Στους περισσότερους στρατιωτικούς σε όλο τον κόσμο, ένας καπετάνιος του πολεμικού ναυτικού είναι ανώτερος αξιωματικός, ο οποίος είναι υπεύθυνος για τη διοίκηση και την οργάνωση αξιωματικών χαμηλότερης κατάταξης και στρατολόγησης προσωπικού σε αποστολές στη θάλασσα. Είναι συχνά διοικητής πλοίου ή υποβρυχίου, αλλά όχι πάντα. Οι αξιωματικοί του ναυτικού μπορούν να έχουν ένα ευρύ φάσμα διαφορετικών θέσεων εργασίας. Εκτός από την εργασία με πλοία, οι καπετάνιοι μπορούν να τοποθετηθούν σε βάσεις για να οργανώσουν εκπαίδευση, να διδάξουν σε ακαδημίες υπηρεσίας ή να εκτελέσουν νομικά ή ιατρικά καθήκοντα. Τα καθήκοντά τους καθορίζονται τόσο από τον βαθμό του καπετάνιου όσο και από την επαγγελματική τους εμπειρία.
Το ναυτικό είναι, εξ ορισμού, ο ναυτικός αμυντικός βραχίονας μιας χώρας. Τα περισσότερα ναυτικά είναι οργανωμένα σε δύο παράλληλες διαδρομές: στρατευμένο προσωπικό και αξιωματικούς. Και τα δύο είναι ιεραρχικά συστήματα, με τα μέλη να αναλαμβάνουν προοδευτικά περισσότερες ευθύνες και καθήκοντα με κάθε άνοδο στην κατάταξη. Σε όλες σχεδόν τις περιπτώσεις, οι καπετάνιοι είναι ανώτεροι αξιωματικοί. Τις περισσότερες φορές, ένας καπετάνιος έχει υπηρετήσει τουλάχιστον 15 χρόνια και κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου έχει αποκτήσει εκτεταμένη τεχνογνωσία σε ορισμένες πτυχές των θαλάσσιων μαχών.
Παραδοσιακά, ο καπετάνιος του τίτλου δίνεται σε οποιονδήποτε κυβερνά πλοίο ή θαλάσσιο σκάφος. Αυτό μπορεί να κάνει τον ορισμό της εργασίας του καπετάνιου του ναυτικού κάπως μπερδεμένο, καθώς πολλοί καπετάνιοι ναυτικών πλοίων δεν έχουν αποκτήσει τον βαθμό του καπετάνιου αξιωματικού ή στην πραγματικότητα το έχουν ξεπεράσει. Στη μάχη και σε μεγαλύτερα πολεμικά πλοία, η διοίκηση δίνεται σχεδόν πάντα σε εκείνους με βαθμό καπετάνιου ή υψηλότερο. Μικρότερα σκάφη, αποστολές καλής θέλησης και εξερευνητικές κρουαζιέρες επανδρώνονται μερικές φορές από αξιωματικούς χαμηλότερης βαθμίδας ή σε εναλλασσόμενες βάρδιες μεταξύ καπετάνιων και άλλων εμπειρογνωμόνων.
Στις περισσότερες περιπτώσεις, υπάρχουν περισσότεροι καπετάνιοι σε οποιοδήποτε πλοίο από ό, τι χρειάζονται για να κατευθύνουν το πλοίο. Οι καπετάνιοι συνοδεύουν τις μονάδες του ναυτικού και κατευθύνουν τις δραστηριότητές τους ενώ βρίσκονται στο πλοίο. Αυτό συχνά περιλαμβάνει πολλή στρατηγική, σχεδιασμό μάχης και ανάλυση.
Ένας καπετάνιος του ναυτικού συνήθως ανατίθεται σε ένα συγκεκριμένο τμήμα της ναυτικής υπηρεσίας. Τα συγκεκριμένα εργασιακά του καθήκοντα θα ευθυγραμμιστούν με αυτήν την ειδικότητα. Μερικοί εκπαιδεύονται στην αεροπορία, ενώ άλλοι εστιάζουν στη στρατηγική. άλλοι έχουν εξειδίκευση στη μηχανική, την τεχνολογία ή την κατασκοπεία. Κάθε τομέας έχει αφοσιωμένους αξιωματικούς. Σε επίπεδο καπετάνιου, οι αξιωματικοί υπηρετούν ως υψηλόβαθμοι διευθυντές, κάνοντας σχέδια και δίνοντας εντολές. Ανάλογα με το μέγεθος της μονάδας, ένας καπετάνιος του ναυτικού μπορεί να είναι ο ανώτερος αξιωματικός, πράγμα που τον καθιστά τον de facto αρχηγό στον οποίο κάθε μέλος πρέπει να προεπιλεγεί.
Δεν εμπλέκεται άμεσα κάθε καπετάνιος του ναυτικού σε μάχιμες επιχειρήσεις. Τις περισσότερες φορές, τα ναυτικά εκπαιδεύουν αξιωματικούς στη νομοθεσία, στην ιατρική και σε άλλες πολιτικές ειδικότητες, έτσι ώστε το στρατιωτικό προσωπικό και οι οικογένειές τους να έχουν έτοιμη πρόσβαση στις απαραίτητες υπηρεσίες, ανεξάρτητα από το πού είναι τοποθετημένοι. Ένας γιατρός του πολεμικού ναυτικού που έχει περάσει αρκετό χρόνο στην υπηρεσία μπορεί να φτάσει στο βαθμό του καπετάνιου, για παράδειγμα. Αυτό θα τον κάνει πιο ηλικιωμένο, κάτι που συχνά δίνει τη δυνατότητα μεγαλύτερης επιλογής όταν πρόκειται για τοποθεσίες δημοσίευσης, ώρες γραφείου και άλλους λόγους ποιότητας ζωής. Οι επαγγελματίες του Πολεμικού Ναυτικού πρέπει να σέβονται τον βαθμό, αλλά σπάνια βρίσκονται σε καταστάσεις εντολής και τάξης όπως θα ήταν σε μάχη.