Różnice w strukturze i funkcji różnych typów rybosomów są nieustannie badane i poprawiane, ale obecnie istnieją dwa sposoby ich klasyfikacji. Pierwszy sposób polega na ich klasyfikacji na podstawie rodzaju komórek, które zamieszkują: archeonów, eukariotów lub eubakterii. Organelle w tych specyficznych typach komórek różnią się składem, wielkością i stosunkiem białka do kwasu rybonukleinowego (RNA). Drugi sposób, w jaki rybosomy są klasyfikowane, dotyczy tego, czy są one związane z błoną, czy pozostają swobodnie unoszące się w komórce. Terminy używane do opisania tej klasyfikacji to odpowiednio „związany z błoną” i „bezpłatny”.
Różnice między organellami archeonów, eukariotów i eubakterii można zaobserwować, jeśli komórki wiruje się w wirówce. Każdy typ ma unikalny wzór i szybkość sedymentacji, gdy komórka oddziela się w laboratorium. Mierzone w jednostkach Svedberg, które wyrażają tempo, w jakim gromadzi się sedymentacja, rybosomy bakteryjne należą do klasy 70 Svedberg, podczas gdy zarówno rybosomy archeonowe, jak i eukariotyczne należą do klasy 80 Svedberg. Aby dalej rozróżniać, każdy typ różni się również wielkością i stosunkiem białka do RNA. Na przykład typ eukariotyczny mierzy od 25 do 35 nanometrów (nm) i ma stosunek białka 1:1, podczas gdy inne typy mierzą inaczej.
Struktura związanych z błoną i wolnych rybosomów jest identyczna; różnią się jedynie rozmieszczeniem przestrzennym. Istnieją jednak określone akcje, które jeden typ może wykonać, gdy znajduje się w jednym lub drugim miejscu. Te, które są związane z szorstką retikulum endoplazmatycznym (szorstkim ER) mają większą zdolność do wytwarzania białek i enzymów, które mogą być łatwo wykorzystane przez pierwotną błonę komórkową komórki. Nowo wytworzone łańcuchy białkowe mogą być bezpośrednio wprowadzane do szorstkiego ER przez rybosomy związane z błoną, skracając czas i zasoby potrzebne do transportu. Ten typ odpowiada również za większość białek, które są eksportowane z wnętrza komórki.
Typ wolny wytwarza szereg określonych niezbędnych białek, takich jak te potrzebne do produkcji hemoglobiny, czego typ związany z błoną nie może. Wolne rybosomy są potrzebne, gdy komórka szybko rośnie lub się rozmnaża, ponieważ mogą się łatwo przemieszczać i przemieszczać. Często znajdują się w małych skupiskach w cytoplazmie komórki i w tym przypadku można je nazwać polirybosomami. Wolne rybosomy znajdują się w obfitości w komórkach, które nie eksportują dużych ilości białka, ponieważ bliskość szorstkiego ER jest niezbędna dla tego procesu.