Οι γυναίκες που διανύουν την εμμηνόπαυση, την περίοδο της ζωής που τελειώνει ο εμμηνορροϊκός κύκλος, παράγουν την αναπαραγωγική ορμόνη οιστρογόνο σε πολύ χαμηλότερα επίπεδα από ό,τι κατά τη διάρκεια της γόνιμης περιόδου τους. Επειδή η μείωση των οιστρογόνων και άλλων αναπαραγωγικών ορμονών προκαλεί αλλαγές στο σώμα, ορισμένες γυναίκες επιλέγουν να λαμβάνουν συμπληρώματα οιστρογόνων για να ανακουφίσουν τα συμπτώματα που σχετίζονται με την εμμηνόπαυση. Δυστυχώς, τα παραδοσιακά συμπληρώματα οιστρογόνων είναι συνθετικά, επεξεργάζονται σε εργαστήριο από ουσίες ξένες προς το ανθρώπινο σώμα και συνδέονται με μια σειρά από επικίνδυνες παρενέργειες, κυρίως με καρκίνο του μαστού. Η φυσική θεραπεία υποκατάστασης οιστρογόνων είναι μια νεότερη επιλογή που πολλές γυναίκες και γιατροί θεωρούν ότι είναι πιο ασφαλής και ήπια για το σώμα. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η εμμηνόπαυση είναι ένα φυσικό στάδιο της ζωής, όχι μια ασθένεια και δεν χρειάζεται κάθε γυναίκα θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης κατά την εμμηνόπαυση.
Η πιο συχνά συνταγογραφούμενη μορφή υποκατάστασης οιστρογόνων είναι το συζευγμένο οιστρογόνο αλόγου, το οποίο συντίθεται από τα ούρα της εγκύου φοράδας. Χρησιμοποιείται από τη δεκαετία του 1950. Εκτός από τις τρεις μορφές οιστρογόνων που απαντώνται φυσικά στο ανθρώπινο σώμα – οιστραδιόλη, οιστρόνη και οιστριόλη – το συζευγμένο οιστρογόνο αλόγου περιέχει επίσης equilin, ένα μόριο οιστρογόνου που είναι ειδικό για τα άλογα των οποίων οι επιπτώσεις στο ανθρώπινο σώμα είναι άγνωστες. Οι πιθανές παρενέργειες του συζευγμένου οιστρογόνου αλόγου περιλαμβάνουν καρδιακή προσβολή, εγκεφαλικό επεισόδιο, καρκίνο του μαστού και εν τω βάθει φλεβική θρόμβωση.
Το φυσικό οιστρογόνο, που ονομάζεται επίσης βιοπανομοιότυπο οιστρογόνο, εμφανίστηκε πρόσφατα ως εναλλακτική λύση στο συζευγμένο οιστρογόνο αλόγου και σε άλλες συνθετικές φόρμουλες. Περιέχει μόνο τα φυσικά μόρια ανθρώπινου οιστρογόνου οιστραδιόλη, οιστρόνη και οιστριόλη. Ενώ τα συνθετικά συμπληρώματα οιστρογόνων λαμβάνονται πιο συχνά από το στόμα, το φυσικό οιστρογόνο χορηγείται συχνότερα μέσω διαδερμικού επιθέματος ή ως κρέμα. Πολλοί υποστηρικτές της φυσικής θεραπείας υποκατάστασης οιστρογόνων πιστεύουν ότι πολλές από τις παρενέργειες που σχετίζονται με την παραδοσιακή θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης μπορεί να οφείλονται στη λήψη των συμπληρωμάτων από το στόμα. Τα από του στόματος οιστρογόνα ενέχουν επίσης υψηλότερο κίνδυνο πήξης του αίματος από τα διαδερμικά οιστρογόνα.
Ενώ ορισμένες μελέτες έχουν προτείνει ότι το φυσικό οιστρογόνο δεν ενέχει τους ίδιους κινδύνους με τα συζευγμένα οιστρογόνα αλόγου, όπως θρόμβους αίματος, το φυσικό οιστρογόνο είναι μια σχετικά νέα τεχνολογία και υπάρχουν λιγότερες πληροφορίες από μελέτες. Το μεγαλύτερο πρόβλημα με τα φυσικά συμπληρώματα οιστρογόνων είναι ότι επί του παρόντος δεν ελέγχονται από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων των Ηνωμένων Πολιτειών (FDA). Πολλοί από τους ισχυρισμούς που κάνουν οι φαρμακοποιοί σχετικά με τα φυσικά προϊόντα οιστρογόνων τους είναι αβάσιμοι. Ωστόσο, η φυσική οιστραδιόλη και η προγεστερόνη, μια άλλη αναπαραγωγική ορμόνη που χρησιμοποιείται συχνά στη θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης, είναι και οι δύο διαθέσιμες σε προϊόντα εγκεκριμένα από την FDA.