Υπάρχουν πολλοί κίνδυνοι από την αναισθησία, αλλά οι κίνδυνοι συχνά αντισταθμίζονται από σημαντικά οφέλη. Όλες οι μορφές αναισθησίας, ακόμη και οι τοπικοί τύποι, μπορεί να εγκυμονούν κίνδυνο αλλεργικής αντίδρασης. Περαιτέρω, η αναισθησία ουσιαστικά εκθέτει το σώμα σε ελεγχόμενα επίπεδα τοξικών χημικών ουσιών προκειμένου είτε να σταματήσει προσωρινά ο πόνος είτε να προκαλέσει μια ημισυνείδητη ή ασυνείδητη κατάσταση. Παρά τους κινδύνους, η αναισθησία, η ανακούφιση από τον πόνο ή οι συνθήκες που απειλούν τη ζωή ή την ποιότητα ζωής τείνουν να αξίζουν τον κίνδυνο.
Επειδή οι περισσότεροι άνθρωποι που χορηγούν αναισθησία εκπαιδεύονται ειδικά στην αναισθησιολογία, οι επιπλοκές που σχετίζονται με την αναισθησία έχουν μειωθεί. Ειδικότερα, οι μετρήσεις της χημείας του σώματος και των λειτουργιών του σώματος κατά τη χορήγηση της αναισθησίας έχουν γίνει πολύ ακριβείς. Έτσι, εάν παρουσιαστεί πρόβλημα κατά τη χορήγηση ενός φαρμάκου, συνήθως αντιμετωπίζεται άμεσα.
Προβλήματα είναι πιο πιθανό να εμφανιστούν όταν ένα άτομο που δεν είναι εκπαιδευμένος αναισθησιολόγος χορηγεί αναισθησία. Γενικά, είναι καλύτερο να ζητήσετε έναν ειδικό και περαιτέρω να αρνηθείτε γιατρούς με αμφίβολη φήμη. Τις περισσότερες φορές, οι άνθρωποι είχαν δυσκολία όταν προσπαθούσαν να κάνουν πλαστική χειρουργική σε φθηνές τιμές. Ένας γιατρός που κάνει χειρουργική επέμβαση σε ένα «πίσω δωμάτιο» μπορεί να μην έχει άδεια ή εμπειρία στην αντιμετώπιση προβλημάτων που μπορεί να εμφανιστούν κατά τη διάρκεια της αναισθησίας.
Ορισμένα στοιχεία σχετικά με τους κινδύνους της αναισθησίας είναι γνωστά. Γενικά, όσοι είναι πολύ άρρωστοι, εξαιρετικά νέοι ή ηλικιωμένοι έχουν αυξημένο κίνδυνο θανάτων που σχετίζονται με την αναισθησία, γενικά ως αποτέλεσμα γενικής αναισθησίας, η οποία προκαλεί απώλεια των αισθήσεων. Επιπλέον, ορισμένες καταστάσεις μπορεί να αυξήσουν τους κινδύνους της αναισθησίας. Εκείνοι με καρδιακές παθήσεις, εγκεφαλική βλάβη ή δυσλειτουργία του ήπατος μπορεί να διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο κατά τη διάρκεια της χειρουργικής επέμβασης από εκείνους που είναι υγιείς.
Ο πιο συνηθισμένος κίνδυνος αναισθησίας είναι η αλλεργική αντίδραση σε ένα από τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται. Αυτό πάλι συνήθως σημειώνεται και αντιμετωπίζεται άμεσα, αφού οι περισσότεροι ασθενείς που υποβάλλονται σε γενική αναισθησία παρακολουθούνται συνεχώς. Όσοι έχουν αλλεργική αντίδραση σε ένα τοπικό αναισθητικό είναι πιθανό να αντιδράσουν αρκετά αμέσως. Οι οδοντίατροι και οι γιατροί που χρησιμοποιούν τοπικά αναισθητικά έχουν προμήθειες έκτακτης ανάγκης σε περίπτωση αλλεργικής αντίδρασης.
Οι κίνδυνοι της αναισθησίας για τα αγέννητα παιδιά έχουν επίσης αποδειχθεί καλά. Οι γυναίκες συνήθιζαν να αναισθητοποιούνται κατά τη διάρκεια του τοκετού, αλλά αυτό συμβαίνει σπάνια τώρα, ακόμη και κατά τη διάρκεια καισαρικών τομών. Αντίθετα, οι γυναίκες που πρέπει να γεννήσουν με καισαρική τομή τείνουν να έχουν επισκληρίδιο, που εμποδίζει την αίσθηση από την κοιλιά προς τα κάτω. Αυτό ελαχιστοποιεί την έκθεση του μωρού στην αναισθησία.
Μελέτες του 2003 δείχνουν ότι τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται στη γενική αναισθησία σκοτώνουν τα εγκεφαλικά κύτταρα σε αναπτυσσόμενους αρουραίους και ποντίκια. Αν και αυτές οι μελέτες απαιτούν παρακολούθηση με ανθρώπινους πληθυσμούς, ορισμένοι έχουν θεωρήσει ότι οι κίνδυνοι της αναισθησίας που χρησιμοποιείται στα παιδιά μπορεί να είναι μεγαλύτερος από ό,τι είχε εκτιμηθεί προηγουμένως. Κάποιος μπορεί όχι μόνο να διακινδυνεύσει τον θάνατο αλλά και την παρέμβαση στην ανάπτυξη του εγκεφάλου, και ίσως προβλήματα μακροπρόθεσμης μνήμης ή μαθησιακές δυσκολίες.
Έχει επίσης προταθεί ότι ένας από τους πιθανούς κινδύνους της αναισθησίας μπορεί να είναι βλάβη στον εγκέφαλο υγιών ενηλίκων. Θα μπορούσε η αναισθησία να προκαλέσει εγκεφαλική βλάβη αρκετά σημαντική ώστε να επηρεάσει τη μνήμη ή να επιταχύνει καταστάσεις όπως η νόσος του Αλτσχάιμερ; Αυτά είναι ερωτήματα που δεν έχουν ακόμη αποδειχθεί και δεν υπάρχουν στατιστικά στοιχεία που να μπορούν τελικά να αξιολογήσουν τον κίνδυνο. Και πάλι, τα οφέλη της χειρουργικής επέμβασης γενικά υπερτερούν των πιθανών κινδύνων της αναισθησίας.
Αυτό συμβαίνει ιδιαίτερα με τα παιδιά. Λίγα παιδιά κάνουν εκλεκτικές χειρουργικές επεμβάσεις. Συχνά τα απαιτούν για να διορθώσουν σοβαρά προβλήματα υγείας. Συχνά διακινδυνεύει κανείς όχι μόνο τους κινδύνους της αναισθησίας αλλά και την ίδια τη χειρουργική επέμβαση. Αν και οι χειρουργικές επεμβάσεις οποιουδήποτε είδους δεν είναι χωρίς κίνδυνο, μόνο μέρος του κινδύνου μπορεί να αποδοθεί στην αναισθησία.