Το ενδομήτριο είναι η επένδυση που βρίσκεται μέσα στη μήτρα. Αποτρέπει το μεσαίο στρώμα της μήτρας, που ονομάζεται μυομήτριο, να αναπτύξει συμφύσεις και παρέχει μια περιοχή για να προσκολληθεί ο πλακούντας στη μήτρα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Αποτελείται από ένα στρώμα επιθηλιακών κυττάρων που συνδέονται με το μυομήτριο με συνδετικό ιστό.
Το πάχος του ενδομητρίου αλλάζει μαζί με τον εμμηνορροϊκό κύκλο της γυναίκας. Πυκνώνει κατά τη διάρκεια του ωοθυλακικού κύκλου. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου η μήτρα προετοιμάζεται να δεχτεί ένα πιθανό έμβρυο. Εάν γονιμοποιηθεί ένα ωάριο και συμβεί σύλληψη, ο πλακούντας, που δημιουργεί το έμβρυο, θα προσκολληθεί στο τοίχωμα του ενδομητρίου. Αυτή η σύνδεση παρέχει μεταφορά οξυγόνου και θρεπτικών συστατικών από τη μητέρα στο έμβρυο.
Κατά τη διάρκεια των περισσότερων μηνών, ένα ωάριο δεν θα γονιμοποιηθεί. Σε αυτούς τους μήνες, η επένδυση θα σπάσει και θα αποβάλει τη διαδικασία της εμμήνου ρύσεως. Στη συνέχεια, ο κύκλος ξεκινά ξανά, καθώς το σώμα προετοιμάζεται για άλλη μια φορά για μια πιθανή εγκυμοσύνη. Όταν ένα έμβρυο είναι παρόν και εμφυτεύεται στη μήτρα, το ενδομήτριο δεν αποβάλλεται, αλλά γίνεται μέρος του πλακούντα, παρέχοντας υποστήριξη καθώς και θρεπτικά συστατικά για όλη τη διάρκεια της εγκυμοσύνης.
Αλλαγές στο ενδομήτριο συμβαίνουν λόγω διαφόρων επιπέδων ορμονών. Η πάχυνση του εσωτερικού στρώματος της μήτρας είναι αποτέλεσμα της αύξησης των επιπέδων των οιστρογόνων. Αφού οι σάλπιγγες απελευθερώσουν ένα αυγό, τα επίπεδα προγεστερόνης αυξάνονται επίσης. Αυτό σταματά τη συσσώρευση κυττάρων στο τοίχωμα της μήτρας και προετοιμάζει τη μήτρα για πιθανή εμφύτευση από ένα έμβρυο. Σε μήνες που δεν υπάρχει έμβρυο, τα επίπεδα προγεστερόνης θα μειωθούν για άλλη μια φορά και η περίσσεια του βλεννογόνου θα αποβάλλεται μέσω του εμμηνορροϊκού κύκλου.
Μερικές φορές, υπάρχουν επιπλοκές στην ανάπτυξη του ενδομητρίου. Τα χαμηλά επίπεδα ορμονών εμποδίζουν μερικές φορές την πάχυνση του εσωτερικού τοιχώματος της μήτρας. Το φυσικό αποτέλεσμα αυτού είναι η αμηνόρροια, ή η απουσία εμμηνορροϊκού κύκλου. Είναι πιο συχνή σε αθλητές ή άτομα με χαμηλά επίπεδα σωματικού λίπους. Ο μέσος κύκλος για να δημιουργηθεί και να αποβάλει το ενδομήτριο είναι 28 ημέρες, αλλά αυτό μπορεί να αλλάξει ως αντίδραση στο στρες, τις εποχές και την απώλεια ή αύξηση βάρους.