Systemy rachunkowości finansowej mogą być systemami ręcznymi, ale zwykle są to programy komputerowe. Zwykle system finansowo-księgowy jest częścią większego systemu oprogramowania przeznaczonego do świadczenia ogólnych usług administracyjnych dla organizacji, ale mogą też być programami samodzielnymi. Systemy księgowe można sklasyfikować według typu organizacji, która z nich korzysta, metody stosowanej do organizowania finansów oraz sposobu, w jaki system księgowy rozpoznaje transakcje, w tym pozyskiwanie gotówki i dokonywanie płatności. Typowe typy metod systemów rachunkowości finansowej obejmują systemy analizy procesów, kont i transakcji. Systemy te można również dostosować do typu organizacji, niezależnie od tego, czy jest to departament rządowy, szkoła czy firma handlowa.
Procesów realizowanych przez te systemy jest wiele, ale obejmują one procedury zarządzania gotówką, procedury płacowe i procedury podatkowe. Mogą również obsługiwać wydatki pracowników, w tym zwrot kosztów pracy, takich jak posiłki i podróże. W zależności od organizacji system finansowo-księgowy może zawierać dodatkowe funkcje do obsługi innych aspektów codziennej działalności.
Funkcje różnią się w zależności od systemu, co oznacza, że żaden system nie jest najlepszy dla wszystkich typów organizacji. Ważne jest dopasowanie możliwości systemu księgowego do potrzeb jego użytkownika. Na przykład systemy rachunkowości finansowej dla instytucji edukacyjnych zazwyczaj zarządzają finansami operacyjnymi oprócz obsługi składek finansowych. Finanse szkoły lub uniwersytetu obejmowałyby wydatki edukacyjne i ogólne, podczas gdy system księgowy dla firmy detalicznej może wymagać zarządzania kategoriami surowców i sprzedaży detalicznej.
Uzyskanie odpowiedniego rodzaju systemu księgowego jest szczególnie ważne w przypadku finansowania dużej organizacji, takiej jak uniwersytet lub system szkół publicznych. Podczas obsługi rodzajów finansowania organizacji edukacyjnej kategorie mogą obejmować pożyczki, darowizny i finansowanie od organizacji rządowych. Te źródła finansowania często muszą być rejestrowane i przetwarzane oddzielnie, ponieważ niektóre fundusze mają ograniczone cele lub warunki finansowania, które zmieniają sposób, w jaki księgowy musi rejestrować swoje transakcje.
Systemy rachunkowości finansowej często różnią się, gdy są wykorzystywane do różnych celów. Systemy do analizy finansów firmy dla celów inwestycyjnych przez użytkownika spoza firmy różniłyby się interfejsem i funkcją od systemów rachunkowości zarządczej, które zajmują się wprowadzaniem danych finansowych i wykorzystywaniem informacji finansowych w firmie. Dzieje się tak głównie dlatego, że inwestor analizujący informacje finansowe dla firmy wymaga innego zestawu informacji i funkcji niż menedżer firmy wymaga od wewnętrznych systemów zarządzania finansami.
Programy, które obsługują systemy rachunkowości finansowej, mają zazwyczaj funkcje obejmujące zasoby ludzkie, planowanie i zarządzanie procesami. Systemy oprogramowania do zarządzania wielofunkcyjnego mają na celu umożliwienie organizacji integracji i udostępniania informacji w kilku działach firmy. Korzystając z tego typu systemów, organizacja, taka jak szkoła, może bezpośrednio wprowadzać informacje, które są dostępne dla wszystkich upoważnionych stron w systemie, co przyspiesza operacje i potencjalnie zwiększa dokładność informacji w systemie.