Istnieje bardzo niewiele zagrożeń związanych z trzymaniem szczurów domowych, ale tylko wtedy, gdy szczury te są udomowione i trzymane w klatkach. Szczury, które kiedykolwiek były dzikie, mogą przenosić szereg chorób, które mogą być przenoszone na ludzi. Kiedy zwierzęta nigdy nie żyły na wolności, niebezpieczeństwo zachorowania na nie jest prawie wyeliminowane. Mimo to ludzie nie powinni mieć do czynienia z gryzoniami, które mogą mieć chorobę, jeśli istnieje jakiekolwiek ryzyko przeniesienia.
Podczas gdy szczury mogą przenosić wiele różnych chorób, te trzymane jako zwierzęta domowe bardzo rzadko mają możliwość ich złapania. Choroby mogą rozprzestrzeniać się poprzez ukąszenia i zadrapania, a czasami poprzez kontakt ze skórą. Szczur może przenosić chorobę, która jest niebezpieczna dla ludzi, nie wykazując żadnych objawów, co utrudnia ocenę, czy zwierzę jest bezpieczne w obsłudze. Najlepszym sposobem dla właściciela zwierzęcia na uniknięcie zachorowania jest utrzymywanie szczurów w zdrowiu i czystości.
Szczury, które swobodnie biegają po domu, są znacznie bardziej niebezpieczne niż te trzymane w klatkach. Choroby mogą być przenoszone przez mocz i kał szczura, które szczury często upuszczają, gdziekolwiek chodzą. Ponadto, ponieważ szczury mogą dostać mocz i kał na stopy, możliwe jest, że osoba zachoruje od dotykania ich twarzy lub jedzenia bez mycia rąk.
Oprócz chorób, niebezpieczeństwa związane z trzymaniem szczurów domowych są podobne do zagrożeń związanych z trzymaniem innych zwierząt domowych. Szczury mogą gryźć lub drapać i mogą być agresywne, jeśli są traktowane lub wychowywane w niewłaściwy sposób. Większość z nich jest stosunkowo niewielka, co oznacza, że zdolność szczura do zranienia człowieka jest prawdopodobnie mniejsza niż zdolność psa. Mimo to ukąszenia mogą być bolesne i poważnie zainfekowane, więc nie jest dobrym pomysłem dotykanie lub dotykanie szczura, chyba że jest on znajomy.
Większość obaw związanych z niebezpieczeństwem trzymania szczurów jako zwierząt domowych jest związana z historią rozprzestrzeniania się choroby przez dzikie szczury, a nie z udomowionymi szczurami. Nie tylko udomowione osobniki są mało prawdopodobne, aby rozprzestrzeniały choroby, ale ich dieta i naturalne zachowania mogą nawet czynić je bezpieczniejszymi niż zwierzęta takie jak koty i psy. Mimo to szczur, który wygląda na chorego lub który przez jakiś czas przebywał na wolności, powinien zostać zbadany przez weterynarza. Kiedy rozprzestrzeniają choroby, choroby te mają tendencję do bycia poważnymi i nie zawsze są łatwe do zdiagnozowania, ponieważ często są rzadkie.