În sensul cel mai științific și biologic, diferența principală dintre cod și eglefin este tipul lor de specie. Ambii pești aparțin de fapt aceleiași familii de gadidae, dar se ramifică în genuri diferite, eglefinul sub genul melanogrammus, codul fiind membru al genului gadus. În general, această diferență de specii dintre cod și eglefin explică în mare măsură diferența de aspect, obiceiuri alimentare și habitat.
Acești pești pot fi foarte asemănători ca aspect, dar cea mai aparentă diferență dintre cei doi pești este liniile lor laterale care merg de la cap la coadă. Codul are o linie laterală palidă, albicioasă, în timp ce eglefinul are o linie laterală neagră închisă, împreună cu unele pete pe înotătoarea pectorală situată pe partea laterală a capului. Eglefinul are o înotătoare dorsală primară mai lungă și mai ascuțită, situată pe spatele peștelui cel mai aproape de cap, decât cea a codului. Coada eglefinului are, de asemenea, un aspect mai concav decât capătul de coadă mai tocit al codului. Ambii pești diferă și ca culoare: codul pare să aibă o nuanță verzuie, gălbuie, în timp ce eglefinul are o nuanță cenușie, argintie.
Ambii pești trăiesc în zone similare, cum ar fi în Atlanticul de Nord și în Golful Maine. Adâncimea lor de locuit, totuși, diferă prin aceea că codul trăiește în ape mai puțin adânci decât eglefinul care caută ape mai adânci. Codurile sunt din abundență la 5 până la 10 brațe (9.14 până la 18.28 metri) adâncimi, în timp ce eglefinul populează apele de la 20 până la 70 de teci (36.57 până la 128.01 metri) adâncimi. Acesta este probabil motivul pentru care codul este mai predispus la pescuit excesiv decât eglefinul. De fapt, World Wide Fund (WWF) a enumerat codul ca specie pe cale de dispariție în anul 2000, iar în 2010, codul Atlantic a fost plasat pe „lista roșie a fructelor de mare” a Greenpeace International.
În ceea ce privește obiceiurile lor alimentare, codul și eglefinul mănâncă alimente similare, cum ar fi castraveți de mare, viermi, stele fragile și moluște. Diferența este că codul mănâncă scoici și crabi de dimensiuni mai mari, în timp ce eglefinul nu. De asemenea, eglefinul mănâncă mai mulți viermi decât codul, probabil pentru că viermii de mare sunt abundenți în apropierea fundului oceanului. Codurile, pe de altă parte, ar încerca chiar să prindă mici rațe de mare lângă suprafața apei.
Un pescar sau pescar expert poate cunoaște diferența dintre cod și eglefin, dar chiar și bucătarii pot detecta diferența în ceea ce privește textura și textul. Codul este puțin mai moale decât eglefinul atunci când este presat ușor, ceea ce indică o diferență în textura cărnii. Carnea de cod este mai umedă și plină, în timp ce eglefinul poate avea o consistență fulgioasă și uscată. Codul și eglefinul au gust similar, dar mulți bucătari spun că eglefinul are o aromă mai dulce.