Η ηλεκτροφόρηση γέλης DNA είναι μια διαδικασία που χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό πρωτεϊνών και νουκλεϊκών οξέων στη μοριακή βιολογία. Το πήκτωμα αποτελείται συνήθως από ένα διασταυρωμένο πολυμερές και ακρυλαμίδιο που βοηθούν στον διαχωρισμό και την ανάλυση διαφορετικών τμημάτων ενός μορίου DNA. Η ηλεκτροφόρηση γέλης DNA χρησιμοποιείται συνήθως στην εγκληματολογία για τον προσδιορισμό της συγκεκριμένης αλληλουχίας του DNA για να βοηθήσει στην εύρεση του κύριου υπόπτου. Χρησιμοποιείται επίσης συνήθως στη γενετική και στους τομείς της μοριακής βιολογίας και της βιοχημείας.
Τα νουκλεϊκά οξέα και οι πρωτεΐνες φέρουν είτε θετικό είτε αρνητικό φορτίο. Όταν τοποθετείται σε έναν ηλεκτρικό θάλαμο σε ηλεκτροφόρηση γέλης DNA, κάθε ηλεκτρικό φορτίο θα κινείται προς τα δύο άκρα του θαλάμου. Τα αρνητικά ηλεκτρικά φορτισμένα μόρια θα μετακινηθούν στο θετικό άκρο του θαλάμου, ενώ τα θετικά ηλεκτρικά φορτισμένα μόρια θα μετακινηθούν στο αρνητικό άκρο. Το πήκτωμα διαχωρίζει καθένα από αυτά τα μόρια έτσι ώστε να εξαπλώνονται ομοιόμορφα σε όλη την ανάγνωση. Το πήκτωμα αποτελείται από μακριές ίνες που εμποδίζουν τα μόρια να κινηθούν για να βοηθήσουν στην ανάλυση των μεμονωμένων μορίων.
Το Southern blotting είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται στην ηλεκτροφόρηση γέλης DNA για τον προσδιορισμό της παρουσίας ή απουσίας μιας συγκεκριμένης αλληλουχίας νουκλεοτιδίων σε ένα μόριο DNA. Το στύπωμα Northern είναι μια διαφορετική τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης παρουσία RNA ή ριβονουκλεϊκού οξέος. Το Eastern blotting χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της παρουσίας λιπιδίων, πρωτεϊνών και υδατανθράκων σε μια αλληλουχία DNA. Για την απλή ανίχνευση πρωτεϊνών σε μια αλληλουχία DNA, χρησιμοποιείται η τεχνική western blotting στον θάλαμο ηλεκτροφόρησης μέσω απομόνωσης γέλης.
Η ζυμογραφία είναι επίσης μια προσέγγιση για την ανίχνευση ορισμένων βιολογικών λειτουργιών μέσω ηλεκτροφόρησης γέλης DNA. Χρησιμοποιείται κυρίως για τη μελέτη ενζύμων αποικοδόμησης της εξωκυτταρικής μήτρας, τα οποία καταλύουν την καταστροφή της μήτρας έξω από το κύτταρο, καθώς και της βασικής μεμβράνης ενός κυττάρου. Η χρήση γέλης πολυακρυλαμιδίου βοηθά στον διαχωρισμό των ενζύμων, που είναι πρωτεΐνες, χρησιμοποιώντας ένα πρωτεϊνικό υπόστρωμα όπως η ζελατίνη ή η καζεΐνη. Αυτή η τεχνική χρησιμοποιείται για τη μέτρηση του ποσού της δραστηριότητας αποδόμησης που συμβαίνει έξω από το κύτταρο.
Η ηλεκτροφόρηση γέλης DNA χρησιμοποιείται αρκετά συχνά στην εγκληματολογία. Χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών του αίματος και του DNA που βρέθηκαν στον τόπο του εγκλήματος για τον προσδιορισμό των συσχετισμών με τους διαθέσιμους υπόπτους. Η ηλεκτροφόρηση γέλης χρησιμοποιείται επίσης για τον προσδιορισμό μιας συγκεκριμένης κληρονομικότητας εντός της γενετικής, καθώς ορισμένα DNA και πρωτεΐνες σχετίζονται με διαφορετικές φυλές. Χρησιμοποιείται επίσης για την επίλυση υποθέσεων πατρότητας για τον προσδιορισμό της σχετικής σχέσης μεταξύ των ατόμων.