απλότητας, το ανδρικό αναπαραγωγικό σύστημα μπορεί να χωριστεί σε εσωτερικά και εξωτερικά μέρη. Εξωτερικά, το σύστημα αποτελείται από το πέος και το όσχεο. Μέσα στο όσχεο, υπάρχουν οι όρχεις, η επιδιδυμίδα και τα φορτηγά deferens. Άλλα εσωτερικά μέρη του ανδρικού αναπαραγωγικού συστήματος περιλαμβάνουν τον αδένα του προστάτη, τους βολβοουρηθρικούς αδένες και την ουρήθρα.
Το πέος είναι ένα από τα πιο αναγνωρισμένα μέρη του ανδρικού αναπαραγωγικού συστήματος και έχει δύο κύρια μέρη. Η βλεφαρίδα, ή η κεφαλή του πέους, είναι ένα μέρος που πιστεύεται ότι συμβάλλει σημαντικά στην ευχαρίστηση μιας σεξουαλικής εμπειρίας και περιέχει την ουροδόχο ούρο, το οποίο είναι ένα άνοιγμα που επιτρέπει στα ούρα και το σπέρμα να διαφύγουν από το σώμα. Το δεύτερο μέρος του πέους είναι ο άξονας, ο οποίος είναι το κυλινδρικό τμήμα του πέους που σκληραίνει και επιμηκύνεται κατά τη σεξουαλική διέγερση.
Κάτω από το πέος υπάρχει μια δομή που μοιάζει με σάκο και αναφέρεται ως όσχεο. Περιέχει δύο τμήματα ωοειδούς σχήματος γνωστά ως όρχεις, τα οποία είναι υπεύθυνα για την παραγωγή και αποθήκευση σπέρματος και την παραγωγή τεστοστερόνης. Το όσχεο φιλοξενεί επίσης την επιδιδυμίδα και το vans deferens, τα οποία λειτουργούν ως δίκτυο σωληνώσεων για το ανδρικό αναπαραγωγικό σύστημα. Μια άλλη σημαντική λειτουργία του όσχεου είναι ότι, μέσω της διαστολής και της συστολής, βοηθά στη ρύθμιση της θερμοκρασίας των όρχεων εκθέτοντάς τους σε περισσότερη ή λιγότερη θερμότητα του σώματος.
Τα σπερματικά κυστίδια βρίσκονται κοντά στη βάση της ουροδόχου κύστης. Αυτές οι μικρές δομές που μοιάζουν με σακούλες συνδέονται με τα φορτηγά deferens. Η πλειοψηφία του σπερματικού υγρού παράγεται από αυτές τις δομές. Η συμβολή του είναι πλούσια σε φρουκτόζη και έτσι παρέχει στο σπέρμα καύσιμο που χρειάζεται για να είναι κινητό.
Ο προστάτης είναι ένα εσωτερικό τμήμα του ανδρικού αναπαραγωγικού συστήματος. Βρίσκεται κάτω από την ουροδόχο κύστη και παίζει ρόλο στην παραγωγή σπέρματος συνεισφέροντας υγρά που τρέφουν το σπέρμα. Η ουρήθρα είναι μια δίοδος που μεταφέρει τα ούρα από την ουροδόχο κύστη στο στόμα του ουροποιητικού. Αυτή η δίοδος, η οποία ταξιδεύει μέσω του αδένα του προστάτη, μεταφέρει επίσης σπέρμα. Η ουρήθρα είναι δομημένη έτσι ώστε να μην επιτρέπει την ανάμειξη ή ταυτόχρονη μεταφορά σπέρματος και ούρων.
Στις πλευρές της ουρήθρας βρίσκονται οι βολβοουρηθρικοί αδένες, μερικές φορές αναφερόμενοι ως αδένες Cowper’s. Αυτές οι δομές παράγουν ένα διαυγές υγρό που συχνά εκκρίνεται από το πέος κατά τη διάρκεια περιόδων κατά τις οποίες ο άνδρας διεγείρεται σεξουαλικά αλλά προηγείται κάθε εκσπερμάτωσης. Το γεγονός ότι παράγεται υγρό πριν από την εκσπερμάτωση είναι σημαντικό, επειδή πιστεύεται ότι ένας από τους σκοπούς του είναι να χρησιμεύσει ως λιπαντικό. Καθώς αποστραγγίζεται στην ουρήθρα, πιστεύεται επίσης ότι εξουδετερώνει την οξύτητα που μπορεί να προκύψει από τα ούρα.