Najczęściej zgłaszanymi skutkami ubocznymi astaksantyny są nieszkodliwe zmiany pigmentacyjne, takie jak lekko pomarańczowy odcień skóry lub stolca. Nawet przy wysokich dawkach nie zaobserwowano efektów toksycznych ani u zwierząt, ani u ludzi. Inne, mniej powszechne skutki uboczne astaksantyny mają większy wpływ, a skutki uboczne, takie jak niskie ciśnienie krwi i zmiany poziomu hormonów, mogą mieć poważne konsekwencje zdrowotne.
Astaksantyna jest najczęściej stosowana jako dodatek do pasz dla zwierząt i dodaje barwnika krabom, krewetki, homarom i łososiowi, nadając im znajomy czerwonawo-pomarańczowy kolor. Jako dodatek do pasz dla zwierząt, astaksantyna jest ogólnie uznawana za bezpieczną, zgodnie z Kodeksem Przepisów Federalnych Stanów Zjednoczonych, a większość ludzi może spożywać owoce morza karmione astaksantyną bez jakiejkolwiek reakcji. W 1999 roku amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków zatwierdziła astaksantynę jako składnik żywności do spożycia przez ludzi.
Jako suplement diety astaksantyna jest najczęściej stosowana jako przeciwutleniacz w celu obniżenia poziomu cholesterolu. Zwolennicy zalecają również astaksantynę w celu poprawy zdrowia oczu i leczenia zespołu cieśni nadgarstka, zapalenia stawów, urazów mięśni, dolegliwości żołądkowo-jelitowych i niepłodności męskiej. Należy jednak zauważyć, że nie ma wystarczających dowodów na poparcie któregokolwiek z tych twierdzeń i nie ma udowodnionych korzyści zdrowotnych dla tego suplementu.
Typowe skutki uboczne astaksantyny obejmują zwiększoną pigmentację, wzrost włosów, zmiany poziomu hormonów i niskie ciśnienie krwi. U mężczyzn zaobserwowano również obniżony poziom wapnia, zmniejszone libido i powiększenie piersi, ale te działania niepożądane astaksantyny są rzadsze. Możliwe są również reakcje alergiczne i mogą być dość niebezpieczne. Pokarmy karmione astaksantyną i astaksantyną powinny być unikane przez osoby ze stwierdzoną alergią na tę substancję.
Interakcje leków są kolejnym poważnym problemem. Na przykład, leki na nadciśnienie mogą być wzmacniane przez astaksantynę i mogą powodować niebezpiecznie niskie ciśnienie krwi. Na leczenie hormonalne i kontrolę urodzeń może mieć wpływ wpływ suplementu na poziom hormonów. Podobne reakcje krzyżowe zaobserwowano w przypadku niektórych leków przeciwhistaminowych, a leki na astmę mogą nie reagować dobrze na astaksantynę. Enzymy wątrobowe, które są odpowiedzialne za usuwanie różnych leków z krwi, również mogą zostać zaatakowane, co skutkuje zwiększonym poziomem tych leków pozostających w krążeniu.
Reakcje są również możliwe z innymi suplementami i preparatami ziołowymi. Saw Palmetto, black cohosh lub inne leki wpływające na hormony mogą reagować nieprzewidywalnie. Skutki uboczne astaksantyny, takie jak niskie ciśnienie krwi i obniżony poziom wapnia, mogą być wzmacniane przez substancje o podobnym działaniu. Stosowanie innych przeciwutleniaczy karotenoidowych, takich jak beta karoten i likopen, z astaksantyną zmniejszy wchłanianie i nie jest zalecane.