Wybór najlepszych metod podlewania szklarni zazwyczaj zależy od wielkości szklarni, liczby roślin w niej przechowywanych oraz tego, ile czasu i pieniędzy właściciel może zainwestować w system dostarczania wody. Instalacja systemu nawadniania kropelkowego lub zraszaczy może być czasochłonna, ale może oszczędzić właścicielowi codziennej pracy związanej z nawadnianiem ręcznym. Niektóre systemy wymagają początkowej inwestycji pieniężnej, ale przy regularnej konserwacji mogą przetrwać lata.
Małe szklarnie są zwykle podlewane ręcznie. Konewka jest akceptowalnym środkiem do podlewania małych szklarni i może marnować mniej wody, ale może być czasochłonna. Korzystanie z dyszy zraszającej przymocowanej do węża ogrodowego może być lepszym rozwiązaniem i szybciej podlewać rośliny. Tacki wychwytujące — szerokie, płytkie miski, które zapobiegają spływaniu wody z roślin — mogą pomóc w utrzymaniu rezerwy wody do wykorzystania w przyszłości. Są powszechnie sprzedawane w centrach ogrodniczych i u dostawców szklarni.
Inną opcją nawadniania są systemy nawadniania kroplowego, czasami nazywane systemami mgły. Systemy te mają główną linię zaopatrzenia w wodę, która jest zwykle przymocowana do szczytu szklarni. Mniejsze rurki spływają z tej głównej linii i wiszą nad roślinami, kapiąc wodę bezpośrednio do gleby. Ten rodzaj systemu wymaga wcześniejszego planowania, aby zapewnić prawidłowe rozmieszczenie linii nad roślinami. Jedną z wad tego systemu jest to, że może hamować rozbudowę szklarni: za każdym razem, gdy dodawana jest nowa roślina, trzeba będzie również zainstalować nową linię kroplową.
System zraszania może być skutecznym sposobem nawadniania szklarni. Systemy te są zwykle konstruowane z polichlorku winylu (PVC). PVC jest lekkie, niedrogie, trwałe i łatwe w obróbce. Można go kupić w wielu sklepach z artykułami do majsterkowania lub zaopatrzenia w hydraulikę. Chociaż instalacja tego typu systemu może być czasochłonna, jest to jeden z najlepszych sposobów na zapewnienie dużej, stałej ilości wody dostarczanej do roślin. Dostępnych jest wiele książek, które pomogą zaplanować i zainstalować system tryskaczowy.
Do regulatorów czasowych można podłączyć zarówno systemy nawadniania kroplowego, jak i zraszacze, które automatycznie włączają i wyłączają wodę. Niektóre zegary są bardzo niedrogie i podstawowe; proste przekręcenie pokrętła może płynąć wodą nawet przez godzinę. Inne zegary są droższe i bardziej wyrafinowane, ale można je zaprogramować tak, aby kontrolowały wodę w regularnych odstępach czasu i przez określony czas. Te zegary mają tę zaletę, że podlewają rośliny, nawet jeśli właściciel nie może spędzać czasu w szklarni.
Niezależnie od zastosowanej metody nawadniania, ogrodnicy powinni pamiętać, że korzenie zwykle rosną 6 do 12 cm pod powierzchnią gleby. Nazywa się to strefą korzeniową. Chociaż gleba może wyglądać lub wydawać się wilgotna na powierzchni, nie gwarantuje to, że korzenie otrzymują wystarczającą ilość wody. Do badania nasycenia gleby można użyć wodomierza. Posiada sondę, zwykle o długości około 15 cm, którą można włożyć do gleby, aby zmierzyć ilość wody w strefie korzeni. Jest niedrogi i dostępny w większości centrów ogrodniczych. To narzędzie może być użyte do określenia, jak skutecznie działa system nawadniania szklarni.