Główny kompleks zgodności tkankowej (MHC) to obszar genomu, który koduje szereg białek ulegających ekspresji na komórkach organizmu. Białka te służą jako flagi dla układu odpornościowego, które umożliwiają układowi odpornościowemu rozróżnienie między „własnymi” białkami, które należą do organizmu, a „nie-własnymi” białkami, które są obce. Limfocyty T układu odpornościowego łączą się z białkami wytwarzanymi przez główny kompleks zgodności tkankowej, wykorzystując te informacje do określenia, czy materiał napotkany w organizmie należy do tego miejsca.
Białka te mają postać antygenów. U ludzi są one znane jako antygeny ludzkich leukocytów (HLA). Umocowane na zewnątrz komórki antygeny te mogą być prezentowane układowi odpornościowemu, podobnie jak dane uwierzytelniające. Jeśli układ odpornościowy rozpozna antygen jako szkodliwy, może podjąć kroki w celu zabicia komórki, do której jest przyczepiony. Ma to na celu umożliwienie układowi odpornościowemu zabijania bakterii i innych organizmów, które dostają się do organizmu, oraz umożliwienie układowi odpornościowemu identyfikacji komórek zakażonych wirusami, tak aby można było powstrzymać rozprzestrzenianie się wirusa.
MHC jest niezwykle różnorodny. Niektóre z zaangażowanych genów mają setki alleli, co jest dość niezwykłe; niewiele genów ma tak wiele różnych sposobów ekspresji. Różnorodność głównego kompleksu zgodności tkankowej jest zarówno błogosławieństwem, jak i przekleństwem. Różnorodność genetyczna sprawia, że rasa ludzka jest silniejsza, zwłaszcza jeśli chodzi o obronę immunologiczną, ale także utrudnia przeszczepianie tkanek między ludźmi.
Kiedy krew, tkanka lub inny oddany materiał biologiczny jest przeszczepiany od jednej osoby do drugiej, antygeny HLA mogą nie pasować. W rezultacie układ odpornościowy biorcy uzna materiał dawcy za obcy i zaatakuje go. Powoduje to odrzucenie przeszczepu z takimi rzeczami, jak skóra i narządy, a w przypadku krwi może powodować ciężkie reakcje. W niektórych przypadkach poważny konflikt dotyczący kompleksu zgodności tkankowej może być śmiertelny.
Istnieje wiele różnych testów, które można wykorzystać do identyfikacji kluczowych obszarów czyjegoś głównego układu zgodności tkankowej. Testy te są przeprowadzane, gdy ludzie są oceniani pod kątem dawstwa narządów, aby można było znaleźć dopasowanie, które będzie jak najlepiej pasować. Chociaż niektórzy ludzie mogą zakładać, że testowana jest tylko grupa krwi, w rzeczywistości istnieje szereg antygenów, które mogą powodować konflikty, a testy muszą być dokładne, aby uniknąć marnowania materiału dawcy na kogoś, kto nie może go otrzymać.