Silnik pokładowy to taki, w którym tylko niewielka część wału napędowego wraz ze śmigłem jest zanurzona w wodzie. Zazwyczaj w takich przypadkach główna część silnika łodzi pokładowej znajduje się w łodzi, zwykle w pobliżu środka, zwłaszcza w mniejszych jednostkach pływających. Silniki do łodzi stacjonarnych mają pewne zalety i wady, jeśli chodzi o pływanie po wodzie.
W większości przypadków silniki stacjonarne są preferowane do jazdy na nartach wodnych, a być może także podczas ogólnego rejsu. Zazwyczaj dotarcie do samolotu zajmuje mniej czasu i nie powoduje, że dziób unosi się tak bardzo, jak silnik zaburtowy podczas dotarcia do tego samolotu. Jest to również świetne dla żeglarzy, którzy martwią się o te kilka sekund, kiedy mogą nie być w stanie bezpośrednio zobaczyć, co jest przed nimi. Umożliwia to silnik pokładowy, ponieważ nie marnuje tak dużo energii na podnoszenie przodu łodzi.
Co więcej, silnik pokładowy jest popularny wśród narciarzy, ponieważ utrzymuje większą część łodzi w kontakcie z wodą. Może to ułatwić budzenie i płynniejszą jazdę na nartach. Mimo to, niektórzy narciarze mogą preferować wyzwanie, które wiąże się z większymi kilwaterami i wolą je do aktywności, takich jak skoki na kilwaterze.
Zrezygnowano też z silnika stacjonarnego. Fakt, że ma tak duży kontakt z wodą, przynajmniej w porównaniu z silnikami zaburtowymi, oznacza, że łodzie odczuwają znacznie większy opór. Może to spowolnić łódź w porównaniu z silnikami zaburtowymi o podobnej mocy. Dlatego silnik pokładowy może nie być najlepszym wyborem, gdy ważna jest prędkość.
To tylko jeden z powodów, dla których wędkarze turniejowi, na przykład ci, którzy łowią okonie lub inne gatunki ryb łownych, preferują silniki zaburtowe. Ponadto motorówka stacjonarna ma ograniczone możliwości odchylenia wału napędowego do góry, aby dostać się na płytsze wody, gdzie czasami przebywają ryby. Jest to porównywane z silnikami zaburtowymi, które zwykle można całkowicie lub prawie całkowicie podnieść z wody, aby uzyskać dostęp do takich obszarów.
Niektórzy twierdzą, że silniki stacjonarne mają zwykle dłuższą żywotność niż silniki zaburtowe. Można to jednak tłumaczyć osobistymi preferencjami lub kwestią szczęścia. Silniki dwusuwowe zużywają się szybciej niż silniki czterosuwowe, a silniki wewnętrzne to głównie silniki czterosuwowe. Jednak nowoczesne silniki zaburtowe są prawie wszystkie czterosuwowe, co sprawia, że to rozróżnienie nie jest już ważne, przynajmniej w przypadku nowszych modeli. Silnik pokładowy również kosztuje nieco więcej niż porównywalny silnik zaburtowy, co może dać niektórym wrażenie, że jakość jest tylko nieco lepsza.