Οι οργανισμοί κατηγοριοποιούνται συνήθως σύμφωνα με το σύστημα τριών τομέων, που εισήχθη από τον Carl Woese το 1990. Αντικαθιστά το παλαιότερο σύστημα ταξινόμησης οργανισμών των πέντε βασιλείων. Στην ταξινόμηση Woese, οι τρεις τομείς της ζωής είναι: Βακτήρια, Αρχαία και Ευκαρυώτα.
Επίσης, εξετάζεται η προσθήκη ενός τέταρτου τομέα, του Acytota, που σημαίνει «χωρίς κύτταρα», για να αναπαραστήσει ιούς και άλλους ψευδο-οργανισμούς χωρίς κύτταρα όπως τα πριόν. Ακόμη πιο εικαστικό είναι ένας πέμπτος οργανισμός τομέα, ο Nanobiota, ο οποίος μπορεί να αντιπροσωπεύει εξαιρετικά μικρές, όμοιες με τη ζωή νηματοειδείς δομές που βρίσκονται σε ορισμένα ορυκτά. Πιο πρόσφατα, το 2002, ορισμένοι επιστήμονες θεώρησαν την Archaea και την Eucaryota ως μέρος του ίδιου τομέα, του Neomura.
Η πιο σημαντική διαίρεση στη ζωή γενικά θεωρείται αυτή μεταξύ προκαρυωτικών οργανισμών (κύτταρα με πυρήνες) και ευκαρυωτικών οργανισμών (με πυρήνες). Μια ελαφρώς λιγότερο σημαντική, αλλά και πάλι πολύ σημαντική, διάκριση είναι αυτή μεταξύ μονοκύτταρων και πολυκύτταρων οργανισμών και μεταξύ φυτών και ζώων.
Εάν τελικά οι ιοί αναγνωριστούν ως έγκυρη μορφή ζωής, τότε ο πιο σημαντικός διαχωρισμός θα ήταν αν μια μορφή ζωής βασίζεται σε κυτταρική βάση ή όχι. Η πιθανή εισαγωγή ιών στο βασίλειο της ζωής ξεκίνησε με την ανακάλυψη του Mimivirus, ενός πολύ μεγάλου ιού DNA με γονίδια που κωδικοποιούν τη σύνθεση νουκλεοτιδίων και αμινοξέων, κάτι που στερείται ακόμη και από ορισμένα βακτήρια.
Μια άλλη σημαντική διαφορά κατηγορίας είναι αυτή μεταξύ αερόβιων (αναπνέοντας οξυγόνο) και αναερόβιων (χωρίς ανάγκη οξυγόνου) οργανισμών. Κάποτε, όταν η ατμόσφαιρα της Γης ήταν κυρίως διοξείδιο του άνθρακα, η Γη καλύφθηκε με αναερόβιους οργανισμούς, αλλά πολλοί από αυτούς εξαφανίστηκαν κατά τη διάρκεια της Καταστροφής του Οξυγόνου, μια μακρά περίοδο κατά την οποία οι αερόβιοι οργανισμοί αναδείχθηκαν, απελευθερώνοντας μεγάλες ποσότητες οξυγόνου τοξικό στους αναερόβιους οργανισμών. Τώρα, οι αναερόβιοι οργανισμοί εμφανίζονται πιο συχνά σε σωρούς κομποστοποίησης.
Εάν ανακαλυφθεί ποτέ ζωή σε άλλο πλανήτη, αυτό θα αντιπροσώπευε έναν ακόμη πιο θεμελιώδη διαχωρισμό στη ζωή. Ο όρος που χρησιμοποιείται για να αναφερθεί συλλογικά στους οργανισμούς της Γης είναι Gaeabiota. Μερικές φορές ο παλαιότερος κοινός πρόγονος της επίγειας ζωής ονομάζεται LUCA, που σημαίνει «ο τελευταίος παγκόσμιος κοινός πρόγονος». Ο LUCA πιστεύεται ότι έζησε μεταξύ 3.6 και 4.1 δισεκατομμυρίων ετών πριν