Μια βιβλιοθήκη πεπτιδίων είναι μια σειρά από πεπτίδια, αλυσίδες αμινοξέων που αποτελούν σημαντικό μέρος των δομικών στοιχείων της ζωής. Οι βιβλιοθήκες πεπτιδίων μπορούν να παρασκευαστούν από εταιρείες που ειδικεύονται στην εργασία με πεπτίδια και άλλα βιολογικά υλικά, και μπορούν επίσης να κατασκευαστούν στο εργαστήριο, σε ένα εργαστήριο που έχει την ικανότητα να συνθέτει πεπτίδια. Πολλοί ερευνητές παραγγέλνουν τις βιβλιοθήκες πεπτιδίων τους από εταιρείες που ειδικεύονται στην παραγωγή τους, με πολλές εταιρείες να μπορούν να εκπληρώσουν παραγγελίες εξαιρετικά γρήγορα.
Πολλές βιβλιοθήκες πεπτιδίων παράγονται σε στερεό υπόστρωμα όπως ρητίνη ή σφαιρίδια. Μπορούν επίσης να παρέχονται σε φιαλίδια ή σωληνάρια. Η βιβλιοθήκη πεπτιδίων μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε ένα ευρύ φάσμα ερευνητικών εφαρμογών όπου οι άνθρωποι θέλουν να εργαστούν με διάφορους συνδυασμούς αμινοξέων. Το κόστος της βιβλιοθήκης ποικίλλει, ανάλογα με το είδος της βιβλιοθήκης και πόσα πεπτίδια εμπλέκονται.
Μία χρήση των βιβλιοθηκών πεπτιδίων είναι η διαλογή πεπτιδίων. Οι ερευνητές που θέλουν να αναγνωρίσουν συγκεκριμένα πεπτίδια ή να μάθουν περισσότερα για το ρόλο των πεπτιδίων στα κύτταρα μπορούν επίσης να χρησιμοποιήσουν βιβλιοθήκες, όπως και οι άνθρωποι που εργάζονται στην ανάπτυξη φαρμάκων, οπότε μια βιβλιοθήκη πεπτιδίων μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την αναγνώριση δραστικών ενώσεων. Άλλες χρήσεις περιλαμβάνουν τον καθαρισμό πρωτεϊνών και την ανάπτυξη συνθετικών εμβολίων. Οι βιβλιοθήκες πεπτιδίων μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για τη μελέτη των μονοπατιών σηματοδότησης στα κύτταρα και στη χαρτογράφηση επιτόπων.
Πολλά εργαστήρια μπορούν να παρέχουν προσαρμοσμένες βιβλιοθήκες πεπτιδίων κατόπιν αιτήματος. Αυτά μπορούν να προσαρμοστούν για συγκεκριμένο σκοπό και μπορεί να περιλαμβάνουν μια σειρά από συγκεκριμένα πεπτίδια. Διατίθενται επίσης τυχαίες βιβλιοθήκες. Η βιβλιοθήκη πεπτιδίων συνήθως συνοδεύεται από τεκμηρίωση που περιγράφει με σαφήνεια κάθε πεπτίδιο στη συλλογή, έτσι ώστε οι άνθρωποι να γνωρίζουν με τι πρέπει να εργαστούν. Αυτή η τεκμηρίωση μπορεί επίσης να περιλαμβάνει μια συζήτηση των μεθόδων που χρησιμοποιούνται για τη δημιουργία της βιβλιοθήκης, καθώς αυτές οι πληροφορίες μπορεί να είναι σημαντικές για τους ερευνητές, ειδικά εάν δημοσιεύουν έρευνα που διεξάγεται με τη βοήθεια της βιβλιοθήκης πεπτιδίων.
Οι βιβλιοθήκες πεπτιδίων είναι γενικά διαθέσιμες σε όποιον επιθυμεί να τις παραγγείλει, όπως συμβαίνει με πολλά βιολογικά υλικά που χρησιμοποιούνται στην έρευνα. Τα πεπτίδια δεν ελέγχονται αυστηρά επειδή δεν θεωρούνται δυνητικά επικίνδυνα. Αυτό διευκολύνει επίσης τα εργαστήρια και τους ερευνητές να αποκτήσουν γρήγορα τα πεπτίδια που χρειάζονται, αντί να περιμένουν την εκκαθάριση. Αντίθετα, τα βιολογικά υλικά που μπορεί να είναι επικίνδυνα, όπως οι ιοί, μπορεί να περιοριστούν έτσι ώστε να μην καταλήγουν σε άτομα που θα μπορούσαν να θέσουν σε κίνδυνο τον εαυτό τους και τους άλλους.