De dragul simplității, sistemul reproducător masculin poate fi împărțit în părți interne și externe. În exterior, sistemul este format din penis și scrot. În interiorul scrotului se află testiculele, epididimul și vanele deferente. Alte părți interne ale sistemului reproducător masculin includ glanda prostată, glandele bulbouretrale și uretra.
Penisul este una dintre cele mai recunoscute părți ale sistemului reproducător masculin și are două părți principale. Glandul, sau capul penisului, este o parte despre care se crede că contribuie în mod semnificativ la plăcerea unei experiențe sexuale și conține meatul urinar, care este o deschidere care permite urinei și spermei să scape din organism. A doua parte a penisului este axul, care este porțiunea cilindrică a penisului care se întărește și se alungește în timpul excitației sexuale.
Sub penis este o structură asemănătoare sacului, denumită scrot. Conține două părți de formă ovală cunoscute sub numele de testicule, care sunt responsabile pentru producerea și stocarea spermatozoizilor și producția de testosteron. Scrotul găzduiește, de asemenea, epididimul și vans deferens, care acționează ca o rețea de conducte pentru sistemul reproducător masculin. O altă funcție importantă a scrotului este aceea că, prin expansiune și contracție, ajută la reglarea temperaturii testiculelor prin expunerea acestora la căldură corporală mai mult sau mai puțin.
Veziculele seminale sunt situate în apropierea bazei vezicii urinare. Aceste mici structuri asemănătoare sacului se conectează la deferentele furgonetelor. Majoritatea lichidului seminal este produs de aceste structuri. Contribuția sa este bogată în fructoză și astfel oferă spermatozoizilor combustibilul de care are nevoie pentru a fi mobil.
Glanda prostatică este o parte internă a sistemului reproducător masculin. Este situat sub vezica urinara si joaca un rol in productia de material seminal, contribuind cu fluide care hranesc spermatozoizii. Uretra este o cale de trecere care transportă urina de la vezică la canalul urinar. Acest pasaj, care trece prin glanda prostatică, transportă și materialul seminal. Uretra este structurată astfel încât să nu permită amestecarea sau transportul simultan al materialului seminal și al urinei.
Pe părțile laterale ale uretrei se află glandele bulbouretrale, denumite uneori glandele lui Cowper. Aceste structuri produc un lichid limpede care secretă adesea din penis în perioadele în care bărbatul este excitat sexual, dar precedând orice ejaculare. Faptul că lichidul este produs înainte de ejaculare este semnificativ, deoarece se crede că unul dintre scopurile acestuia este de a servi ca lubrifiant. Pe măsură ce se scurge în uretră, se crede că neutralizează aciditatea care poate rezulta din urină.