Biodiesel jest substancją podobną do oleju napędowego na bazie ropy naftowej, z wyjątkiem tego, że jest wytwarzany ze źródeł roślinnych, takich jak mikroalgi i orzechy kokosowe zamiast ropy naftowej. Chociaż biodiesel może występować naturalnie w określonych okolicznościach, te okoliczności są rzadkie i mogą trwać latami. Reaktor biodiesla skraca czas i sprawia, że proces jest półautomatyczny lub w pełni zautomatyzowany, dzięki czemu można wytwarzać komercyjne ilości biodiesla. Istnieją dwa główne typy reaktorów biodiesla: ścinające i ultradźwiękowe. Oba działają na biodiesel na różne sposoby, ale oba prowadzą do tworzenia dużych ilości biodiesla przy niewielkim nakładzie pracy ze strony operatora reaktora.
Każdy biodiesel zaczyna się jako surowiec pochodzenia roślinnego. Niektóre surowce obejmują mikroalgi, orzechy kokosowe i zużyte lub dziewicze oleje roślinne. Reaktor biodiesla działa następnie na surowcu, powodując reakcję chemiczną zwaną transestryfikacją. W procesie tym surowiec jest rozdzielany na dwie substancje: glicerynę i estry metylowe.
Gliceryna jest produktem ubocznym procesu i jest słodkim alkoholem. Po wyprodukowaniu gliceryna jest zwykle wykorzystywana przez inne branże do tworzenia środków nawilżających lub mydeł, dzięki czemu gliceryna nie jest marnowana ani wyrzucana. Druga substancja, ester metylowy, to nazwa chemiczna biodiesla. Na tym etapie biodiesel jest dalej rafinowany w celu stworzenia innych biopaliw, mieszanych z olejem napędowym naftowym, aby stworzyć mieszankę oleju napędowego, która zapewnia zarówno zrównoważony rozwój, jak i użyteczność w niskich temperaturach, lub jest stosowana natychmiast bez mieszanki lub dodatkowego przetwarzania.
Ultradźwiękowy reaktor biodiesla wykorzystuje fale ultradźwiękowe do wytwarzania pęcherzyków biodiesla. Pęcherzyki są wytwarzane i zapadają się pod wpływem fal ultradźwiękowych, powodując reakcję pod wpływem ciepła i ciśnienia, która powoduje transestryfikację surowca. Ultradźwiękowy reaktor biodiesla jest zwykle używany do dużych lub komercyjnych potrzeb, ponieważ jednostki te mają trudności z tworzeniem mniejszych ilości biodiesla. Jednostki te również wymagają mniej pracy od operatorów i działają w bardziej automatycznym tempie niż reaktory ścinające.
Reaktor ścinający do biodiesla jest używany w laboratoriach, które wymagają niewielkich ilości biodiesla do testowania, może być używany w domu przez wykwalifikowaną osobę, a także może być zwiększany do użytku komercyjnego. Jednostki te wykorzystują ciepło i zmniejszają wielkość kropel surowca biodiesla, aby spowodować transestryfikację. Produkcja biodiesla trwa zwykle od 30 minut do czterech godzin, w zależności od jednostki. Jednostki te wymagają więcej pracy od operatorów, ale sama jednostka jest bardziej wszechstronna w tworzeniu różnych uzysków i działa lepiej ze stałym surowcem niż jednostki reaktora ultradźwiękowego biodiesla.