Μερικές φορές αναφέρεται ως εσωτερική αποτελεσματική αγορά, η λειτουργική αποτελεσματικότητα είναι μια κατάσταση σε μια αγορά όπου οι επενδυτές που αγοράζουν και πωλούν σε αυτήν την αγορά μπορούν να το κάνουν με κόστος που θεωρείται δίκαιο για αυτούς τους επενδυτές. Αυτός ο τύπος αποτελεσματικότητας κατανομής στην πραγματικότητα βοηθά στην προώθηση της αγοράς, καθώς βοηθά να διασφαλιστεί ότι όλοι όσοι συμμετέχουν σε αυτήν την αγορά είναι ικανοποιημένοι με το κόστος που επιβαρύνουν ως αποτέλεσμα της απόφασής τους να συμμετάσχουν. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι μια αγορά μπορεί να θεωρείται αποτελεσματική από ορισμένους τύπους επενδυτών, αλλά να θεωρείται εξαιρετικά αναποτελεσματική από άλλους.
Ένα παράδειγμα του τρόπου λειτουργίας της λειτουργικής αποτελεσματικότητας στην αγορά είναι η εξέταση μιας αγοράς στην οποία η προμήθεια που χρεωνόταν για συναλλαγές ήταν σε σταθερό επιτόκιο, αντί να βασίζεται στον αριθμό των μετοχών που εμπλέκονται στη συναλλαγή. Για τους επενδυτές που προτιμούν να αγοράζουν και να πωλούν σε μεγάλα πακέτα μετοχών, αυτή η σταθερή χρέωση λειτουργεί πολύ καλά, πολύ περισσότερο από μια χρέωση που βασίζεται στον αριθμό των μετοχών. Για αυτούς τους επενδυτές, η λειτουργική αποτελεσματικότητα της αγοράς θα εκλαμβανόταν ως αρκετά υψηλή. Ως αποτέλεσμα, θα τους ζητηθεί να πραγματοποιούν περισσότερες συναλλαγές σε τακτική βάση, τονώνοντας την αγορά.
Ταυτόχρονα, αυτή η σταθερή χρέωση προμήθειας θα μπορούσε να εμποδίσει την επενδυτική δραστηριότητα των μικρότερων επενδυτών. Δεδομένου ότι αυτοί οι επενδυτές θα ήταν πιο πιθανό να συμμετάσχουν σε συναλλαγές που περιελάμβαναν μονές παρτίδες, ή σε πολλούς τίτλους που είναι λιγότερες από εκατό μετοχές ή να αγοράσουν αρκετές ακόμη παρτίδες εκατό μετοχών, δεν υπάρχει εξοικονόμηση κόστους στην προμήθεια που να τους παρακινήσει να συμμετέχουν σε πιο συχνές συναλλαγές. Δεδομένου ότι το κόστος συναλλαγών δεν είναι τόσο ελκυστικό όσο θα ήταν αν ο κανόνας ήταν μια κυμαινόμενη προμήθεια με βάση τον αριθμό των μετοχών που εμπλέκονται, οι μικρότεροι επενδυτές πιθανότατα θα θεωρούσαν ότι η λειτουργική αποτελεσματικότητα της αγοράς είναι κάπως χαμηλή.
Ένα από τα αποτελέσματα της τεχνολογίας και της ικανότητας εκτέλεσης συναλλαγών στο Διαδίκτυο είναι ότι οι προμήθειες και οι προμήθειες συναλλαγών είναι πολύ χαμηλότερες από ό,τι στο παρελθόν. Αυτό σημαίνει ότι οι μικρότεροι επενδυτές μπορούν μερικές φορές να πραγματοποιούν συναλλαγές όπου το κόστος θεωρείται ότι είναι σύμφωνο με τα αντιληπτά οφέλη από την πραγματοποίηση της συναλλαγής. Σε κάποιο βαθμό, αυτό βοήθησε στη βελτίωση της λειτουργικής αποτελεσματικότητας πολλών επενδυτικών αγορών, καθώς οι χαμηλότερες προμήθειες επιτρέπουν σε περισσότερους επενδυτές όλων των μεγεθών και τύπων να συμμετέχουν ενεργά χωρίς να επιβαρύνονται με κόστος που θεωρούν άδικο.
Οι αλλαγές στους κανονισμούς μπορεί μερικές φορές να έχουν ως αποτέλεσμα τη βελτίωση της λειτουργικής αποτελεσματικότητας της αγοράς. Ένα παράδειγμα είναι οι ενέργειες που ελήφθησαν το 2000 από την Commodity Futures Trading Commission στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ένα νέο ψήφισμα που εγκρίθηκε από την CFTC δίνει τη δυνατότητα στα αμοιβαία κεφάλαια της χρηματαγοράς να πληρούν τις απαιτήσεις περιθωρίου, όπου κάποτε μόνο τα μετρητά θεωρούνταν επιλέξιμα. Αν και αυτή η αλλαγή πέρασε απαρατήρητη από πολλούς επενδυτές, είχε ως αποτέλεσμα την αύξηση της λειτουργικής αποτελεσματικότητας των προθεσμιακών αγορών, καθώς μείωσε το κόστος αγοράς και πώλησης σε αυτές τις αγορές.