Związek między estrogenem a trądzikiem jest nieco złożony, ponieważ wahania hormonów w normalnym kobiecym cyklu menstruacyjnym mogą powodować trądzik w różnym czasie. Niski poziom estrogenu i proporcjonalnie wyższy poziom hormonów androgenowych ogólnie powodują trądzik torbielowaty związany z estrogenami. Zaburzenia równowagi hormonalnej, które obniżają poziom estrogenów lub podnoszą poziom androgenów, zwiększają prawdopodobieństwo powstawania trądziku, ponieważ zwiększają ilość oleju wytwarzanego przez gruczoły łojowe pod powierzchnią skóry. Pigułki antykoncepcyjne mogą złagodzić niektóre poważne objawy trądziku, ponieważ starannie utrzymują poziom estrogenu i androgenów we krwi.
Androgeny są główną przyczyną trądziku związaną z hormonami u wielu kobiet. Hormony te stymulują gruczoły łojowe do produkcji oleistej substancji zwanej sebum. Zbyt dużo tej substancji może często utknąć w porach, stanowiąc pożywkę dla pospolitych bakterii skórnych, które namnażają się pod powierzchnią skóry. Gdy bakterie się rozmnażają, często mogą powodować stan zapalny, który prowadzi do trądziku torbielowatego. Estrogen jest w stanie zniwelować lub zamaskować wpływ androgenów na organizm.
Wysoki poziom estrogenu i trądziku występują w różnych momentach w typowym cyklu menstruacyjnym. W pierwszej połowie cyklu, przed wystąpieniem owulacji, poziom estrogenów stopniowo wzrasta. To nie tylko zmniejsza działanie androgenów w organizmie, ale także zmniejsza występowanie trądziku. Organizm osiąga szczyt estrogenu tuż przed owulacją, po czym poziom estrogenu stopniowo spada. Trądzik zwykle nasila się po owulacji w okresie znanym jako faza lutealna, a najgorszy staje się tuż przed miesiączką.
Podczas fazy lutealnej cyklu stopniowo wzrasta poziom progesteronu, hormonu o właściwościach estrogenopodobnych i androgenopodobnych. Wahania progesteronu mogą zwiększać wzdęcia i poziom płynów, co z kolei powoduje ściśnięcie porów na twarzy. To zmniejszenie wielkości porów często pogarsza objawy trądziku, ponieważ dodatkowo ogranicza zdolność organizmu do usuwania nadmiaru sebum.
Pigułki antykoncepcyjne zapewniają dokładnie kontrolowany poziom estrogenu i progesteronu we krwi. Utrzymując poziom estrogenu na stałym poziomie przez cały miesiąc, tabletki są w stanie zredukować działanie androgenów podczas fazy lutealnej, a także zmniejszyć ogólne wahania poziomu hormonów. To ostatecznie prowadzi do zmniejszenia trądziku u wielu kobiet, zwłaszcza tych, które przed rozpoczęciem leczenia doświadczyły poważnych zaburzeń równowagi hormonalnej.