Istnieje kilka rodzajów enzymów układu pokarmowego, z których każdy ma na celu rozkład różnych części pożywienia, które można znaleźć w różnych punktach układu pokarmowego. Główne kategorie enzymów to amylaza, lipaza, proteaza i nukleaza. Gruczoły w jamie ustnej, żołądku, jelicie cienkim i trzustce wydzielają niektóre lub wszystkie z nich, gdy pokarm przechodzi przez przewód pokarmowy, aby mógł zostać rozłożony i wykorzystany przez organizm. Większość enzymów trawiennych znajduje się w soku trzustkowym, choć są one również obecne w ślinie i sokach trawiennych żołądka.
Jednym z pierwszych enzymów rozpoczynających proces trawienia jest amylaza. Ten rodzaj enzymu ma na celu rozbicie węglowodanów na cukry proste, które organizm może przetworzyć. Najpierw jest wydzielany do ust przez gruczoły ślinowe, gdzie zaczyna trawić pokarmy, takie jak owoce, warzywa i fasola. Więcej amylazy jest następnie produkowane przez trzustkę i wysyłane do jelita cienkiego, gdzie nadal pomaga rozkładać węglowodany. Istnieje kilka podkategorii amylazy, z których każda przeznaczona jest do przetwarzania określonych rodzajów węglowodanów; na przykład laktaza rozkłada cukry mleka, a sacharaza rozkłada złożone skrobie i cukry.
Proteaza to grupa enzymów układu pokarmowego, która rozkłada białka zawarte w mięsie, orzechach i serach. Żołądek i trzustka wytwarzają proteazę, więc przetwarzanie białek zaczyna się dalej w układzie pokarmowym niż węglowodany. Białko musi zostać rozbite na aminokwasy, które mają kluczowe znaczenie dla funkcjonowania wszystkich komórek. Główne typy proteazy występujące w ludzkim ciele to pepsyna i peptydaza.
Kolejnym z enzymów układu pokarmowego jest lipaza. Funkcją lipazy jest rozkładanie tłuszczów, takich jak te znajdujące się w olejach, mięsie i nabiale. Część lipazy jest wytwarzana w jamie ustnej i żołądku, ale większość pochodzi z trzustki i działa w jelicie cienkim. Tutaj działa z żółcią generowaną przez wątrobę, która emulguje duże cząsteczki tłuszczu, czyniąc je mniejszymi, aby lipaza mogła następnie rozbić ją dalej na glicerol i kwasy tłuszczowe.
Trzustka wytwarza również końcowe enzymy układu pokarmowego, nukleazę. Enzym ten ma na celu rozkład kwasów nukleinowych, takich jak DNA i RNA. Działa w celu oddzielenia wiązań między nukleotydami, które następnie uwalniają azot i cukry proste.