Τα πεπτίδια είναι μεγάλες πολυπεπτιδικές αλυσίδες που αποτελούνται από έως και 50 αμινοξέα που μπορούν να ταξινομηθούν ως προς τη λειτουργία και επίσης ως προς τη σύνθεση. Ορισμένοι συνηθισμένοι τύποι πεπτιδίων που ταξινομούνται κατά λειτουργία περιλαμβάνουν ορμόνες, νευροπεπτίδια και αλκαλοειδή. Όταν ταξινομούνται με σύνθεση, τα πεπτίδια μπορεί να είναι ριβοσωμικά, μη ριβοσωμικά και πεπτονικά. Το σύστημα ταξινόμησης των πεπτιδίων θεωρείται ατελής επιστήμη επειδή ένα πεπτίδιο μπορεί να ανήκει ταυτόχρονα σε πολλές ομάδες και οι επιστήμονες συνεχίζουν να συζητούν πότε ένα πεπτίδιο πρέπει να ταξινομηθεί ως πρωτεΐνη ή πρωτεΐνη ως πεπτίδιο. Πολλοί επιστήμονες συμφωνούν ότι ένα πεπτίδιο δεν συμμορφώνεται εύκολα με ένα συγκεκριμένο πρότυπο, ενώ μια πρωτεΐνη είναι πιο διακριτή στη φύση από τη διαμόρφωση.
Οι ορμόνες, μια από τις πιο κοινές ταξινομήσεις πεπτιδίων στο ανθρώπινο σώμα, είναι συγκεκριμένα μόρια αγγελιοφόρων που χρησιμοποιούνται στην κυτταρική επικοινωνία. Οι ορμόνες αναγνωρίζονται ως τέτοιες επειδή εκκρίνονται και συντίθενται από εξειδικευμένες ομάδες κυττάρων, που ονομάζονται ενδοκρινείς αδένες. Μετά την έκκριση, τα ορμόνα πεπτίδια ταξιδεύουν στα όργανα -στόχους όπου δρουν. Το σχήμα μιας ορμόνης σχετίζεται ειδικά με τους υποδοχείς στις κυτταρικές μεμβράνες του αντίστοιχου οργάνου στόχου. Για παράδειγμα, η ορμόνη πεπτίδια γλυκαγόνη και ινσουλίνη έχουν συγκεκριμένες θέσεις υποδοχέων στο ήπαρ που τους βοηθούν να ελέγχουν τα επίπεδα σακχάρου στο αίμα.
Τα νευροπεπτίδια είναι ευρέως διαδεδομένα στο κεντρικό και περιφερικό νευρικό σύστημα του σώματος και έχουν ειδικές ανασταλτικές και διεγερτικές λειτουργίες. Τα νευροπεπτίδια λειτουργούν με τον ίδιο τρόπο όπως και οι νευροδιαβιβαστές όπως η σεροτονίνη και η ντοπαμίνη. Μια από τις πιο γνωστές κατηγορίες νευροπεπτιδίων είναι οι ενδορφίνες. Οι ενδορφίνες θεωρούνται τα ενδογενή παυσίπονα του σώματος, συχνά σε σύγκριση με το φάρμακο μορφίνη.
Μέρος της λειτουργίας των ενδορφινών περιλαμβάνει την αναστολή ενός άλλου νευροπεπτιδίου, της Ουσίας Ρ, το οποίο μεταδίδει σήματα πόνου από το περιφερικό νευρικό σύστημα στους δέκτες του κεντρικού νευρικού συστήματος. Μερικές φορές, τα νευροπεπτίδια μπορούν να λειτουργήσουν ως ορμόνες και σε ορισμένα συστήματα του σώματος.
Όσον αφορά την ταξινόμηση των πεπτιδίων λόγω της σύνθεσής τους, τα περισσότερα είναι ριβοσωμικού τύπου. Αυτός ο τύπος πεπτιδίου συντίθεται όταν μεταδίδεται το αγγελιοφόρο ριβονουκλεϊκό οξύ (mRNA) στο κύτταρο. Κατά τη μετάφραση, συμβαίνει μια χημική διαδικασία όπου μια καρβοξυλομάδα σε ένα αμινοξύ συνδυάζεται με ένα άλλο αμινοξύ για να δημιουργήσει την αρχή μιας αλυσίδας αμινοξέων. Τα ριβοσωμικά πεπτίδια συχνά αποτελούνται από 30 έως 40 αμινοξέα ενωμένα μεταξύ τους. Ο μη ριβοσωματικός τύπος πεπτιδίου συντίθεται όταν υπάρχουν ενζυματικοί καταλύτες. Τα πεπτιδικά πεπτίδια είναι σπάνια και σχηματίζονται κατά τη διάρκεια των διαδικασιών πέψης στο σώμα.