Ο καπετάνιος του σκάφους είναι το αφεντικό του πλοίου. Επιβλέπει το πλήρωμα και όλη τη λειτουργία του σκάφους. Οι καπετάνιοι μπορεί να απαιτείται να έχουν άδεια, ανάλογα με τον τύπο του σκάφους για τον οποίο είναι υπεύθυνοι, όπως κρουαζιερόπλοιο ή αλιευτικό σκάφος. Ανάλογα με τη χώρα, οι καπετάνιοι σκαφών μπορούν να ταξινομηθούν ως “Senior” ή “Master” και να έχουν την κατάλληλη άδεια αναγνώρισης. Ένας καπετάνιος σκάφους κάνει πρακτικές εργασίες, όπως η οδήγηση του πλοίου, αλλά χρησιμοποιεί επίσης τακτικές δεξιότητες επίλυσης προβλημάτων και προγραμματισμού.
Η κατανόηση των καιρικών συνθηκών, τα κανάλια νερού και οι νόμοι των θαλασσών σε διεθνείς τοποθεσίες είναι αρμοδιότητες ενός καπετάνιου σκάφους. Ο καπετάνιος πρέπει να γνωρίζει κάθε πτυχή της λειτουργίας ενός σκάφους, ακόμη και όταν αναθέτει καθήκοντα στα μέλη του πληρώματος. Αναθέτοντας κυρίως σε έναν πρώτο σύντροφο που του αναφέρεται, ο καπετάνιος του σκάφους δεν μπορεί να χάσει καμία λεπτομέρεια. Πρέπει να είναι σίγουρος ότι το σκάφος διατηρείται και τρέχει στην πορεία του.
Ο σχεδιασμός και η εκτέλεση στρατηγικών ασφαλείας έναντι πιθανών απειλών, όπως αυτές από πειρατές ή τρομοκράτες, είναι ευθύνη του καπετάνιου. Πρέπει επίσης να λάβει προφυλάξεις ασφαλείας έναντι της επιβίβασης λαθρεπιβάτη ή μη επιτρεπόμενων επιβατών. Ο τακτικός έλεγχος του πλοίου είναι κάτι που κάνει ένας καπετάνιος σκάφους. Οι καπετάνιοι πρέπει να διασφαλίσουν ότι οι δραστηριότητες του πλοίου παραμένουν εντός του νόμου από κάθε άποψη. Αυτό περιλαμβάνει τη συμπεριφορά των επιβατών και του πληρώματος. Οι καπετάνιοι των σκαφών έχουν εξουσία τόσο στο πλήρωμα όσο και στους επιβάτες.
Ο καπετάνιος είναι επίσης υπεύθυνος για την κατάσταση του φορτίου. Το φορτίο ενός σκάφους μπορεί να είναι ένα άφθαρτο προϊόν όπως τα κλωστοϋφαντουργικά προϊόντα ή μπορεί να είναι φθαρτά τρόφιμα όπως φρέσκα θαλασσινά. Ένας καπετάνιος σκάφους είναι υπεύθυνος για τις πωλήσεις του φορτίου και τη διατήρηση αρχείων, όπως τελωνειακά ή μεταναστευτικά έγγραφα.
Η ασφάλεια του πληρώματος είναι κάτι στο οποίο πρέπει να επικεντρώνεται ο καπετάνιος ανά πάσα στιγμή. Πρέπει να διασφαλίσει ότι διατηρούνται τα κυβερνητικά και άλλα πρότυπα ασφαλείας στο πλοίο. Οι καπετάνιοι σκαφών συνεργάζονται με άλλο προσωπικό του πλοίου, όπως έναν πιλότο του λιμανιού, για να διατηρήσουν το πλοίο στην πορεία του, καθώς και να βεβαιωθούν ότι όλα τα σήματα, οι μετρητές και ο εξοπλισμός μέτρησης βάθους νερού παραμένουν σε κατάσταση λειτουργίας. Το πλοίο πρέπει να διαθέτει κατάλληλα σωσίβια σωσίβια, σκάφη διάσωσης και άλλο σωσίβιο εξοπλισμό. Οι τακτικές ασκήσεις ασφαλείας πρέπει να επιβλέπονται από καπετάνιους σκαφών.
Σε περίπτωση ατυχήματος ή σύγκρουσης στη θάλασσα, ο καπετάνιος του σκάφους πρέπει να πάρει την τελική απόφαση για το τι θα κάνει. Για παράδειγμα, εάν ένα μέλος του πληρώματος τραυματιστεί σοβαρά, ο καπετάνιος μπορεί να αποφασίσει να μεριμνήσει για την εκκένωση αέρα του ατόμου. Εάν μια συγκεκριμένη επιλογή δεν είναι δυνατή, είναι καθήκον του καπετάνιου να βρει την καλύτερη επιλογή σε κάθε συγκεκριμένη κατάσταση.