Progesteron, hormon steroidowy C-21 wytwarzany w jajnikach, działa jak katalizator rozpoczynający kobiecą miesiączkę, czyli cykl menstruacyjny. Wpływ progesteronu na miesiączkę wynika z jego hamowania przez inny hormon, hormon uwalniający gonadotropiny (GnRH). Przeciętny cykl menstruacyjny trwa 28 dni, a około drugiego do trzeciego tygodnia cyklu, nazywanego fazą lutealną, poziom progesteronu w układzie kobiecym gwałtownie wzrasta. Wysoki poziom progesteronu przykrywa endometrium w macicy w przyjazną wyściółkę dla embrionu do implantacji i rozwoju. Jeśli implantacja nie nastąpi, GnRH hamuje progesteron poprzez pętlę ujemnego sprzężenia zwrotnego, a spadek produkcji progesteronu powoduje złuszczanie endometrium.
Wpływ progesteronu na miesiączkę powoduje normalne krwawienie miesiączkowe lub krwawienie z odstawienia progesteronu. Zmniejszenie progesteronu na początku cyklu kobiecego zachęca do wydalenia endometrium, ponieważ wysoki poziom progesteronu zmniejsza kurczliwość mięśnia macicy. Gdy poziomy spadają, jeśli nie doszło do zapłodnienia, macica zaczyna się kurczyć, ponieważ progesteron nie hamuje jej skurczu. Jest to część tego samego mechanizmu, który wywołuje skurcze, gdy kobieta jest gotowa na poród. Pod koniec ciąży spada poziom progesteronu, który następnie rozpoczyna poród.
Produkcja progesteronu w jajnikach jest inicjowana przez trzeci hormon związany z miesiączką, zwany hormonem luteinizującym (LH). Wpływ progesteronu na miesiączkę zaczyna się, gdy przysadka zaczyna wytwarzać LH, co powoduje wyrzut progesteronu w fazie lutealnej. Podczas tej fazy aktywowany LH wyzwala uwolnienie komórki jajowej z pęcherzyka, zwane owulacją. Pod stałym kierunkiem LH pęcherzyk bez jaja formuje się w ciałko żółte i to właśnie ciałko żółte jest specyficznym generatorem progesteronu w jajniku. Ta struktura kontynuuje produkcję progesteronu, dopóki jego poziomy nie będą wystarczająco wysokie, aby zahamować GnRH, co zgodnie z pętlą ujemnego sprzężenia zwrotnego powoduje spadek poziomu progesteronu, wywołując miesiączkę.
To dzięki badanemu wpływowi progesteronu na miesiączkę pigułki antykoncepcyjne (BCP) są zaufaną formą kontroli urodzeń. Większość BCP zawiera progesteron lub substancje podobne do progesteronu, które regulują cykl kobiecy i zapewniają zahamowanie GnRH we właściwym czasie, aby zapobiec gwałtownemu wzrostowi LH w środkowej części ciała, co zapobiega owulacji. Zapłodnienie i ciąża są w tej sytuacji niemożliwe, ponieważ nie ma komórki jajowej uwolnionej z pęcherzyka, która mogłaby rozwinąć się w zarodek.