Αρκετοί διαφορετικοί τύποι εταιρειών εμπλέκονται στη βιομηχανία πεπτιδίων. Οι μικρές αλυσίδες αμινοξέων, που ονομάζονται πεπτίδια, είναι βασικά αντιδραστήρια ή αντιδραστήρια σε πολλές τεχνολογίες. Τα πεπτίδια, τα οποία μπορούν να κατασκευαστούν από τη συναρμολόγηση αμινοξέων ή την απομόνωση σύντομων αποσπασμάτων πρωτεϊνών, κατασκευάζονται σύμφωνα με εξαιρετικά απαιτητικά πρότυπα από μια εταιρεία πεπτιδίων.
Μια εταιρεία πεπτιδίων προσφέρει συχνά ένα ειδικό σύνολο προϊόντων και υπηρεσιών. Ένα εργαστήριο προσδιορισμού αλληλουχίας δέχεται δείγματα μιας άγνωστης πρωτεΐνης και προσδιορίζει πειραματικά τη γραμμική διάταξη των αμινοξέων που συνθέτουν αυτήν την πρωτεΐνη. Αυτές οι υπηρεσίες μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν ως εξωτερική επαλήθευση της εργασίας άλλης εταιρείας.
Προσαρμοσμένες εταιρείες σύνθεσης πεπτιδίων κατασκευάζουν πεπτίδια σύμφωνα με τις προδιαγραφές των πελατών τους. Αυτό επιτυγχάνεται προσθέτοντας προσεκτικά το ένα αμινοξύ μετά το άλλο με την καθορισμένη σειρά. Αυτές οι εταιρείες γίνονται σύντομα ειδικοί στις συνθήκες υπό τις οποίες οι μονάδες αμινοξέων θα προστεθούν στην πεπτιδική ουρά. Μια ερευνητική ομάδα μπορεί να εξοικονομήσει σημαντική προσπάθεια για την ανάθεση αυτής της εργασίας αντί να προσπαθεί να δημιουργήσει τις χημικές ουσίες εσωτερικά.
Ένας άλλος τύπος εταιρείας πεπτιδίων υποστηρίζει τη βιομηχανία παρέχοντας βιβλιοθήκες δεδομένων. Τα καταγεγραμμένα δεδομένα περιγράφουν τη φυσική δομή και τις χημικές ιδιότητες των πεπτιδίων. Παρέχουν επίσης τυποποιημένες δοκιμές καθαρότητας και δομής πρωτεΐνης. Οι υπηρεσίες βιβλιοθήκης πεπτιδίων υποστηρίζουν τον έλεγχο φαρμάκων, την ανάπτυξη εμβολίων και τις μελέτες λειτουργικών δομών, μεταξύ άλλων ερευνητικών δραστηριοτήτων.
Οι προμηθευτές πεπτιδίων παρέχουν καθαρισμένα αμινοξέα και πολλά απομονωμένα πεπτίδια για ερευνητικούς και μικρούς σκοπούς παραγωγής. Ο αριθμός των μεγάλης κλίμακας κατασκευαστών πεπτιδίων έχει αυξηθεί καθώς συνεχίζεται η έρευνα για τη χρήση πεπτιδίων ως φαρμάκων. Μια εταιρεία πεπτιδίων που παράγει πεπτίδια σε βιομηχανική βάση σύμφωνα με τις οδηγίες ορθής παρασκευαστικής πρακτικής είναι γνωστή ως εγκατάσταση GMP. Η πιστοποίηση GMP δεν εγκρίνει άμεσα τα προϊόντα μιας σειράς διεργασιών. Ωστόσο, με την πιστοποίηση των διαδικασιών που παράγουν τα πεπτίδια, τα προϊόντα καλύτερης ποιότητας είναι το αναμενόμενο αποτέλεσμα.
Όλοι αυτοί οι τύποι πεπτιδικών εταιρειών θα βασίζονται σε άλλους προμηθευτές που παρέχουν ενζυμικά αντιδραστήρια, καθαρισμένους διαλύτες, χημικά προϊόντα και αναλυτικό λογισμικό. Όλα τα αντιδραστήρια πρέπει να καθαρίζονται σε μεγάλο βαθμό για να διατηρηθούν τα πεπτίδια και να παρέχεται ένα κλίμα αντίδρασης που ελαχιστοποιεί τις παρενέργειες. Τα ένζυμα που χρησιμοποιούνται στην εργασία με πεπτίδια είναι εξαιρετικά αντιδραστικά και πρέπει να αντιμετωπίζονται προσεκτικά. Οι προμηθευτές ρητίνης υψηλής ποιότητας παρέχουν ρητίνες που χρησιμοποιούνται ως θέσεις αντίδρασης ή για διαχωρισμό και χαρακτηρισμό πεπτιδίων. Λογισμικό ειδικό για τη βιομηχανία βοηθά την εργασία αναγνώρισης και ανάλυσης που εκτελείται σε μια εταιρεία πεπτιδίων.