Η τρέχουσα έρευνα φαίνεται να δείχνει ότι υπάρχει μεγαλύτερη συχνότητα εμφάνισης ρευματοειδούς αρθρίτιδας σε εμμηνοπαυσιακές γυναίκες, επειδή οι ορμόνες φαίνεται ότι παίζουν ρόλο στην εμφάνιση ή επιδείνωση των συμπτωμάτων. Στην περίπτωση της σύνδεσης εμμηνόπαυσης και αρθρίτιδας, ο ένοχος είναι πιθανώς οι μειώσεις των επιπέδων των οιστρογόνων. Οι πόνοι των μυών και των αρθρώσεων είναι τυπικά συμπτώματα της εμμηνόπαυσης όπου η φλεγμονή των αρθρώσεων πιστεύεται ότι οφείλεται σε στέρηση οιστρογόνων και υψηλά επίπεδα ουρικού οξέος στον ορό.
Ο ακριβής ρόλος που παίζουν οι ορμόνες στη ρευματοειδή αρθρίτιδα είναι άγνωστος, αλλά η πάθηση επηρεάζει τρεις φορές περισσότερες γυναίκες από τους άνδρες, κάτι που φαίνεται να δείχνει ότι η σχέση μεταξύ εμμηνόπαυσης και αρθρίτιδας έχει να κάνει με τη γυναικεία βιολογία. Όταν οι πάσχοντες από αρθρίτιδα μένουν έγκυες και ως αποτέλεσμα τα επίπεδα οιστρογόνων τους ανεβαίνουν, πολλοί από αυτούς παρουσιάζουν βελτίωση στα συμπτώματά τους. Όταν τα επίπεδα οιστρογόνων επανέρχονται στα φυσιολογικά επίπεδα μετά τον τοκετό, η συντριπτική πλειονότητα των γυναικών εμφανίζει επανεμφάνιση των συμπτωμάτων που μπορεί να είναι ακόμη χειρότερα από ό,τι πριν από την εγκυμοσύνη. Η εμμηνόπαυση χαρακτηρίζεται από μείωση των επιπέδων οιστρογόνων και για τις γυναίκες με αρθρίτιδα, η εμμηνόπαυση μπορεί να αυξήσει την ένταση των συμπτωμάτων. Ωστόσο, η άμεση σχέση μεταξύ της εμμηνόπαυσης και της αρθρίτιδας δεν έχει ακόμη προσδιοριστεί.
Υπάρχει μια κατάσταση που ονομάζεται «εμμηνοπαυσιακή αρθρίτιδα» η οποία επηρεάζει τις γυναίκες που υποβάλλονται σε θεραπεία που καταστρέφει τα οιστρογόνα. Αυτό το είδος θεραπείας μπορεί να χορηγηθεί σε γυναίκες που πάσχουν από καρκίνο του μαστού, για παράδειγμα, καθώς μειώνει την πιθανότητα επανεμφάνισης πρώιμου σταδίου μετεμμηνοπαυσιακού καρκίνου του μαστού. Μία παρενέργεια είναι η ανάπτυξη μυοσκελετικού πόνου και πόνου στις αρθρώσεις, ο οποίος μπορεί να είναι τόσο έντονος που οδηγεί σε διακοπή της θεραπείας. Μόλις διακοπεί η θεραπεία, τα συμπτώματα εξαφανίζονται.
Όταν η παραγωγή οιστρογόνων πέφτει, ένα μόριο που ονομάζεται CD16 αυξάνεται. Αυτό το μόριο ρυθμίζει τη φλεγμονή και αυτό φαίνεται να ενισχύει τη σχέση μεταξύ της εμμηνόπαυσης και της αρθρίτιδας. Ωστόσο, αυτός δεν θα ήταν ο μόνος παράγοντας που επηρεάζει τη ρευματοειδή αρθρίτιδα και, επομένως, η θεραπεία υποκατάστασης οιστρογόνων δεν είναι πάντα επαρκής για την προστασία των γυναικών από τις επιπτώσεις της.
Η οστεοπόρωση έχει συνδεθεί τόσο με την εμμηνόπαυση όσο και με την αρθρίτιδα, καθώς και με τα μειωμένα επίπεδα οιστρογόνων στο σώμα μετά την εμμηνόπαυση. Η ρευματοειδής αρθρίτιδα μπορεί επίσης να οδηγήσει σε απώλεια οστικής πυκνότητας καθώς η φλεγμονή γύρω από τις αρθρώσεις προκαλεί αλλοίωση του οστού. Η εμμηνόπαυση μπορεί επίσης να προκαλέσει απώλεια μυϊκής μάζας, επηρεάζοντας τους μύες που υποστηρίζουν τους πόνους και τις φλεγμονώδεις αρθρώσεις. Ως αποτέλεσμα, η εμμηνόπαυση επιταχύνει ή επιδεινώνει τα συμπτώματα της αρθρίτιδας και μπορεί να είναι μία από τις πιθανές αιτίες της ρευματοειδούς αρθρίτιδας.